Added modeline string into every c and h file

Samo Penic

2016-03-02 7f607660a91b969daa19dbdb62628691bfee8f7e

Added modeline string into every c and h file

 src/bond.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"

 src/bond.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _BOND_H
#define _BOND_H


 src/bondflip.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include "general.h"

 src/bondflip.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_BONDFLIP
#define _H_BONDFLIP


 src/cell.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"

 src/cell.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_CELL
#define _H_CELL
ts_cell_list  *init_cell_list(ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize);

 src/co_test.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include "sh.h"
#include <stdlib.h>

 src/constvol.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include<string.h>

 src/constvol.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_CONSTVOL
#define _H_CONSTVOL


 src/dumpstate.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include <string.h>
#include "general.h"
#include <stdio.h>

 src/dumpstate.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_DUMPSTATE
#define _H_DUMPSTATE


 src/energy.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "energy.h"

 src/energy.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _ENERGY_H
#define _ENERGY_H
ts_bool mean_curvature_and_energy(ts_vesicle *vesicle);

 src/frame.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "cell.h"

 src/frame.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_FRAME
#define _H_FRAME
ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle);

 src/general.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include "general.h"

 src/general.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _GENERAL_H
#define _GENERAL_H


 src/initial_distribution.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include<stdio.h>

 src/initial_distribution.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "io.h"



 src/io.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "io.h"

 src/io.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _IO_H
#define _IO_H
#include <confuse.h>

 src/main.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdio.h>
#include<math.h>
#include<stdlib.h>
@@ -28,6 +29,9 @@
    ts_uint start_iteration=0;
    force_from_tape=0;
    parse_args(argv,argc); // sets global variable command_line_args (defined in io.h)
    ts_fprintf(stdout,"TRISURF-NG v. %s, compiled on: %s %s.\n", TS_VERSION, __DATE__, __TIME__);
    ts_fprintf(stdout,"Programming done by: Samo Penic and Miha Fosnaric\n");
    ts_fprintf(stdout,"Released under terms of GPLv3\n");
    ts_fprintf(stdout,"Starting program...\n\n");
//    vesicle = parseDump("timestep_000000.vtu");
//        run_simulation(vesicle, vesicle->tape->mcsweeps, vesicle->tape->inititer, vesicle->tape->iterations, 1);

 src/poly.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include"general.h"
#include"poly.h"
#include<stdlib.h>

 src/poly.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _POLY_H
#define _POLY_H
#include"io.h"

 src/restore.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

 src/restore.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_RESTORE
#define _H_RESTORE


 src/sh.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<math.h>
#include<stdlib.h>
#include "general.h"

 src/sh.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_SH
#define _H_SH
#include "general.h"

 src/shcomplex.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<math.h>
#include<stdlib.h>
#include<gsl/gsl_complex.h>

 src/shcomplex.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_SH_COMPLEX
#define _H_SH_COMPLEX
#include "general.h"

 src/shdiscover.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include "vertex.h"
#include "initial_distribution.h"

 src/snapshot.c

@@ -1,3 +1,5 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
@@ -169,10 +171,7 @@
static int mod_table[] = {0, 2, 1};


char *base64_encode(const unsigned char *data,
                    size_t input_length,
                    size_t *output_length) {

char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
    *output_length = 4 * ((input_length + 2) / 3);
    int i,j;
    char *encoded_data = malloc(*output_length);
@@ -180,29 +179,25 @@
    
    for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {

            uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
            uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
            uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

            uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

            encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
            encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
            encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
            encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
    }

    for (i = 0; i < mod_table[input_length % 3]; i++)
            encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';
           encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';

    return encoded_data;
}


unsigned char *base64_decode(const char *data,
                             size_t input_length,
                             size_t *output_length) {

unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
    int i,j;
    if (decoding_table == NULL) build_decoding_table();

@@ -216,20 +211,19 @@
    if (decoded_data == NULL) return NULL;

    for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {
           uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

            uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
            uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
               uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
            uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

            uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
           uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
            + (sextet_b << 2 * 6)
            + (sextet_c << 1 * 6)
            + (sextet_d << 0 * 6);

            if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
            if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
            if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }
    if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
@@ -241,7 +235,7 @@
    decoding_table = malloc(256);
    int i;
    for (i = 0; i < 64; i++)
        decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
        decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
}



 src/snapshot.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_SNAPSHOT
#define _H_SNAPSHOT


 src/spherical_trisurf.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdio.h>
#include<math.h>
#include "general.h"

 src/spherical_trisurf_ff.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdio.h>
#include<math.h>
#include "general.h"

 src/stats.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include <stdio.h>
#include <time.h>
//#include <gsl/gsl_math.h>

 src/stats.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _H_STATS
#define _H_STATS
void gyration_eigen(ts_vesicle *vesicle, ts_double *l1, ts_double *l2, ts_double *l3);

 src/timestep.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include<math.h>

 src/timestep.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _TIMESTEP_H
#define _TIMESTEP_H
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_double *vmsr, ts_double *bfsr);

 src/triangle.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include "general.h"

 src/triangle.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _TRIANGLE_H
#define _TRIANGLE_H


 src/vertex.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include<string.h>

 src/vertex.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _VERTEX_H
#define _VERTEX_H


 src/vertexmove.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include "general.h"

 src/vertexmove.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */

ts_bool single_verticle_timestep(ts_vesicle *vesicle,ts_vertex *vtx,ts_double *rn);


 src/vesicle.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<general.h>
#include "vesicle.h"
#include "vertex.h"

 src/vesicle.h

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _VESICLE_H
#define _VESICLE_H