It seems that bondlip is debugged. Still, recommend testing

Samo Penic

2014-03-08 7efbb1dbd7c2c1368c429858a32fbeb9467420a8

It seems that bondlip is debugged. Still, recommend testing

 src/bondflip.c

@@ -126,32 +126,36 @@
ts_triangle *bck_tria[4];
ts_bond *bck_bond;
ts_vertex *orig_vtx[]={k,it,kp,km};
ts_triangle *orig_tria[]={lm,lp, lm2,lp1};
ts_triangle *orig_tria[]={lm,lp,lm2,lp1};

fprintf(stderr,"Backuping!!!\n");
//fprintf(stderr,"Backuping!!!\n");
    bck_bond=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
for(i=0;i<4;i++){
/*    fprintf(stderr,"vtx neigh[%d]=",i);
    for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
    fprintf(stderr,"\n");
*/
    bck_vtx[i]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
    bck_tria[i]=(ts_triangle *)malloc(sizeof(ts_triangle));
    bck_bond=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
    memcpy((void *)bck_vtx[i],(void *)orig_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
    memcpy((void *)bck_tria[i],(void *)orig_tria[i],sizeof(ts_triangle));
    /* level 2 pointers */

    bck_vtx[i]->neigh=(ts_vertex **)malloc(orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    bck_vtx[i]->tristar=(ts_triangle **)malloc(orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    bck_vtx[i]->bond=(ts_bond **)malloc(orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));
    bck_tria[i]->neigh=(ts_triangle **)malloc(orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));

    bck_vtx[i]=memcpy(bck_vtx[i],orig_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
    bck_vtx[i]->neigh=memcpy(bck_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    bck_vtx[i]->tristar=memcpy(bck_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    bck_vtx[i]->bond=memcpy(bck_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));

		
    bck_tria[i]=memcpy(bck_tria[i],orig_tria[i],sizeof(ts_triangle));
    bck_tria[i]->neigh=memcpy(bck_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
    bck_bond=memcpy(bck_bond,bond,sizeof(ts_bond));
fprintf(stderr,"Backup complete!!!\n");
/* end backup vertex */
    memcpy((void *)bck_vtx[i]->neigh,(void *)orig_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    memcpy((void *)bck_vtx[i]->tristar,(void *)orig_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    memcpy((void *)bck_vtx[i]->bond,(void *)orig_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));
    
    memcpy((void *)bck_tria[i]->neigh,(void *)orig_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
    memcpy(bck_bond,bond,sizeof(ts_bond));
//fprintf(stderr,"Backup complete!!!\n");
/* end backup vertex */

/* Save old energy */
  oldenergy=0;
  oldenergy+=k->xk* k->energy;
@@ -193,54 +197,54 @@
#endif
        {
            //not accepted, reverting changes
//            fprintf(stderr,"Failed to move, due to MC\n");
        //restore all backups
//        fprintf(stderr,"Restoring!!!\n");

      //      ts_flip_bond(kp,km,k,it, bond, lm,lp,lm2,lp1);
//    fprintf(stderr,"%e, %e, %e\n", lp->xnorm, lp->ynorm, lp->znorm);
        for(i=0;i<4;i++){
//            fprintf(stderr,"Restoring vtx neigh[%d] with neighbours %d\n",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            free(orig_vtx[i]->neigh);
            free(orig_vtx[i]->tristar);
            free(orig_vtx[i]->bond);
            free(orig_tria[i]->neigh);
            memcpy((void *)orig_vtx[i],(void *)bck_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
            memcpy((void *)orig_tria[i],(void *)bck_tria[i],sizeof(ts_triangle));
//            fprintf(stderr,"Restored vtx neigh[%d] with neighbours %d\n",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            /* level 2 pointers are redirected*/
        }
        memcpy(bond,bck_bond,sizeof(ts_bond));

    //restore all backups
            fprintf(stderr,"Restoring!!!\n");
        for(i=0;i<4;i++){
            free(bck_vtx[i]);
            free(bck_tria[i]);
/*            fprintf(stderr,"Restoring vtx neigh[%d] with neighbours %d =",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
            fprintf(stderr,"\n"); */
        }

for(i=0;i<4;i++){
    /* level 2 pointers */
    orig_vtx[i]=memcpy(orig_vtx[i],bck_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
    orig_vtx[i]->neigh=memcpy(orig_vtx[i]->neigh,bck_vtx[i]->neigh,bck_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    orig_vtx[i]->tristar=memcpy(orig_vtx[i]->tristar,bck_vtx[i]->tristar,bck_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    orig_vtx[i]->bond=memcpy(orig_vtx[i]->bond,bck_vtx[i]->bond,bck_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));

		
    orig_tria[i]=memcpy(orig_tria[i],bck_tria[i],sizeof(ts_triangle));
    orig_tria[i]->neigh=memcpy(orig_tria[i]->neigh,bck_tria[i]->neigh,bck_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
    bond=memcpy(bond,bck_bond,sizeof(ts_bond));


    for(i=0;i<4;i++){
        vtx_free(bck_vtx[i]);

     free(bck_tria[i]->neigh);
        free(bck_tria[i]);
		
    }
        free(bck_bond);
//        fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");

            fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");

            return TS_FAIL;
        return TS_FAIL;
        }
    }
     /* IF BONDFLIP ACCEPTED, THEN RETURN SUCCESS! */
            fprintf(stderr,"SUCCESS!!!\n");
  //          fprintf(stderr,"SUCCESS!!!\n");

    // delete all backups
    for(i=0;i<4;i++){
        vtx_free(bck_vtx[i]);

    free(bck_vtx[i]->neigh);
    free(bck_vtx[i]->bond);
    free(bck_vtx[i]->tristar);
    free(bck_vtx[i]);
     free(bck_tria[i]->neigh);
        free(bck_tria[i]);
		
/*    fprintf(stderr,"Afret backup deletion vtx neigh[%d]=",i);
    for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
    fprintf(stderr,"\n");
*/	
    }
        free(bck_bond);
    free(bck_bond);

    return TS_SUCCESS;
}


 src/tape

@@ -4,7 +4,7 @@
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=1.0
xk0=25.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15

@@ -16,7 +16,7 @@

####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
npoly=1
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
@@ -30,7 +30,7 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=50
mcsweeps=5000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=1
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?