Basic vesicle is dumped and restored, however, memory is not ok.

Samo Penic

2016-02-26 a3dbf0899f9a077c025136336b597ae9b22e414f

Basic vesicle is dumped and restored, however, memory is not ok.

 src/restore.c

@@ -10,6 +10,9 @@
#include "vesicle.h"
#include "vertex.h"
#include "triangle.h"
#include "bond.h"
#include "energy.h"
#include "initial_distribution.h"

ts_bool parseDump(char *dumpfname) {
    xmlDocPtr doc;
@@ -51,6 +54,8 @@
                        }
                        if ((!xmlStrcmp(cur2->name, (const xmlChar *)"Cells"))){
                        fprintf(stderr,"Found cell(Bonds) data\n");
                            if(vesicle!=NULL)
                                parseXMLBonds(vesicle, doc, cur);
                        }
                        cur2=cur2->next;
                    }    
@@ -63,6 +68,11 @@
    }
    
    xmlFreeDoc(doc);
    init_normal_vectors(vesicle->tlist);
    mean_curvature_and_energy(vesicle);

/* TODO: cells, polymeres, filaments, core, tape */

    fprintf(stderr,"Restoration completed\n");
    exit(0);
    vesicle_free(vesicle);
@@ -245,5 +255,29 @@
    }
    return TS_SUCCESS;
}
ts_bool parseXMLBonds(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    xmlNodePtr child = cur->xmlChildrenNode;
    xmlChar *bonds;
    char *b;
    int i, idx;
    char *token[2];
    while (child != NULL) {
        if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"DataArray"))){
            bonds = xmlNodeListGetString(doc, child->xmlChildrenNode, 1);
            b=(char *)bonds;
            for(i=0;i<2;i++)    token[i]=strtok(b," ");
            idx=0;
            while(token[0]!=NULL){
                bond_add(vesicle->blist, vesicle->vlist->vtx[atoi(token[0])], vesicle->vlist->vtx[atoi(token[1])]);
                for(i=0;i<2;i++)    token[i]=strtok(NULL," ");	
                idx++;
            }
            xmlFree(bonds);
        }
        child=child->next;
    }
    return TS_SUCCESS;
}




 src/restore.h

@@ -7,4 +7,5 @@
ts_bool parseTrisurfTria(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseTrisurfTristar(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseXMLVertexPosition(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
ts_bool parseXMLBonds(ts_vesicle *vesicle,xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);
#endif

 src/snapshot.c

@@ -8,6 +8,7 @@
#include<config.h>
#include <time.h>

/* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
    va_list ap;
    va_start(ap,fmt);
@@ -17,7 +18,7 @@
    return n;
}


/* outputs additional data into paraview xml file */
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

    ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
@@ -37,7 +38,7 @@
#else
    fprintf(fh,"%s", data->string);
#endif
    free(data->string);
    free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */
    free(data);
    xml_trisurf_footer(fh);
    return TS_SUCCESS;
@@ -49,15 +50,26 @@
        char *c_time_string;
    current_time = time(NULL);
    c_time_string = ctime(&current_time);
    int npoly, nfono;	
    
    fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
    fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);
    //free (c_time_string);

    fprintf(fh, "<tape>\n");
    
    fprintf(fh, "</tape>\n");
    fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, vesicle->poly_list->n, vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n);
    if(vesicle->poly_list!=NULL){
        npoly=vesicle->poly_list->n;
        if(npoly!=0){
            nfono=vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n;
        } else {
            nfono=0;
        }
    } else {
        npoly=0;
        nfono=0;
    }
    fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
    return TS_SUCCESS;
}


 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=19
nshell=5
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -25,7 +25,7 @@

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=10
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer