Bug in calculating members solved!

Samo Penic

2010-12-27 3131dcbf73ff8a0699a688119d57eaf386f49590

Bug in calculating members solved!

 src/initial_distribution.c

@@ -348,7 +348,7 @@

//TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
//                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
//                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
                    vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
                }
            }

 src/main.c

@@ -17,7 +17,7 @@

int main(int argv, char *argc[]){
ts_bool retval;
ts_vertex_list *vlist=init_vertex_list(5);
    ts_vertex_list *vlist=init_vertex_list(5);
ts_vertex_list *vlist1;
ts_bond_list *blist=init_bond_list();
ts_triangle_list *tlist=init_triangle_list();
@@ -57,9 +57,10 @@

vtx_list_free(vlist1);
printf("Tests complete.\n");
vesicle=initial_distribution_dipyramid(7,10,10,10,0.3);
vesicle=initial_distribution_dipyramid(17,10,10,10,0.15);
write_vertex_xml_file(vesicle,0);
write_master_xml_file("test.pvd");
write_dout_fcompat_file(vesicle,"dout");
vesicle_free(vesicle);

return 0; //program finished perfectly ok. We return 0.

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=20
nshell=17
# dmax is the square of the bond length 
dmax=1.67
# bending rigidity of the membrane 

 src/triangle.c

@@ -98,13 +98,15 @@
    if(tria->data->neigh == NULL)
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of triangle neighbour in triangle_add_neighbour",3);
    tria->data->neigh[tria->data->neigh_no-1]=ntria;
   
  
 
/* we repeat the procedure for the neighbour */  
    ntria->data->neigh_no++;
/*    ntria->data->neigh_no++;
    ntria->data->neigh=realloc(ntria->data->neigh,ntria->data->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(ntria->data->neigh == NULL)
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of triangle neighbour in triangle_add_neighbour",3);
    ntria->data->neigh[ntria->data->neigh_no-1]=tria;
*/
    return TS_SUCCESS;
}


 src/vertex.c

@@ -52,16 +52,19 @@
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

/* This was a bug in creating DIPYRAMID (the neighbours were not in right
 * order).
 */
    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
/*
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;

*/

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -108,12 +111,12 @@
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}