debugged seg_fault. Found error in io.h. However, it is unknown why bond_no...

Samo Penic

2014-03-08 cef6cace886115944d4abc04f37a6741c437bce1

debugged seg_fault. Found error in io.h. However, it is unknown why bond_no is not equal to neigh_no

 src/io.c

@@ -108,11 +108,11 @@
        fprintf(fh," %.17E\t%.17E\t%.17E\t%.17E\t%.17E\t%u\n",
        vlist->vtx[i]->xk,vlist->vtx[i]->c,vlist->vtx[i]->energy,
        vlist->vtx[i]->energy_h, vlist->vtx[i]->curvature, 0);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->bond_no;j++){
            fprintf(fh," %.17E", vlist->vtx[i]->bond[j]->bond_length_dual);
        }
            fprintf(fh,"\n");
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->bond_no;j++){
            fprintf(fh," %.17E", vlist->vtx[i]->bond[j]->bond_length);
        }
            fprintf(fh,"\n");

 src/tape

@@ -4,7 +4,7 @@
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=25.0
xk0=1.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15

@@ -16,7 +16,7 @@

####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=1
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
@@ -30,7 +30,7 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=5000
mcsweeps=500
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=1
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?