Merge with trout-rnc.

Samo Penic

2014-03-21 42641cde38cfd1d27a2031604cc1397b5bd2849b

Merge with trout-rnc.

 aclocal.m4

@@ -1,8 +1,7 @@
# generated automatically by aclocal 1.11.3 -*- Autoconf -*-
# generated automatically by aclocal 1.13.3 -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.

# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
@@ -12,22 +11,20 @@
# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
# PARTICULAR PURPOSE.

m4_ifndef([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [m4_defun([_AM_CONFIG_MACRO_DIRS], [])m4_defun([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [_AM_CONFIG_MACRO_DIRS($@)])])
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.68],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.68.
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
To do so, use the procedure documented by the package, typically 'autoreconf'.])])

# Copyright (C) 2002, 2003, 2005, 2006, 2007, 2008, 2011 Free Software
# Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_AUTOMAKE_VERSION(VERSION)
# ----------------------------
@@ -35,10 +32,10 @@
# generated from the m4 files accompanying Automake X.Y.
# (This private macro should not be called outside this file.)
AC_DEFUN([AM_AUTOMAKE_VERSION],
[am__api_version='1.11'
[am__api_version='1.13'
dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
m4_if([$1], [1.11.3], [],
m4_if([$1], [1.13.3], [],
      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
])

@@ -54,24 +51,22 @@
# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.3])dnl
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.13.3])dnl
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])

# AM_AUX_DIR_EXPAND                                         -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# For projects using AC_CONFIG_AUX_DIR([foo]), Autoconf sets
# $ac_aux_dir to `$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
# `$srcdir', `$srcdir/..', or `$srcdir/../..'.
# $ac_aux_dir to '$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
# '$srcdir', '$srcdir/..', or '$srcdir/../..'.
#
# Of course, Automake must honor this variable whenever it calls a
# tool from the auxiliary directory.  The problem is that $srcdir (and
@@ -90,7 +85,7 @@
#
# The reason of the latter failure is that $top_srcdir and $ac_aux_dir
# are both prefixed by $srcdir.  In an in-source build this is usually
# harmless because $srcdir is `.', but things will broke when you
# harmless because $srcdir is '.', but things will broke when you
# start a VPATH build or use an absolute $srcdir.
#
# So we could use something similar to $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing,
@@ -116,22 +111,19 @@

# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1997, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2006, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 9

# AM_CONDITIONAL(NAME, SHELL-CONDITION)
# -------------------------------------
# Define a conditional.
AC_DEFUN([AM_CONDITIONAL],
[AC_PREREQ(2.52)dnl
 ifelse([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
    [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
[AC_PREREQ([2.52])dnl
 m4_if([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
       [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
AC_SUBST([$1_TRUE])dnl
AC_SUBST([$1_FALSE])dnl
_AM_SUBST_NOTMAKE([$1_TRUE])dnl
@@ -150,16 +142,14 @@
Usually this means the macro was only invoked conditionally.]])
fi])])

# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2009,
# 2010, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 12

# There are a few dirty hacks below to avoid letting `AC_PROG_CC' be
# There are a few dirty hacks below to avoid letting 'AC_PROG_CC' be
# written in clear, in which case automake, when reading aclocal.m4,
# will think it sees a *use*, and therefore will trigger all it's
# C support machinery.  Also note that it means that autoscan, seeing
@@ -169,7 +159,7 @@
# _AM_DEPENDENCIES(NAME)
# ----------------------
# See how the compiler implements dependency checking.
# NAME is "CC", "CXX", "GCJ", or "OBJC".
# NAME is "CC", "CXX", "OBJC", "OBJCXX", "UPC", or "GJC".
# We try a few techniques and use that to set a single cache variable.
#
# We don't AC_REQUIRE the corresponding AC_PROG_CC since the latter was
@@ -182,12 +172,13 @@
AC_REQUIRE([AM_MAKE_INCLUDE])dnl
AC_REQUIRE([AM_DEP_TRACK])dnl

ifelse([$1], CC,   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
       [$1], CXX,  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
       [$1], OBJC, [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
       [$1], UPC,  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
       [$1], GCJ,  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
                   [depcc="$$1"   am_compiler_list=])
m4_if([$1], [CC],   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
      [$1], [CXX],  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
      [$1], [OBJC], [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
      [$1], [OBJCXX], [depcc="$OBJCXX" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
      [$1], [UPC],  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
      [$1], [GCJ],  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
                    [depcc="$$1"   am_compiler_list=])

AC_CACHE_CHECK([dependency style of $depcc],
               [am_cv_$1_dependencies_compiler_type],
@@ -195,8 +186,8 @@
  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
  # in D'.
  # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
  # in D".
  rm -rf conftest.dir
  mkdir conftest.dir
  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
@@ -236,16 +227,16 @@
    : > sub/conftest.c
    for i in 1 2 3 4 5 6; do
      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
      touch sub/conftst$i.h
      # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
      # Solaris 10 /bin/sh.
      echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
    done
    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf

    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
    # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
    # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
    # versions had trouble with output in subdirs
    # handle '-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
    # versions had trouble with output in subdirs.
    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
    am__minus_obj="-o $am__obj"
    case $depmode in
@@ -254,8 +245,8 @@
      test "$am__universal" = false || continue
      ;;
    nosideeffect)
      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
      # only be used when explicitly requested
      # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
      # only be used when explicitly requested.
      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
    continue
      else
@@ -263,7 +254,7 @@
      fi
      ;;
    msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
      # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
      # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
      # so weak that their functioning should not be impacted.
      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
@@ -311,7 +302,7 @@
# AM_SET_DEPDIR
# -------------
# Choose a directory name for dependency files.
# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES
# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES.
AC_DEFUN([AM_SET_DEPDIR],
[AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
AC_SUBST([DEPDIR], ["${am__leading_dot}deps"])dnl
@@ -321,9 +312,13 @@
# AM_DEP_TRACK
# ------------
AC_DEFUN([AM_DEP_TRACK],
[AC_ARG_ENABLE(dependency-tracking,
[  --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
  --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors])
[AC_ARG_ENABLE([dependency-tracking], [dnl
AS_HELP_STRING(
  [--enable-dependency-tracking],
  [do not reject slow dependency extractors])
AS_HELP_STRING(
  [--disable-dependency-tracking],
  [speeds up one-time build])])
if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
  AMDEPBACKSLASH='\'
@@ -338,20 +333,18 @@

# Generate code to set up dependency tracking.              -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

#serial 5

# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
# ------------------------------
AC_DEFUN([_AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
[{
  # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
  # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
  # if we detect the quoting.
  case $CONFIG_FILES in
@@ -364,7 +357,7 @@
    # Strip MF so we end up with the name of the file.
    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
    # We used to match only the files named `Makefile.in', but
    # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
    # some people rename them; so instead we look at the file content.
    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
@@ -376,21 +369,19 @@
      continue
    fi
    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
    # from the Makefile without running `make'.
    # from the Makefile without running 'make'.
    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
    test -z "$DEPDIR" && continue
    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
    test -z "am__include" && continue
    test -z "$am__include" && continue
    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
    # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
    U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
    # Find all dependency output files, they are included files with
    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
    # expansion.
    for file in `sed -n "
      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
     sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
     sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
      # Make sure the directory exists.
      test -f "$dirpart/$file" && continue
      fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
@@ -408,7 +399,7 @@
# This macro should only be invoked once -- use via AC_REQUIRE.
#
# This code is only required when automatic dependency tracking
# is enabled.  FIXME.  This creates each `.P' file that we will
# is enabled.  FIXME.  This creates each '.P' file that we will
# need in order to bootstrap the dependency handling code.
AC_DEFUN([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
[AC_CONFIG_COMMANDS([depfiles],
@@ -418,14 +409,11 @@

# Do all the work for Automake.                             -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 16

# This macro actually does too much.  Some checks are only needed if
# your package does certain things.  But this isn't really a big deal.
@@ -442,7 +430,7 @@
# arguments mandatory, and then we can depend on a new Autoconf
# release and drop the old call support.
AC_DEFUN([AM_INIT_AUTOMAKE],
[AC_PREREQ([2.62])dnl
[AC_PREREQ([2.65])dnl
dnl Autoconf wants to disallow AM_ names.  We explicitly allow
dnl the ones we care about.
m4_pattern_allow([^AM_[A-Z]+FLAGS$])dnl
@@ -471,31 +459,40 @@
# Define the identity of the package.
dnl Distinguish between old-style and new-style calls.
m4_ifval([$2],
[m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
[AC_DIAGNOSE([obsolete],
             [$0: two- and three-arguments forms are deprecated.])
m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
 AC_SUBST([PACKAGE], [$1])dnl
 AC_SUBST([VERSION], [$2])],
[_AM_SET_OPTIONS([$1])dnl
dnl Diagnose old-style AC_INIT with new-style AM_AUTOMAKE_INIT.
m4_if(m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], 1)m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], 1), 11,,
m4_if(
  m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], [ok]):m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], [ok]),
  [ok:ok],,
  [m4_fatal([AC_INIT should be called with package and version arguments])])dnl
 AC_SUBST([PACKAGE], ['AC_PACKAGE_TARNAME'])dnl
 AC_SUBST([VERSION], ['AC_PACKAGE_VERSION'])])dnl

_AM_IF_OPTION([no-define],,
[AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE, "$PACKAGE", [Name of package])
 AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION, "$VERSION", [Version number of package])])dnl
[AC_DEFINE_UNQUOTED([PACKAGE], ["$PACKAGE"], [Name of package])
 AC_DEFINE_UNQUOTED([VERSION], ["$VERSION"], [Version number of package])])dnl

# Some tools Automake needs.
AC_REQUIRE([AM_SANITY_CHECK])dnl
AC_REQUIRE([AC_ARG_PROGRAM])dnl
AM_MISSING_PROG(ACLOCAL, aclocal-${am__api_version})
AM_MISSING_PROG(AUTOCONF, autoconf)
AM_MISSING_PROG(AUTOMAKE, automake-${am__api_version})
AM_MISSING_PROG(AUTOHEADER, autoheader)
AM_MISSING_PROG(MAKEINFO, makeinfo)
AM_MISSING_PROG([ACLOCAL], [aclocal-${am__api_version}])
AM_MISSING_PROG([AUTOCONF], [autoconf])
AM_MISSING_PROG([AUTOMAKE], [automake-${am__api_version}])
AM_MISSING_PROG([AUTOHEADER], [autoheader])
AM_MISSING_PROG([MAKEINFO], [makeinfo])
AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_STRIP])dnl
AC_REQUIRE([AM_PROG_MKDIR_P])dnl
AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
# For better backward compatibility.  To be removed once Automake 1.9.x
# dies out for good.  For more background, see:
# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
AC_SUBST([mkdir_p], ['$(MKDIR_P)'])
# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
# some platforms.
AC_REQUIRE([AC_PROG_AWK])dnl
@@ -506,28 +503,32 @@
                 [_AM_PROG_TAR([v7])])])
_AM_IF_OPTION([no-dependencies],,
[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CC],
          [_AM_DEPENDENCIES(CC)],
          [define([AC_PROG_CC],
              defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES(CC)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([CC])],
          [m4_define([AC_PROG_CC],
                 m4_defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES([CC])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
          [_AM_DEPENDENCIES(CXX)],
          [define([AC_PROG_CXX],
              defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES(CXX)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([CXX])],
          [m4_define([AC_PROG_CXX],
                 m4_defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES([CXX])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJC],
          [_AM_DEPENDENCIES(OBJC)],
          [define([AC_PROG_OBJC],
              defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES(OBJC)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([OBJC])],
          [m4_define([AC_PROG_OBJC],
                 m4_defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES([OBJC])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJCXX],
          [_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])],
          [m4_define([AC_PROG_OBJCXX],
                 m4_defn([AC_PROG_OBJCXX])[_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])])])dnl
])
_AM_IF_OPTION([silent-rules], [AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])])dnl
dnl The `parallel-tests' driver may need to know about EXEEXT, so add the
dnl `am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen.  This macro
dnl is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])dnl
dnl The testsuite driver may need to know about EXEEXT, so add the
dnl 'am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen.  This
dnl macro is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(dnl
[m4_provide_if([_AM_COMPILER_EXEEXT],
  [AM_CONDITIONAL([am__EXEEXT], [test -n "$EXEEXT"])])])dnl
])

dnl Hook into `_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further
dnl mangled by Autoconf and run in a shell conditional statement.
m4_define([_AC_COMPILER_EXEEXT],
@@ -555,14 +556,11 @@
done
echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2008, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_PROG_INSTALL_SH
# ------------------
@@ -577,15 +575,13 @@
    install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
  esac
fi
AC_SUBST(install_sh)])
AC_SUBST([install_sh])])

# Copyright (C) 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2003-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 2

# Check whether the underlying file-system supports filenames
# with a leading dot.  For instance MS-DOS doesn't.
@@ -602,13 +598,11 @@

# Check to see how 'make' treats includes.                -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005, 2009  Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 4

# AM_MAKE_INCLUDE()
# -----------------
@@ -627,7 +621,7 @@
_am_result=none
# First try GNU make style include.
echo "include confinc" > confmf
# Ignore all kinds of additional output from `make'.
# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
*the\ am__doit\ target*)
  am__include=include
@@ -654,14 +648,11 @@

# Fake the existence of programs that GNU maintainers use.  -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 6

# AM_MISSING_PROG(NAME, PROGRAM)
# ------------------------------
@@ -670,11 +661,10 @@
$1=${$1-"${am_missing_run}$2"}
AC_SUBST($1)])


# AM_MISSING_HAS_RUN
# ------------------
# Define MISSING if not defined so far and test if it supports --run.
# If it does, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
# Define MISSING if not defined so far and test if it is modern enough.
# If it is, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
AC_DEFUN([AM_MISSING_HAS_RUN],
[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
AC_REQUIRE_AUX_FILE([missing])dnl
@@ -687,53 +677,21 @@
  esac
fi
# Use eval to expand $SHELL
if eval "$MISSING --run true"; then
  am_missing_run="$MISSING --run "
if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
  am_missing_run="$MISSING "
else
  am_missing_run=
  AC_MSG_WARN([`missing' script is too old or missing])
  AC_MSG_WARN(['missing' script is too old or missing])
fi
])

# Copyright (C) 2003, 2004, 2005, 2006, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_PROG_MKDIR_P
# ---------------
# Check for `mkdir -p'.
AC_DEFUN([AM_PROG_MKDIR_P],
[AC_PREREQ([2.60])dnl
AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
dnl Automake 1.8 to 1.9.6 used to define mkdir_p.  We now use MKDIR_P,
dnl while keeping a definition of mkdir_p for backward compatibility.
dnl @MKDIR_P@ is magic: AC_OUTPUT adjusts its value for each Makefile.
dnl However we cannot define mkdir_p as $(MKDIR_P) for the sake of
dnl Makefile.ins that do not define MKDIR_P, so we do our own
dnl adjustment using top_builddir (which is defined more often than
dnl MKDIR_P).
AC_SUBST([mkdir_p], ["$MKDIR_P"])dnl
case $mkdir_p in
  [[\\/$]]* | ?:[[\\/]]*) ;;
  */*) mkdir_p="\$(top_builddir)/$mkdir_p" ;;
esac
])

# Helper functions for option handling.                     -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005, 2008, 2010 Free Software
# Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 5

# _AM_MANGLE_OPTION(NAME)
# -----------------------
@@ -744,7 +702,7 @@
# --------------------
# Set option NAME.  Presently that only means defining a flag for this option.
AC_DEFUN([_AM_SET_OPTION],
[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), 1)])
[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [1])])

# _AM_SET_OPTIONS(OPTIONS)
# ------------------------
@@ -760,22 +718,16 @@

# Check to make sure that the build environment is sane.    -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 2000, 2001, 2003, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 5

# AM_SANITY_CHECK
# ---------------
AC_DEFUN([AM_SANITY_CHECK],
[AC_MSG_CHECKING([whether build environment is sane])
# Just in case
sleep 1
echo timestamp > conftest.file
# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
# name.  Accept space and tab only in the latter.
am_lf='
@@ -786,32 +738,40 @@
esac
case $srcdir in
  *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \    ]]*)
    AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: `$srcdir']);;
    AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: '$srcdir']);;
esac

# Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
# directory).
if (
   set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
   if test "$[*]" = "X"; then
      # -L didn't work.
      set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
   fi
   rm -f conftest.file
   if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
      && test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
   am_has_slept=no
   for am_try in 1 2; do
     echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
     set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
     if test "$[*]" = "X"; then
    # -L didn't work.
    set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
     fi
     if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
    && test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then

      # If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
      # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
      # broken ls alias from the environment.  This has actually
      # happened.  Such a system could not be considered "sane".
      AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
alias in your environment])
   fi

    # If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
    # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
    # broken ls alias from the environment.  This has actually
    # happened.  Such a system could not be considered "sane".
    AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
  alias in your environment])
     fi
     if test "$[2]" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
       break
     fi
     # Just in case.
     sleep 1
     am_has_slept=yes
   done
   test "$[2]" = conftest.file
   )
then
@@ -821,45 +781,117 @@
   AC_MSG_ERROR([newly created file is older than distributed files!
Check your system clock])
fi
AC_MSG_RESULT(yes)])
AC_MSG_RESULT([yes])
# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
# generated files are strictly newer.
am_sleep_pid=
if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
  ( sleep 1 ) &
  am_sleep_pid=$!
fi
AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
  [AC_MSG_CHECKING([that generated files are newer than configure])
   if test -n "$am_sleep_pid"; then
     # Hide warnings about reused PIDs.
     wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
   fi
   AC_MSG_RESULT([done])])
rm -f conftest.file
])

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2009-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1
# AM_SILENT_RULES([DEFAULT])
# --------------------------
# Enable less verbose build rules; with the default set to DEFAULT
# ("yes" being less verbose, "no" or empty being verbose).
AC_DEFUN([AM_SILENT_RULES],
[AC_ARG_ENABLE([silent-rules], [dnl
AS_HELP_STRING(
  [--enable-silent-rules],
  [less verbose build output (undo: "make V=1")])
AS_HELP_STRING(
  [--disable-silent-rules],
  [verbose build output (undo: "make V=0")])dnl
])
case $enable_silent_rules in @%:@ (((
  yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
   no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
    *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=m4_if([$1], [yes], [0], [1]);;
esac
dnl
dnl A few 'make' implementations (e.g., NonStop OS and NextStep)
dnl do not support nested variable expansions.
dnl See automake bug#9928 and bug#10237.
am_make=${MAKE-make}
AC_CACHE_CHECK([whether $am_make supports nested variables],
   [am_cv_make_support_nested_variables],
   [if AS_ECHO([['TRUE=$(BAR$(V))
BAR0=false
BAR1=true
V=1
am__doit:
    @$(TRUE)
.PHONY: am__doit']]) | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
  am_cv_make_support_nested_variables=yes
else
  am_cv_make_support_nested_variables=no
fi])
if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
  dnl Using '$V' instead of '$(V)' breaks IRIX make.
  AM_V='$(V)'
  AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
else
  AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
  AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
fi
AC_SUBST([AM_V])dnl
AM_SUBST_NOTMAKE([AM_V])dnl
AC_SUBST([AM_DEFAULT_V])dnl
AM_SUBST_NOTMAKE([AM_DEFAULT_V])dnl
AC_SUBST([AM_DEFAULT_VERBOSITY])dnl
AM_BACKSLASH='\'
AC_SUBST([AM_BACKSLASH])dnl
_AM_SUBST_NOTMAKE([AM_BACKSLASH])dnl
])

# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# AM_PROG_INSTALL_STRIP
# ---------------------
# One issue with vendor `install' (even GNU) is that you can't
# One issue with vendor 'install' (even GNU) is that you can't
# specify the program used to strip binaries.  This is especially
# annoying in cross-compiling environments, where the build's strip
# is unlikely to handle the host's binaries.
# Fortunately install-sh will honor a STRIPPROG variable, so we
# always use install-sh in `make install-strip', and initialize
# always use install-sh in "make install-strip", and initialize
# STRIPPROG with the value of the STRIP variable (set by the user).
AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_STRIP],
[AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
# run "make install-strip".  However 'strip' might not be the right
# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be `maybe'.
# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be 'maybe'.
if test "$cross_compiling" != no; then
  AC_CHECK_TOOL([STRIP], [strip], :)
fi
INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
AC_SUBST([INSTALL_STRIP_PROGRAM])])

# Copyright (C) 2006, 2008, 2010 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2006-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 3

# _AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
# ---------------------------
@@ -874,18 +906,16 @@

# Check how to create a tarball.                            -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2004, 2005, 2012 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2004-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 2

# _AM_PROG_TAR(FORMAT)
# --------------------
# Check how to create a tarball in format FORMAT.
# FORMAT should be one of `v7', `ustar', or `pax'.
# FORMAT should be one of 'v7', 'ustar', or 'pax'.
#
# Substitute a variable $(am__tar) that is a command
# writing to stdout a FORMAT-tarball containing the directory
@@ -895,76 +925,114 @@
# Substitute a variable $(am__untar) that extract such
# a tarball read from stdin.
#     $(am__untar) < result.tar
#
AC_DEFUN([_AM_PROG_TAR],
[# Always define AMTAR for backward compatibility.  Yes, it's still used
# in the wild :-(  We should find a proper way to deprecate it ...
AC_SUBST([AMTAR], ['$${TAR-tar}'])
m4_if([$1], [v7],
     [am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'],
     [m4_case([$1], [ustar],, [pax],,
              [m4_fatal([Unknown tar format])])
AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])
# Loop over all known methods to create a tar archive until one works.

# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'
_am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}
# Do not fold the above two line into one, because Tru64 sh and
# Solaris sh will not grok spaces in the rhs of `-'.
for _am_tool in $_am_tools
do
  case $_am_tool in
  gnutar)
    for _am_tar in tar gnutar gtar;
    do
      AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
    done
    am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
    am__tar_="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$tardir"'
    am__untar="$_am_tar -xf -"
    ;;
  plaintar)
    # Must skip GNU tar: if it does not support --format= it doesn't create
    # ustar tarball either.
    (tar --version) >/dev/null 2>&1 && continue
    am__tar='tar chf - "$$tardir"'
    am__tar_='tar chf - "$tardir"'
    am__untar='tar xf -'
    ;;
  pax)
    am__tar='pax -L -x $1 -w "$$tardir"'
    am__tar_='pax -L -x $1 -w "$tardir"'
    am__untar='pax -r'
    ;;
  cpio)
    am__tar='find "$$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
    am__tar_='find "$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
    am__untar='cpio -i -H $1 -d'
    ;;
  none)
    am__tar=false
    am__tar_=false
    am__untar=false
    ;;
  esac

  # If the value was cached, stop now.  We just wanted to have am__tar
  # and am__untar set.
  test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break
m4_if([$1], [v7],
  [am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'],

  # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works
  [m4_case([$1],
    [ustar],
     [# The POSIX 1988 'ustar' format is defined with fixed-size fields.
      # There is notably a 21 bits limit for the UID and the GID.  In fact,
      # the 'pax' utility can hang on bigger UID/GID (see automake bug#8343
      # and bug#13588).
      am_max_uid=2097151 # 2^21 - 1
      am_max_gid=$am_max_uid
      # The $UID and $GID variables are not portable, so we need to resort
      # to the POSIX-mandated id(1) utility.  Errors in the 'id' calls
      # below are definitely unexpected, so allow the users to see them
      # (that is, avoid stderr redirection).
      am_uid=`id -u || echo unknown`
      am_gid=`id -g || echo unknown`
      AC_MSG_CHECKING([whether UID '$am_uid' is supported by ustar format])
      if test $am_uid -le $am_max_uid; then
         AC_MSG_RESULT([yes])
      else
         AC_MSG_RESULT([no])
         _am_tools=none
      fi
      AC_MSG_CHECKING([whether GID '$am_gid' is supported by ustar format])
      if test $am_gid -le $am_max_gid; then
         AC_MSG_RESULT([yes])
      else
        AC_MSG_RESULT([no])
        _am_tools=none
      fi],

  [pax],
    [],

  [m4_fatal([Unknown tar format])])

  AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])

  # Go ahead even if we have the value already cached.  We do so because we
  # need to set the values for the 'am__tar' and 'am__untar' variables.
  _am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}

  for _am_tool in $_am_tools; do
    case $_am_tool in
    gnutar)
      for _am_tar in tar gnutar gtar; do
        AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
      done
      am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
      am__tar_="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$tardir"'
      am__untar="$_am_tar -xf -"
      ;;
    plaintar)
      # Must skip GNU tar: if it does not support --format= it doesn't create
      # ustar tarball either.
      (tar --version) >/dev/null 2>&1 && continue
      am__tar='tar chf - "$$tardir"'
      am__tar_='tar chf - "$tardir"'
      am__untar='tar xf -'
      ;;
    pax)
      am__tar='pax -L -x $1 -w "$$tardir"'
      am__tar_='pax -L -x $1 -w "$tardir"'
      am__untar='pax -r'
      ;;
    cpio)
      am__tar='find "$$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
      am__tar_='find "$tardir" -print | cpio -o -H $1 -L'
      am__untar='cpio -i -H $1 -d'
      ;;
    none)
      am__tar=false
      am__tar_=false
      am__untar=false
      ;;
    esac

    # If the value was cached, stop now.  We just wanted to have am__tar
    # and am__untar set.
    test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break

    # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works.
    rm -rf conftest.dir
    mkdir conftest.dir
    echo GrepMe > conftest.dir/file
    AM_RUN_LOG([tardir=conftest.dir && eval $am__tar_ >conftest.tar])
    rm -rf conftest.dir
    if test -s conftest.tar; then
      AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
      AM_RUN_LOG([cat conftest.dir/file])
      grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
    fi
  done
  rm -rf conftest.dir
  mkdir conftest.dir
  echo GrepMe > conftest.dir/file
  AM_RUN_LOG([tardir=conftest.dir && eval $am__tar_ >conftest.tar])
  rm -rf conftest.dir
  if test -s conftest.tar; then
    AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
    grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
  fi
done
rm -rf conftest.dir

AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])
  AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
  AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])

AC_SUBST([am__tar])
AC_SUBST([am__untar])
]) # _AM_PROG_TAR

 src/bond.c

@@ -35,6 +35,17 @@
    return blist->bond[blist->n-1];
}


ts_bool bond_vector(ts_bond *bond){
	
    bond->x = bond->vtx1->x - bond->vtx2->x;
    bond->y = bond->vtx1->y - bond->vtx2->y;
    bond->z = bond->vtx1->z - bond->vtx2->z;

    return TS_SUCCESS;	
}


ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist){
    ts_uint i;
    for(i=0;i<blist->n;i++){

 src/bond.h

@@ -20,6 +20,7 @@
 */
ts_bond *bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2);

ts_bool bond_vector(ts_bond *bond);
ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist);



 src/frame.c

@@ -22,7 +22,7 @@
        vtx[i]->y-=vesicle->cm[1];
        vtx[i]->z-=vesicle->cm[2]; 
    } 

//move polymers for the same vector as we moved vesicle
    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
@@ -30,22 +30,24 @@
            vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
        }
    }
//move filaments for the same vector as we moved vesicle
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
        }
    }


    vesicle->cm[0]=0;
    vesicle->cm[1]=0;
    vesicle->cm[2]=0;
    vesicle->cm[0]=0.0;
    vesicle->cm[1]=0.0;
    vesicle->cm[2]=0.0;

    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
    //ts_double shift;
    //ts_double dcell;
    //shift=(ts_double) vesicle->clist->ncmax[0]/2;
    //dcell=1.0/(1.0 + vesicle->stepsize);
    //`fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 

    cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
    for(i=0;i<n;i++){
@@ -56,17 +58,21 @@
    cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);
    }

//Add all polymers to cells
    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
        cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
        cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
    }
    }
//Add all filaments to cells
     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
    for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
        cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
        cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
    }
    }
   

    

    //fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 
    //if(dcell);
    //if(shift);
    return TS_SUCCESS;
}

 src/general.h

@@ -166,10 +166,11 @@
        ts_uint idx;
    ts_vertex *vtx1;
    ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
    ts_bool tainted;
        ts_double bond_length;
        ts_double bond_length_dual;
    ts_bool tainted; //TODO: remove
    ts_double energy;
    ts_double x,y,z;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -256,11 +257,17 @@
       ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;

// Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
    ts_poly_list *poly_list;
// Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
    ts_poly_list *filament_list;

    ts_double spring_constant;
    ts_double pressure;
    ts_int pswitch;

    ts_double R_nucleus;

} ts_vesicle;



 src/initial_distribution.c

@@ -37,10 +37,42 @@

ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
    ts_vesicle *vesicle;
    ts_vertex *vtx;

    vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist);
    // Nucleus:
    vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus;

    //Initialize grafted polymers (brush):
    vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
    poly_assign_spring_const(vesicle);

    //Initialize filaments (polymers inside the vesicle):
    vesicle->filament_list=init_poly_list(tape->nfil,tape->nfono, NULL, vesicle);
    poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);

    ts_uint i,j;
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
            bond_vector(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]);
            vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->bond_length = sqrt(vtx_distance_sq(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2));
        }
    }

    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            vtx = vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j];
            if(vtx->bond_no == 2){
            vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
            }
        }
    }


//    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
//    poly_assign_spring_const(vesicle);

    
    vesicle->nshell=tape->nshell;
    vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */

 src/io.c

@@ -36,6 +36,8 @@
    fwrite(vesicle->clist, sizeof(ts_cell_list),1,fh);
    /* dump poly list */
    fwrite(vesicle->poly_list, sizeof(ts_poly_list),1,fh);
    /* dump filament list */
    fwrite(vesicle->filament_list, sizeof(ts_poly_list),1,fh);
    /* level 1 complete */

    /*dump vertices*/
@@ -118,6 +120,43 @@
        }
    }


  /*dump filamentes grandes svinjas */
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        fwrite(vesicle->filament_list->poly[i],sizeof(ts_poly),1,fh);
        fwrite(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,sizeof(ts_vertex_list),1,fh);
        fwrite(vesicle->filament_list->poly[i]->blist,sizeof(ts_bond_list),1,fh);
    } 
     
    /* dump filamentes vertex(monomer) list*/
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            fwrite(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j],sizeof(ts_vertex),1,fh);
            /* dump offset for neigh and bond */
            for(k=0;k<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh_no;k++){
               // off=(ts_ulong)(vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh[k]-vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[0]);
                fwrite(&vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh[k]->idx,sizeof(ts_uint),1,fh); 
            }
            for(k=0;k<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond_no;k++){
                //off=(ts_ulong)(vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond[k]-vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[0]);
                fwrite(&vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond[k]->idx,sizeof(ts_uint),1,fh); 
            }
        }
    }
    /* dump poly bonds between monomers list*/
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
            fwrite(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j],sizeof(ts_bond),1,fh);
            /* dump vtx1 and vtx2 offsets */
            //off=(ts_ulong)(vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1-vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[0]);
            fwrite(&vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1->idx,sizeof(ts_uint),1,fh); 
//            off=(ts_ulong)(vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2-vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[0]);
            fwrite(&vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2->idx,sizeof(ts_uint),1,fh); 
        }
    }



/* pointer offsets for fixing the restored pointers */
/* need pointers for 
    vlist->vtx
@@ -180,6 +219,9 @@
    /* restore poly list */
    vesicle->poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
    retval=fread(vesicle->poly_list, sizeof(ts_poly_list),1,fh);
    /* restore filament list */
    vesicle->filament_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
    retval=fread(vesicle->filament_list, sizeof(ts_poly_list),1,fh);
    /* level 1 complete */

/* prerequisity. Bonds must be malloced before vertexes are recreated */
@@ -319,6 +361,61 @@
                vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1=vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[idx];
                retval=fread(&idx,sizeof(ts_uint),1,fh);
                vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2=vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[idx];
        }
    }

    /*restore filaments */
    vesicle->filament_list->poly = (ts_poly **)calloc(vesicle->filament_list->n,sizeof(ts_poly *));
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        vesicle->filament_list->poly[i]=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
        retval=fread(vesicle->filament_list->poly[i],sizeof(ts_poly),1,fh);
        vesicle->filament_list->poly[i]->vlist=(ts_vertex_list *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_list));
        retval=fread(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,sizeof(ts_vertex_list),1,fh);
        vesicle->filament_list->poly[i]->blist=(ts_bond_list *)calloc(1,sizeof(ts_bond_list));
        retval=fread(vesicle->filament_list->poly[i]->blist,sizeof(ts_bond_list),1,fh);
    /* initialize adress space for pointers that will hold specific vertices (monomers) and bonds */
        vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n,sizeof(ts_vertex *));
        vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond=(ts_bond **)calloc(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n,sizeof(ts_bond *));
     for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
    }
    for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
            vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
    }

    } 

     
    /* restore poly vertex(monomer) list*/
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            retval=fread(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j],sizeof(ts_vertex),1,fh);
           	 
            /* restore neigh and bonds */
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh=(ts_vertex **)calloc(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh_no, sizeof(ts_vertex *));
            for(k=0;k<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh_no;k++){
                retval=fread(&idx,sizeof(ts_uint),1,fh);
                vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->neigh[k]=vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[idx];
            }
            vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond=(ts_bond **)calloc(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond_no, sizeof(ts_bond *));
            for(k=0;k<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond_no;k++){
                retval=fread(&idx,sizeof(ts_uint),1,fh);
                vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->bond[k]=vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[idx];
            }

        }
    }

    /* restore poly bonds between monomers list*/
    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
       //     vesicle->poly_list->poly[i]->blist->bond[j]=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
            retval=fread(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j],sizeof(ts_bond),1,fh);
            /* restore vtx1 and vtx2 */
                retval=fread(&idx,sizeof(ts_uint),1,fh);
                vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1=vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[idx];
                retval=fread(&idx,sizeof(ts_uint),1,fh);
                vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2=vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[idx];
        }
    }

@@ -664,8 +761,8 @@
    /* Here comes header of the file */

    //find number of extra vtxs and bonds of polymeres
    ts_uint monono=0, polyno=0, poly_idx=0;
    ts_bool poly=0;
    ts_uint monono=0, polyno=0, poly_idx=0, filno=0, fonono=0;
    ts_bool poly=0, fil=0;
    if(vesicle->poly_list!=NULL){
        if(vesicle->poly_list->poly[0]!=NULL){
        polyno=vesicle->poly_list->n;
@@ -673,8 +770,17 @@
        poly=1;
        }
    }

    if(vesicle->filament_list!=NULL){
        if(vesicle->filament_list->poly[0]!=NULL){
        filno=vesicle->filament_list->n;
        fonono=vesicle->filament_list->poly[0]->vlist->n;
        fil=1;
        }
    }

    fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno, blist->n+monono*polyno);
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
       for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u ",vtx[i]->idx);
@@ -684,6 +790,16 @@
        poly_idx=vlist->n;
        for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
                fprintf(fh,"%u ", poly_idx);
            }
        }
    }
    //filaments
    if(fil){
        poly_idx=vlist->n+monono*polyno;
        for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++,poly_idx++){
    //    fprintf(stderr,"was here\n");
                fprintf(fh,"%u ", poly_idx);
            }
        }
@@ -698,6 +814,14 @@
        for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
                fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            }
        }
    }
    //filaments
    if(fil){
        for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
                fprintf(fh,"%e %e %e\n", vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x,vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z );
            }
        }
    }
@@ -720,14 +844,26 @@

    }
    
    //filaments
    if(fil){
        poly_idx=vlist->n+monono*polyno;
        for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
            for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
                fprintf(fh,"%u %u\n", vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1->idx+vlist->n+monono*polyno+i*fonono,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2->idx+vlist->n+monono*polyno+i*fonono);
//        fprintf(stderr,"was here\n");
			
            }
        }

    }

    fprintf(fh,"</DataArray>\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"offsets\" format=\"ascii\">");
    for (i=2;i<(blist->n+monono*polyno)*2+1;i+=2){
    for (i=2;i<(blist->n+monono*polyno+(fonono-1)*filno)*2+1;i+=2){
    fprintf(fh,"%u ",i);
    }
    fprintf(fh,"\n");
    fprintf(fh,"</DataArray>\n<DataArray type=\"UInt8\" Name=\"types\" format=\"ascii\">\n");
     for (i=0;i<blist->n+monono*polyno;i++){
     for (i=0;i<blist->n+monono*polyno+fonono*filno;i++){
        fprintf(fh,"3 ");
    }

@@ -797,11 +933,15 @@
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &tape->nshell),
        CFG_SIMPLE_INT("npoly", &tape->npoly),
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &tape->nmono),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &tape->dmax),
    CFG_SIMPLE_INT("nfil",&tape->nfil),
    CFG_SIMPLE_INT("nfono",&tape->nfono),
    CFG_SIMPLE_INT("R_nucleus",&tape->R_nucleus),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &tape->dmax),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
    CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("xi",&tape->xi),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&tape->stepsize),
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &tape->ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &tape->ncymax),

 src/io.h

@@ -16,6 +16,9 @@
    long int nczmax;
    long int npoly;
    long int nmono;
    long int nfil;
    long int nfono;
    long int R_nucleus;
    long int pswitch;
        char *multiprocessing;
       long int brezveze0;
@@ -25,6 +28,7 @@
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double kspring;
    ts_double xi;
    ts_double pressure;
    long int iterations;
    long int inititer;

 src/main.c

@@ -47,6 +47,7 @@
        vtx_set_global_values(vesicle);
        vesicle->pressure=tape->pressure;
        vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax;
        poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);

        if(command_line_args.reset_iteration_count) start_iteration=tape->inititer-1;
        else start_iteration++;

 src/poly.c

@@ -6,6 +6,17 @@
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
    ts_uint i;

    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
     vesicle->filament_list->poly[i]->k = tape->xi;
        }
	
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i;

@@ -20,8 +31,10 @@
    ts_poly    *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
    poly->vlist = init_vertex_list(n);
    poly->blist = init_bond_list();
    poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
    grafted_vtx->grafted_poly = poly;
    if (grafted_vtx!=NULL){
        poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
        grafted_vtx->grafted_poly = poly;
    }

    ts_uint i;
    for(i=0;i<n-1;i++){
@@ -38,45 +51,72 @@
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
    poly_list->poly    = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
    ts_uint i=0,j=0; //idx;
    ts_uint gvtxi;
    ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;
    ts_double dphi,dh;
    ts_uint ji;

    if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
    // Grafting polymers:
    if (vlist!=NULL){
        if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
    
    while(i<n_poly){
        gvtxi = rand() % vlist->n;
        if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
        poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
        i++;
        while(i<n_poly){
            gvtxi = rand() % vlist->n;
            if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
            poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
            i++;
            }
        }
    }
	
    else
    {
        for(i=0;i<n_poly;i++){
            poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, NULL);
        }
    }

    poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
    for (i=0;i<poly_list->n;i++){
    if (vlist!=NULL){
    /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
        for (i=0;i<poly_list->n;i++){
	
            xnorm=0.0;
            ynorm=0.0;
            znorm=0.0;
            for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
                xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
                ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
                znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
            }
            normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
            xnorm=xnorm/normlength;
            ynorm=ynorm/normlength;
            znorm=znorm/normlength;

        xnorm=0.0;
        ynorm=0.0;
        znorm=0.0;
        for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
            xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
            ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
            znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
            for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
            }
        }
        normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
        xnorm=xnorm/normlength;
        ynorm=ynorm/normlength;
        znorm=znorm/normlength;

        for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
    }
    else
    {
    /* Make filaments inside the vesicle. Helix with radius... Dist. between poly vertices put to 1*/
        dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/vesicle->R_nucleus)*1.001;
        dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
        for(i=0;i<poly_list->n;i++){
            for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
                ji = j + i*poly_list->poly[i]->vlist->n;
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = vesicle->R_nucleus*cos(ji*dphi);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = vesicle->R_nucleus*sin(ji*dphi);
                poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = ji*dh - (dh*poly_list->n*poly_list->poly[i]->vlist->n/2.0);
            }
        }
    }


 src/poly.h

@@ -1,11 +1,12 @@
#ifndef _POLY_H
#define _POLY_H
#include"io.h"

#include"general.h"

ts_poly    *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx);

ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist);
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle);

ts_bool poly_free(ts_poly *poly);

@@ -13,4 +14,6 @@

ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle);

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape);

#endif

 src/tape

@@ -14,13 +14,25 @@
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.1

####### Polymer definitions ###########
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=300
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=1
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=100

####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
R_nucleus=5

#######  Cell definitions ############
nxmax=60
@@ -32,7 +44,7 @@
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=500
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=1
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=20


 src/timestep.c

@@ -23,7 +23,7 @@
        cell_occupation(vesicle);
        ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
            dump_state(vesicle,i);
        if(i>inititer){
        if(i>=inititer){
            write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
        }
    }
@@ -56,15 +56,25 @@
    }

    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
        rnvec[2]=drand48();
        retval=single_poly_vertex_move(vesicle,vesicle->poly_list->poly[i],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j],rnvec);	
        for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            rnvec[0]=drand48();
            rnvec[1]=drand48();
            rnvec[2]=drand48();
            retval=single_poly_vertex_move(vesicle,vesicle->poly_list->poly[i],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j],rnvec);	
        }
    }


    for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
        for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            rnvec[0]=drand48();
            rnvec[1]=drand48();
            rnvec[2]=drand48();
            retval=single_filament_vertex_move(vesicle,vesicle->filament_list->poly[i],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j],rnvec);	
        }
    }
 

//    printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,3*vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n/3.0);
    if(retval);
    return TS_SUCCESS;

 src/vertexmove.c

@@ -254,3 +254,116 @@
    //END MONTE CARLOOOOOOO
    return TS_SUCCESS;
}




ts_bool single_filament_vertex_move(ts_vesicle *vesicle,ts_poly *poly,ts_vertex *vtx,ts_double *rn){
    ts_uint i;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
    ts_double dist[2];
    //This will hold all the information of vtx and its neighbours
    ts_vertex backupvtx,backupneigh[2];
    ts_bond backupbond[2];

    //backup vertex:		
    memcpy((void *)&backupvtx,(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

    //random move in a sphere with radius stepsize:
    r=vesicle->stepsize*rn[0];
    phi=rn[1]*2*M_PI;
    costheta=2*rn[2]-1;
    sintheta=sqrt(1-pow(costheta,2));
    vtx->x=vtx->x+r*sintheta*cos(phi);
    vtx->y=vtx->y+r*sintheta*sin(phi);
    vtx->z=vtx->z+r*costheta;


    //distance with neighbours check
    for(i=0;i<vtx->bond_no;i++){
        dist[i]=vtx_distance_sq(vtx->bond[i]->vtx1,vtx->bond[i]->vtx2);
        if(dist[i]<1.0 || dist[i]>vesicle->dmax) {
            vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
            return TS_FAIL;
        }
    }


    //self avoidance check with distant vertices
    cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vtx);
    //check occupation number
    retval=cell_occupation_number_and_internal_proximity(vesicle->clist,cellidx,vtx);
	
    if(retval==TS_FAIL){
        vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
        return TS_FAIL;
    } 

    //backup bonds
    for(i=0;i<vtx->bond_no;i++){
        memcpy(&backupbond[i],vtx->bond[i], sizeof(ts_bond));
        vtx->bond[i]->bond_length=sqrt(dist[i]);
        bond_vector(vtx->bond[i]);
    }

    //backup neighboring vertices:
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        memcpy(&backupneigh[i],vtx->neigh[i], sizeof(ts_vertex));
    }
	
    //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
    delta_energy=0;
	
    if(vtx->bond_no == 2){
        vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
        delta_energy += vtx->energy - backupvtx.energy;
    }

    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        if(vtx->neigh[i]->bond_no == 2){
            vtx->neigh[i]->energy = -(vtx->neigh[i]->bond[0]->x*vtx->neigh[i]->bond[1]->x + vtx->neigh[i]->bond[0]->y*vtx->neigh[i]->bond[1]->y + vtx->neigh[i]->bond[0]->z*vtx->neigh[i]->bond[1]->z)/vtx->neigh[i]->bond[0]->bond_length/vtx->neigh[i]->bond[1]->bond_length;
            delta_energy += vtx->neigh[i]->energy - backupneigh[i].energy;
        }
    }

    // poly->k is filament persistence length (in units l_min)
    delta_energy *= poly->k;

    if(delta_energy>=0){
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
        if(exp(-delta_energy)< drand48() )
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
        if(expf(-delta_energy)< (ts_float)drand48())
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
        if(expl(-delta_energy)< (ts_ldouble)drand48())
#endif
        {
    //not accepted, reverting changes
    vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        memcpy(vtx->neigh[i],&backupneigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }
    for(i=0;i<vtx->bond_no;i++){
        vtx->bond[i]=memcpy((void *)vtx->bond[i],(void *)&backupbond[i],sizeof(ts_bond));
    }

    return TS_FAIL; 
    }
    }
	
	
//    oldcellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, &backupvtx[0]);
    if(vtx->cell!=vesicle->clist->cell[cellidx]){
        retval=cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vtx);
//        if(retval==TS_SUCCESS) cell_remove_vertex(vesicle->clist->cell[oldcellidx],vtx);
        if(retval==TS_SUCCESS) cell_remove_vertex(backupvtx.cell,vtx);	
    }
//    if(oldcellidx);
    //END MONTE CARLOOOOOOO
    return TS_SUCCESS;
}

 src/vertexmove.h

@@ -2,3 +2,5 @@
ts_bool single_verticle_timestep(ts_vesicle *vesicle,ts_vertex *vtx,ts_double *rn);

ts_bool single_poly_vertex_move(ts_vesicle *vesicle,ts_poly *poly,ts_vertex *vtx,ts_double *rn);

ts_bool single_filament_vertex_move(ts_vesicle *vesicle,ts_poly *poly,ts_vertex *vtx,ts_double *rn);