Fixes bugs in creating IsakPrograms compatible image

Samo Penic

2014-06-25 49dbdd4940aa78021f4ba516f4edb632058262bf

Fixes bugs in creating IsakPrograms compatible image

 src/cross-section.c

@@ -2,6 +2,7 @@
#include<cross-section.h>
#include<coord.h>
#include<cairo/cairo.h>
#include<stdint.h>
/** @brief Calculates cross-section of vesicle with plane.
 *
 * Function returns points of cross-section of vesicle with plane. Plane is described with equation $ax+by+cz+d=0$. Algorithm extracts coordinates of each vertex of a vesicle and then:
@@ -77,17 +78,17 @@
    cairo_surface_t *surface;
    cairo_t *cr;
    ts_uint i;
    surface = cairo_image_surface_create (CAIRO_FORMAT_RGB24, 1800, 1800);
    surface = cairo_image_surface_create (CAIRO_FORMAT_ARGB32, 768, 576);
    cr = cairo_create (surface);
    cairo_rectangle(cr, 0.0, 0.0, 1800,1800);
    cairo_set_source_rgb(cr, 0.3, 0.3, 0.3);
    cairo_rectangle(cr, 0.0, 0.0, 768,576);
    cairo_set_source_rgb(cr, 1.0, 1.0, 1.0);
    cairo_fill(cr);
    cairo_set_line_width (cr, 5.0/30.0);
    cairo_set_line_width (cr, 2.0/8.0);
    cairo_set_line_cap(cr, CAIRO_LINE_CAP_ROUND);
    cairo_set_line_join(cr, CAIRO_LINE_JOIN_ROUND); 
    cairo_translate(cr, 900,900);
    cairo_scale (cr, 30, 30);
    cairo_set_source_rgb (cr, 1.0, 1.0, 1.0);
    cairo_translate(cr, 380,250);
    cairo_scale (cr, 8.0, 8.0);
    cairo_set_source_rgb (cr, 0.3, 0.3, 0.3);

    for(i=0;i<pts->n;i+=2){
        cairo_move_to(cr, pts->coord[i]->e1, pts->coord[i]->e2);
@@ -95,6 +96,7 @@
    }
    cairo_stroke(cr);
    cairo_surface_write_to_png (surface,filename);
    append_to_isak_program_raw(surface,"experimental.img");
    cairo_surface_finish (surface);    
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -106,3 +108,39 @@
    crossection_to_png(pts,filename);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool append_to_isak_program_raw(cairo_surface_t *surface, char *filename){
    
    unsigned char *d=cairo_image_surface_get_data(surface);
    int w=cairo_image_surface_get_width(surface);
    int h=cairo_image_surface_get_height(surface);
    int s=cairo_image_surface_get_stride(surface);
    int i,j;
    FILE *fd=fopen(filename, "a+");

    uint32_t *pixelptr; 
    uint32_t my_pixel;
    uint8_t pixel_channel;
//       red = (pixel[8] >> 16) & 0xFF;



       fwrite (&w,sizeof(uint32_t),1,fd);
       fwrite (&h,sizeof(uint32_t),1,fd);
       fwrite (&w,sizeof(uint32_t),1,fd);//time!
    for(i=0;i<h;i++){
        for(j=0;j<w;j++){
            pixelptr=(uint32_t *)(d + i * s);
            my_pixel = pixelptr[j];
            pixel_channel=(my_pixel>>16)&0xFF;
            fwrite(&pixel_channel,sizeof(uint8_t), 1,fd);
        }
    }
    fclose(fd);
    return TS_SUCCESS;
}

/*ts_bool init_isak_program_raw_output_file(ts_uint w, ts_uint h, char *filename){


}*/

 src/cross-section.h

@@ -1,8 +1,10 @@
#ifndef _H_CROSS_SECTION
#define _H_CROSS_SECTION
#include<cairo/cairo.h>
ts_coord_list *get_crossection_with_plane(ts_vesicle *vesicle,ts_double a,ts_double b,ts_double c, ts_double d);

ts_bool add_crosssection_point(ts_coord_list *pts,  ts_double a, ts_double b, ts_double c, ts_double d, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2);
ts_bool crossection_to_png(ts_coord_list *pts, char *filename);
ts_bool save_crossection_snapshot(ts_coord_list *pts, ts_uint timestepno);
ts_bool append_to_isak_program_raw(cairo_surface_t *surface, char *filename);
#endif

 src/tape

@@ -49,7 +49,7 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=2000
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?