Debugging bondflip

Samo Penic

2013-12-09 d06a9476717d788c426e88b6365d7a863928b5c9

Debugging bondflip

 src/bond.c

@@ -89,8 +89,10 @@
        else i3=i;
    }
        bond->adjvtx[im]=bond->tria[1]->vertex[i3];
		

#ifdef DEBUG
    if(bond->adjvtx[0]==NULL) fatal("AdjVTX[0] is NULL",1);
    if(bond->adjvtx[1]==NULL) fatal("AdjVTX[1] is NULL",1);
#endif
    return TS_SUCCESS;
}


 src/bondflip.c

@@ -27,62 +27,27 @@
*/
    ts_vertex *it=bond->vtx1;
    ts_vertex *k=bond->vtx2;
    ts_uint nei,neip,neim;
    ts_uint i; //j;
  //  ts_uint nei,neip,neim;
    ts_uint i;
    ts_double oldenergy, delta_energy;
 //   ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lp2=NULL, *lm1=NULL, *lm2=NULL;
    ts_vertex *kp=NULL,*km=NULL;
    ts_triangle *lm=NULL, *lp=NULL;

    if(it->neigh->n< 3) return TS_FAIL;
    if(k->neigh->n< 3) return TS_FAIL;

    if(k==NULL || it==NULL){
        fatal("In bondflip, number of neighbours of k or it is less than 3!",999);
    }
	
    nei=0;
    for(i=0;i<it->neigh->n;i++){ // Finds the nn of it, that is k 
        if(it->neigh->vtx[i]==k){
            nei=i;
            break;
        }
    }
    neip=nei+1;  // I don't like it.. Smells like I must have it in correct order
    neim=nei-1;
    if(neip>=it->neigh->n) neip=0;
    if((ts_int)neim<0) neim=it->neigh->n-1; /* casting is essential... If not
there the neim is never <0 !!! */
  //  fprintf(stderr,"The numbers are: %u %u\n",neip, neim);
    km=it->neigh->vtx[neim];  // We located km and kp
    kp=it->neigh->vtx[neip];

    //find lm and lp (triangles that is common with k and it)
    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
        if(it->tristar[i]->vertex[0]==k || it->tristar[i]->vertex[1]==k || it->tristar[i]->vertex[2]==k){
            if(lm==NULL) lm=it->tristar[i];
            else lp=it->tristar[i];
        }
    }

    if(lm==NULL || lp==NULL) {
        fatal("In bondflip, cannot determine lp and lm",999);
    }

    if(km==NULL || kp==NULL){
        fatal("In bondflip, cannot determine km and kp!",999);
    }

  //  fprintf(stderr,"I WAS HERE! after the 4 vertices are known!\n");
#ifdef DEBUG
    if(bond->adjvtx[0]==NULL || bond->adjvtx[1]==NULL) fatal ("single_bondflip_timestep: Adjvertex for called bond is null. This should not happen!",999);
#endif
    ts_vertex *kp=bond->adjvtx[1],*km=bond->adjvtx[0];
//    ts_triangle *lm=NULL, *lp=NULL;

/* test if the membrane is wrapped too much, so that kp is nearest neighbour of
 * km. If it is true, then don't flip! */
/*TODO: dec2013, i think this never happens!
    for(i=0;i<km->neigh->n;i++){
        if(km->neigh->vtx[i] == kp) return TS_FAIL;
    }
*/


 //   fprintf(stderr,"Membrane didn't wrap too much.. Continue.\n");
/* if bond would be too long, return... */
    if(vtx_distance_sq(km,kp) > vesicle->dmax ) return TS_FAIL;
    if(vtx_distance_sq(bond->adjvtx[0],bond->adjvtx[1]) > vesicle->dmax ) return TS_FAIL;
 //   fprintf(stderr,"Bond will not be too long.. Continue.\n");

/* we make a bond flip. this is different than in original fortran */
@@ -115,11 +80,12 @@

*/
//    fprintf(stderr,"I WAS HERE! Before bondflip!\n");
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond);
    ts_flip_bond(bond);
//    fprintf(stderr,"I WAS HERE! Bondflip successful!\n");

/* Calculating the new energy */
  delta_energy=0;
/* TODO: why this neighs are recalculated? Not necessary! */
  for(i=0;i<k->neigh->n;i++) energy_vertex(k->neigh->vtx[i]);
  for(i=0;i<kp->neigh->n;i++) energy_vertex(kp->neigh->vtx[i]);
  for(i=0;i<km->neigh->n;i++) energy_vertex(km->neigh->vtx[i]);
@@ -150,7 +116,7 @@
       //     fprintf(stderr,"Failed to move, due to MC\n");

//            ts_flip_bond(km,kp,it,k, bond);
            ts_flip_bond(kp,km,k,it, bond);
            ts_flip_bond(bond);
                

/*
@@ -184,16 +150,15 @@
}


ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp,
ts_bond *bond){

ts_bool ts_flip_bond(ts_bond *bond){
fprintf(stderr,"Called!\n");
    ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lm2=NULL;
    ts_uint i,j; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
    ts_uint i; //lmidx, lpidx;
/*This is no longer necessary! if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
    fatal("ts_flip_bond: You called me with invalid pointers to vertices",999);
}
}*/
// 1. step. We find lm and lp from k->tristar !
    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
/*    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
        for(j=0;j<k->tristar_no;j++){
            if((it->tristar[i] == k->tristar[j])){ //ce gre za skupen trikotnik
                if((it->tristar[i]->vertex[0] == km || it->tristar[i]->vertex[1]
@@ -229,6 +194,14 @@
            } 
        }
    }
*/
//Upper block no longer neccessary.
ts_vertex *it=bond->vtx1;
ts_vertex *k=bond->vtx2;
ts_vertex *km=bond->adjvtx[0];
ts_vertex *kp=bond->adjvtx[1];
lm=bond->tria[0];
lp=bond->tria[1];
/*
// DEBUG TESTING!
fprintf(stderr,"*** Naslov k=%d\n",k);
@@ -244,8 +217,17 @@

// END DEBUG TESTING!
*/
//find bonds between k and kp (adj[1] vtx)
//find bonds between it and km (adj[0] vtx)
for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
    if((it->tristar[i]->vertex[0]==km || it->tristar[i]->vertex[1]==km || it->tristar[i]->vertex[2]==km) && (it->tristar[i]->vertex[0]==it || it->tristar[i]->vertex[1]==it || it->tristar[i]->vertex[2]==it)){
        lm2=it->tristar[i];
    }
    else if ((it->tristar[i]->vertex[0]==kp || it->tristar[i]->vertex[1]==kp || it->tristar[i]->vertex[2]==kp) && (it->tristar[i]->vertex[0]==k || it->tristar[i]->vertex[1]==k || it->tristar[i]->vertex[2]==k)){
        lp1=it->tristar[i];
    }
}
if(lm2==NULL || lp1==NULL) fatal("ts_flip_bond: Cannot find triangles lm2 and lp1!",999);

/*
//DEBUG TESTING
fprintf(stderr,"1. step: lm, lm2, lp1 and lp found!\n");
@@ -364,6 +346,9 @@
  energy_vertex(km);
  energy_vertex(it);

//Extra steps for new bond data structure
bond->adjvtx[0]=k;
bond->adjvtx[1]=it;

// END modifications to data structure!


 src/bondflip.h

@@ -3,5 +3,5 @@

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn);

ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp, ts_bond *bond);
ts_bool ts_flip_bond(ts_bond *bond);
#endif