Merge with trout-rnc.

Samo Penic

2014-03-21 42641cde38cfd1d27a2031604cc1397b5bd2849b

 src/io.h

@@ -1,6 +1,56 @@
#ifndef _IO_H
#define _IO_H

/** @ Global variables for I/O operations like filenames etc. */
/*static char mastername[1024];
static char prefixname[1024];
static ts_bool restore=0;
static char tape[1024]; */
int force_from_tape;


typedef struct {
   long int nshell;
   long int ncxmax;
   long int ncymax;
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;
   long int pswitch;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
       long int brezveze1;
       long int brezveze2;
       ts_double xk0;
   ts_double dmax;
   ts_double stepsize;
   ts_double kspring;
   ts_double xi;
   ts_double pressure;
   long int iterations;
   long int inititer;
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
} ts_tape;

typedef struct{
   ts_int force_from_tape;
   ts_int reset_iteration_count;
    char path[1024]; //path where all files should be added
    char output_fullfilename[1024]; //name of the master file
    char dump_fullfilename[1024]; //name of the dump file
    char tape_fullfilename[1024]; //name of the tape file
} ts_args;

ts_args command_line_args;

ts_bool parse_args(int argc, char **argv);



/** @brief Prints the position of vertices for the whole list
 *  
 *  The function is meant more or less as a debug tool, but can be used in production
@@ -48,7 +98,9 @@
ts_bool write_vertex_vtk_file(ts_vesicle *vesicle,ts_char *filename, ts_char *text);
ts_bool write_vertex_xml_file(ts_vesicle *vesicle, ts_uint timestepno);
ts_bool write_master_xml_file(ts_char *filename);
ts_bool parsetape(ts_vesicle *vesicle,ts_uint *iterations);
ts_tape *parsetape(char *filename);
ts_bool tape_free(ts_tape *tape);


ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration);
ts_vesicle *restore_state(ts_uint *iteration);
#endif