continuing...

mihaf

2014-03-19 b30f45332934a27d267bac995eb6a94cc7cf5d9d

continuing...

 src/io.c

@@ -844,6 +844,7 @@
    CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("xi",&tape->xi),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&tape->stepsize),
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &tape->ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &tape->ncymax),

 src/io.h

@@ -28,6 +28,7 @@
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double kspring;
    ts_double xi;
    ts_double pressure;
    long int iterations;
    long int inititer;

 src/tape

@@ -27,7 +27,8 @@
nfil=1
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
# Spring constant between monomers of the filament
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=10

####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle

 src/vertexmove.c

@@ -262,12 +262,14 @@
    ts_uint i;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
//    ts_double delta_energy;
    ts_double delta_energy;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
    ts_double dist[2];
    //This will hold all the information of vtx and its neighbours
    ts_vertex backupvtx;
    ts_vertex backupvtx,backupneigh[2];
    ts_bond backupbond[2];

    //backup vertex:		
    memcpy((void *)&backupvtx,(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

    //random move in a sphere with radius stepsize:
@@ -305,26 +307,30 @@
        memcpy(&backupbond[i],vtx->bond[i], sizeof(ts_bond));
        vtx->bond[i]->bond_length=sqrt(dist[i]);
        bond_vector(vtx->bond[i]);
    }
        
    //backup neighboring vertices:
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        memcpy(&backupneigh[i],vtx->neigh[i], sizeof(ts_vertex));
    }
    
    //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
//    delta_energy=0;
/*    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
//        memcpy((void *)&backupbond[i],(void *)vtx->bond[i],sizeof(ts_bond));
        xp = vtx->neigh[i]
        vtx->bond[i]->bond_length=sqrt(vtx_distance_sq(vtx->bond[i]->vtx1,vtx->bond[i]->vtx2));
        bond_energy(vtx->bond[i],poly);
        delta_energy+= vtx->bond[i]->energy - backupbond[i].energy;
    delta_energy=0;
	
    if(vtx->bond_no == 2){
        vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
        delta_energy += vtx->energy - backupvtx.energy;
    }

    if(vtx==poly->vlist->vtx[0]){
        delta_energy+=
            (pow(sqrt(vtx_distance_sq(vtx, poly->grafted_vtx)-1),2)-
            pow(sqrt(vtx_distance_sq(&backupvtx, poly->grafted_vtx)-1),2)) *poly->k;
		
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        if(vtx->neigh[i]->bond_no == 2){
            vtx->neigh[i]->energy = -(vtx->neigh[i]->bond[0]->x*vtx->neigh[i]->bond[1]->x + vtx->neigh[i]->bond[0]->y*vtx->neigh[i]->bond[1]->y + vtx->neigh[i]->bond[0]->z*vtx->neigh[i]->bond[1]->z)/vtx->neigh[i]->bond[0]->bond_length/vtx->neigh[i]->bond[1]->bond_length;
            delta_energy += vtx->neigh[i]->energy - backupneigh[i].energy;
        }
    }

    // poly->k is filament persistence length (in units l_min)
    delta_energy *= poly->k;

    if(delta_energy>=0){
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
@@ -339,6 +345,9 @@
        {
    //not accepted, reverting changes
    vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx,sizeof(ts_vertex));
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        memcpy(vtx->neigh[i],&backupneigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }
    for(i=0;i<vtx->bond_no;i++){
    vtx->bond[i]=memcpy((void *)vtx->bond[i],(void *)&backupbond[i],sizeof(ts_bond));
    }
@@ -347,7 +356,7 @@
    }
    }
    
*/	
	
//    oldcellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, &backupvtx[0]);
    if(vtx->cell!=vesicle->clist->cell[cellidx]){
        retval=cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vtx);