Added poly information to tape& parsing function. Also, poly_list is freed ...

Samo Penic

2013-12-07 a2db521649cdcdfef3bdf6b306e05228a01498c0

Added poly information to tape& parsing function. Also, poly_list is freed in vesicle_free

 aclocal.m4

@@ -1,4 +1,4 @@
# generated automatically by aclocal 1.11.3 -*- Autoconf -*-
# generated automatically by aclocal 1.11.6 -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software Foundation,
@@ -14,8 +14,8 @@

m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.68],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.68.
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
@@ -38,7 +38,7 @@
[am__api_version='1.11'
dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
m4_if([$1], [1.11.3], [],
m4_if([$1], [1.11.6], [],
      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
])

@@ -54,7 +54,7 @@
# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.3])dnl
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.6])dnl
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])

 src/Makefile.am

@@ -4,14 +4,14 @@
#trisurf_LDFLAGS = -lm -lconfuse
shdiscoverdir=../
shdiscover_PROGRAMS= shdiscover
shdiscover_SOURCES= general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c energy.c sh.c shdiscover.c
shdiscover_SOURCES= general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c energy.c sh.c shdiscover.c poly.c
AM_CFLAGS = -Wall -Werror
co_testdir=../
co_test_PROGRAMS=co_test
co_test_SOURCES= general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c energy.c sh.c co_test.c frame.c bondflip.c
co_test_SOURCES= general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c energy.c sh.c co_test.c frame.c bondflip.c poly.c
spherical_trisurfdir=../
spherical_trisurf_PROGRAMS = spherical_trisurf
spherical_trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf.c sh.c bondflip.c
spherical_trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf.c sh.c bondflip.c poly.c
spherical_trisurf_ffdir=../
spherical_trisurf_ff_PROGRAMS = spherical_trisurf_ff
spherical_trisurf_ff_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf_ff.c sh.c bondflip.c
spherical_trisurf_ff_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf_ff.c sh.c bondflip.c poly.c

 src/io.c

@@ -9,6 +9,7 @@
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include "initial_distribution.h"
#include "poly.h"

ts_bool print_vertex_list(ts_vertex_list *vlist){
    ts_uint i;
@@ -295,7 +296,7 @@


ts_vesicle *parsetape(ts_uint *mcsweeps, ts_uint *inititer, ts_uint *iterations){
    long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60, npoly=10, nmono=20;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    char *buf=malloc(255*sizeof(char));
    long int brezveze0=1;
    long int brezveze1=1;
@@ -304,6 +305,8 @@
    long int iter=1000, init=1000, mcsw=1000;
    cfg_opt_t opts[] = {
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &nshell),
        CFG_SIMPLE_INT("npoly", &npoly),
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &nmono),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &dmax),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&xk0),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&stepsize),
@@ -335,6 +338,8 @@
    *inititer=init;
    *mcsweeps=mcsw;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(nshell,ncxmax,ncymax,nczmax,stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(npoly,nmono, vesicle->vlist);

    vesicle->nshell=nshell;
    vesicle->dmax=dmax*dmax;
    vesicle->bending_rigidity=xk0;

 src/main.c

@@ -67,9 +67,9 @@
vesicle=parsetape(&mcsweeps, &inititer, &iterations);

/*Testing */
vesicle->poly_list=init_poly_list(1400,20,vesicle->vlist);
//vesicle->poly_list=init_poly_list(1400,20,vesicle->vlist);

poly_list_free(vesicle->poly_list);
//poly_list_free(vesicle->poly_list);
/*End testing*/

run_simulation(vesicle, mcsweeps, inititer, iterations);

 src/tape

@@ -8,6 +8,11 @@
# max step size 
stepsize=0.15

####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=1000
# nmono is a number of monomers in each polymere
nmono=15

#######  Cell definitions ############
nxmax=60

 src/vesicle.c

@@ -5,7 +5,7 @@
#include "bond.h"
#include "cell.h"
#include "stdlib.h"

#include "poly.h"

ts_vesicle *init_vesicle(ts_uint N, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint
ncmax3, ts_double stepsize){
@@ -34,6 +34,7 @@
    bond_list_free(vesicle->blist);
    triangle_list_free(vesicle->tlist);
    cell_list_free(vesicle->clist);
    poly_list_free(vesicle->poly_list);
    free(vesicle);
    return TS_SUCCESS;
}