Rewrite of frame is complete.

Samo Penic

2010-12-28 dac2e5020dc34c236b741ff5c4591244e73f56f2

Rewrite of frame is complete.

 src/cell.c

@@ -76,7 +76,7 @@
ts_bool cell_add_vertex(ts_cell *cell, ts_vertex *vtx){
    cell->data->nvertex++;
    cell->data->vertex=(ts_vertex **)realloc(cell->data->vertex,cell->data->nvertex*sizeof(ts_vertex *));
        if(vtx->data->neigh == NULL){
        if(cell->data->vertex == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex in cell_add_vertex",3);
        }
    cell->data->vertex[cell->data->nvertex-1]=vtx;

 src/energy.c

@@ -118,7 +118,9 @@
        data->curvature=-sqrtl(h);
    }
#endif
//TODO: MAJOR!!!! What is vtx->data->c?????????????? Here it is 0!
// What is vtx->data->c?????????????? Here it is 0!
// c is forced curvature energy for each vertex. Should be set to zero for
// norman circumstances.
    data->energy=0.5*s*(data->curvature/s-data->c)*(data->curvature/s-data->c);

    return TS_SUCCESS;

 src/frame.c

@@ -13,9 +13,9 @@
        vesicle->cm[1]+=vtx[i]->data->y;
        vesicle->cm[2]+=vtx[i]->data->z; 
    } 
    vesicle->cm[0]/=(float)n;
    vesicle->cm[1]/=(float)n;
    vesicle->cm[2]/=(float)n;
    vesicle->cm[0]/=(ts_float)n;
    vesicle->cm[1]/=(ts_float)n;
    vesicle->cm[2]/=(ts_float)n;
    return TS_SUCCESS;
}

@@ -28,7 +28,6 @@

    cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
    for(i=0;i<n;i++){
  
    cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->vlist->vtx[i]);
    vesicle->vlist->vtx[i]->data->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];

@@ -38,6 +37,7 @@
  //  if(ncy > vesicle->clist.ncmax[1]) vesicle->clist.ncmax[1]=ncy;
  //  if(ncz > vesicle->clist.ncmax[2]) vesicle->clist.ncmax[2]=ncz;
    }
    //fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 


/* This was already done in previous for loop.... Have I gained some time? 

 src/initial_distribution.c

@@ -25,6 +25,7 @@
    retval = init_triangles(vesicle);
    retval = init_triangle_neighbours(vesicle);
    retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
    retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
    retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
 ts_fprintf(stderr,"initial_distribution finished!\n");
    return vesicle;
@@ -348,7 +349,7 @@

//TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
//                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
//                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
    //                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
                    vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
                }
            }

 src/main.c

@@ -8,6 +8,7 @@
#include "vesicle.h"
#include "io.h"
#include "initial_distribution.h"
#include "frame.h"

/** Entrance function to the program
  * @param argv is a number of parameters used in program call (including the program name
@@ -57,7 +58,11 @@

vtx_list_free(vlist1);
printf("Tests complete.\n");
vesicle=initial_distribution_dipyramid(17,10,10,10,0.15);
vesicle=initial_distribution_dipyramid(17,60,60,60,0.15);

centermass(vesicle);
cell_occupation(vesicle);

write_vertex_xml_file(vesicle,0);
write_master_xml_file("test.pvd");
write_dout_fcompat_file(vesicle,"dout");

 src/triangle.c

@@ -72,7 +72,8 @@
  * Add the neigbour to the list of neighbouring triangles. The
  * neighbouring triangles are those, who share two vertices. Function resizes
  * the list and adds the pointer to neighbour. It receives two arguments of
  * ts_triangle type. It then adds eachother to eachother's list. Upon
  * ts_triangle type. It then adds second triangle to the list of first
  * triangle, but not the opposite. Upon
  * success it returns TS_SUCCESS, upon detecting NULL pointers 
  * returns TS_FAIL and it FATALY ends when the data structure
  * cannot be resized.

 src/vertex.c

@@ -144,7 +144,8 @@
    if(data->neigh!=NULL)   free(data->neigh);
    if(data->tristar!=NULL) free(data->tristar);
    if(data->bond!=NULL)    free(data->bond);
    if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
//Cells are freed separately.
 //   if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
    free(data);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -235,11 +236,21 @@
    cvtx->data->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    memcpy((void *)cvtx->data,(void *)ovtx->data,sizeof(ts_vertex_data));
    return TS_SUCCESS;
}

//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
        return NULL;
}



ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));

 src/vertex.h

@@ -28,6 +28,7 @@
inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem);

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx,ts_vertex *ovtx);
ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx);
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx);
ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist);