Samo&Miha poly_list_free added.

mihaf

2013-12-03 8db569a42c280be13ea9edbe4c528e0041b6fd3f

Samo&Miha poly_list_free added.

 aclocal.m4

@@ -1,4 +1,4 @@
# generated automatically by aclocal 1.11.6 -*- Autoconf -*-
# generated automatically by aclocal 1.11.3 -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software Foundation,
@@ -14,8 +14,8 @@

m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.68],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.68.
You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
@@ -38,7 +38,7 @@
[am__api_version='1.11'
dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
m4_if([$1], [1.11.6], [],
m4_if([$1], [1.11.3], [],
      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
])

@@ -54,7 +54,7 @@
# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.6])dnl
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.3])dnl
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])

 src/Makefile.am

@@ -1,6 +1,6 @@
trisurfdir=../
trisurf_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c
#trisurf_LDFLAGS = -lm -lconfuse
shdiscoverdir=../
shdiscover_PROGRAMS= shdiscover

 src/main.c

@@ -10,6 +10,7 @@
#include "initial_distribution.h"
#include "frame.h"
#include "timestep.h"
#include "poly.h"

/** Entrance function to the program
  * @param argv is a number of parameters used in program call (including the program name
@@ -64,6 +65,13 @@
printf("Tests complete.\n");
*/
vesicle=parsetape(&mcsweeps, &inititer, &iterations);

/*Testing */
vesicle->poly_list=init_poly_list(1400,20,vesicle->vlist);

poly_list_free(vesicle->poly_list);
/*End testing*/

run_simulation(vesicle, mcsweeps, inititer, iterations);

write_master_xml_file("test.pvd");

 src/poly.c

@@ -1,3 +1,11 @@
#include"general.h"
#include"poly.h"
#include<stdlib.h>
#include"vertex.h"
#include"bond.h"
#include<math.h>


ts_poly    *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
    ts_poly    *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
    poly->vlist = init_vertex_list(n);
@@ -6,31 +14,81 @@
    grafted_vtx->grafted_poly = poly;

    ts_uint i;
    for(i=0,i<n-1,i++){
    for(i=0;i<n-1;i++){
        vtx_add_cneighbour(poly->blist, poly->vlist->vtx[i], poly->vlist->vtx[i+1]);
        vtx_add_neighbour(poly->vlist->vtx[i+1], poly->vlist->vtx[i]);
    }

    return poly;
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
    ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
    poly_list->poly    = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
    ts_uint i=0,j=0;
    ts_uint gvtxi;
    ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;

    if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
    
    ts_uint i=0;
    ts_uint gvtxi;
    while(i<n_poly){
        gvtxi = rand() % vlist->n
        gvtxi = rand() % vlist->n;
        if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
        poly_list->poly = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
        poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
        i++;
        }
    }
    
    poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
    for (i=0;i<poly_list->n;i++){

        xnorm=0.0;
        ynorm=0.0;
        znorm=0.0;
        for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
            xnorm+=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
            ynorm+=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
            znorm+=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
        }
        normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
        xnorm=xnorm/normlength;
        ynorm=ynorm/normlength;
        znorm=znorm/normlength;

        for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
        }
    }

    return poly_list;
}


ts_bool poly_free(ts_poly *poly){

    if (poly->grafted_vtx!=NULL){
        poly->grafted_vtx->grafted_poly=NULL;
    }
    vtx_list_free(poly->vlist);
    bond_list_free(poly->blist);
    free(poly);

    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list){
    ts_uint i;

    for(i=0;i<poly_list->n;i++){
        poly_free(poly_list->poly[i]);
    }
    free(poly_list->poly);
    free(poly_list);
	
    return TS_SUCCESS;
}

 src/poly.h

@@ -7,4 +7,8 @@

ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist);

ts_bool poly_free(ts_poly *poly);

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list);

#endif

 src/vesicle.c

@@ -6,9 +6,10 @@
#include "cell.h"
#include "stdlib.h"


ts_vesicle *init_vesicle(ts_uint N, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint
ncmax3, ts_double stepsize){
    ts_vesicle *vesicle=(ts_vesicle *)malloc(sizeof(ts_vesicle));
    ts_vesicle *vesicle=(ts_vesicle *)calloc(1,sizeof(ts_vesicle));
    vesicle->vlist=init_vertex_list(N);
    vesicle->blist=init_bond_list();
    vesicle->tlist=init_triangle_list();