Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2014-06-25 49dbdd4940aa78021f4ba516f4edb632058262bf
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
4a1b27 3 nshell=17
e86357 4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
304510 5 dmax=1.7
ea1cce 6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
fe24d2 7 dmin_interspecies=1.2
e86357 8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
2dcc65 9 xk0=10.0
e86357 10 # max step size (in units l_min)
a6b1b5 11 stepsize=0.15
e86357 12
M 13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
11e87f 15 pswitch = 0
2dcc65 16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
11e87f 17 pressure=0.0
a6b1b5 18
9166cb 19 #Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable)
0f9d22 20 constvolswitch=0
dd5aca 21 constvolprecision=1e-14
9166cb 22
SP 23
624f81 24 ####### Polymer (brush) definitions ###########
a2db52 25 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
ea1cce 26 npoly=0
48bb92 27 # nmono is a number of monomers in each polymer
f8e6ba 28 nmono=10
48bb92 29 # Spring constant between monomers of the polymer
M 30 k_spring=800
a6b1b5 31
624f81 32 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
58230a 33 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
f06f5f 34 nfil=0
58230a 35 # nfono is a number of monomers in each filament
402e8f 36 nfono=300
b30f45 37 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
611412 38 xi=0
58230a 39
M 40 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
41 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
f06f5f 42 R_nucleus=0
a6b1b5 43
SP 44 #######  Cell definitions ############
45 nxmax=60
46 nymax=60
47 nzmax=60
48
49
50 ####### Program Control ############
d7a113 51 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
49dbdd 52 mcsweeps=200
d7a113 53 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
5a3862 54 inititer=0
d7a113 55 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
d27c07 56 iterations=100
d7a113 57
a6b1b5 58
dc77e8 59 ###### Spherical harmonics ###########
5a3862 60 # If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
c60a49 61 spherical_harmonics_coefficients=21
dc77e8 62
a6b1b5 63 #shut up if we are using cluster!!!
SP 64 quiet=false
f74313 65
SP 66 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
67 #currently only none makes sense.
68 multiprocessing=none
69 #how many cores are allowed to process in SMP?
70 smp_cores=2
71 #how many nodes in cluster?
72 cluster_nodes=50
73 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
74 distributed_processes=50
75 #cuda options???