The vertex is complete... Bond is in first version.

Samo Penic

2010-11-28 a10dd5c18fbf0b6d5746827f7a9ebfc078563d4a

The vertex is complete... Bond is in first version.

 src/Makefile.am

@@ -1,5 +1,5 @@
trisurfdir=../
trisurf_PROGRAMS=trisurf
trisurf_SOURCES=general.c vertex.c main.c
trisurf_SOURCES=general.c vertex.c bond.c main.c
trisurf_LDFLAGS = -lm -lconfuse
trisurf_CFLAGS = -Wall -g

 src/bond.c

@@ -1,24 +1,42 @@
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "vertex.h"

ts_bool init_bond_list(ts_bond_list *blist){
ts_bond_list *init_bond_list(){
    ts_bond_list *blist=(ts_bond_list *)malloc(sizeof(ts_bond_list));
    blist->n=0;
    blist->bond=NULL;
    return TS_SUCCESS;
    return blist;
}

ts_bool bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
ts_bond  *bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    
    /* no vertices must be null! */
    if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return NULL;
    /* TODO: Verify if the bond already exists... Don't do multiple bonds */
    blist->n++;
    blist->bond=realloc(blist->bond,blist->n*sizeof(ts_bond));
    if(blist->bond==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional *ts_bond.",5);
    //NOW insert vertices!	
    blist->bond[blist->n - 1].vtx1=vtx1;	
    blist->bond[blist->n - 1].vtx2=vtx2;	
    return TS_SUCCESS;
    blist->bond=(ts_bond **)realloc(blist->bond,blist->n*sizeof(ts_bond *));
    if(blist->bond==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional **ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
    if(blist->bond[blist->n-1]==NULL) fatal("Cannot allocate memory for additional *ts_bond.",100);
    blist->bond[blist->n-1]->data=(ts_bond_data *)malloc(sizeof(ts_bond_data));
    
    //NOW insert vertices into data!	
    blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx1=vtx1;	
    blist->bond[blist->n - 1]->data->vtx2=vtx2;

    //Should we calculate bond length NOW?
	
    return blist->bond[blist->n-1];
}

ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist){
    ts_uint i;
    for(i=0;i<blist->n;i++){
    free(blist->bond[i]->data);
    free(blist->bond[i]);
    }
    free(blist->bond);
    free(blist);
    return TS_SUCCESS;
}

 src/bond.h

@@ -5,7 +5,7 @@
/** Initialize bond list with zero values
 *    @param *blist is a pointer to a ts_bond_list structure
 */
ts_bool init_bond_list(ts_bond_list *blist);
ts_bond_list *init_bond_list();

/** @brief Adds bond in the bond list
 *
@@ -18,9 +18,9 @@
 *  this is considered as fatal error and execution stops, returning error code to the operating
 *  system.
 */
ts_bool bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2);
ts_bond *bond_add(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2);


ts_bool bond_list_free(ts_bond_list *blist);




 src/general.c

@@ -3,9 +3,11 @@
#include "general.h"
#include<stdarg.h>

ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, va_list ap){
ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, ...){
if(quiet) return TS_SUCCESS;
fprintf(fd, fmt, ap); /* Call vprintf */
    va_list ap;
    va_start(ap,fmt);
vfprintf(fd, fmt, ap); /* Call vfprintf */
va_end(ap); /* Cleanup the va_list */
return TS_SUCCESS;
}

 src/general.h

@@ -111,24 +111,25 @@

/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex) in the space. To understand how to use it
 *  ts_vertex_data holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
struct ts_vertex_data {
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete in C. */        
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */        
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete, since it is also present in ts_vertex structure. */        
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
        ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
        ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
        ts_uint neigh_no; /**< The number of neighbours. */
        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. Careful when using pointers to pointers! Also developers do mistakes here.  */
        ts_double *bond_length;
        ts_double *bond_length_dual;
        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. */
        ts_double *bond_length; /**< Obsolete! The bond lenght is moved to ts_bond */
        ts_double *bond_length_dual; /**< Obsolete! Bond length in dual lattice is moved to ts_bond! */
        ts_double curvature;
        ts_double energy;
        ts_double energy_h;
        ts_uint tristar_no;
        struct ts_triangle **tristar;
        struct ts_bond **bond;
        struct ts_cell *cell;
        struct ts_triangle **tristar; /**< The list of triangles this vertex belongs to. This is an array of pointers to ts_triangle structure of tristar_no length */
        ts_uint bond_no;
        struct ts_bond **bond; /**< Array of pointers of lenght bond_no that stores information on bonds. */
        struct ts_cell *cell; /**< Which cell do we belong to? */
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
@@ -143,20 +144,33 @@

typedef struct {
    ts_uint n;
    ts_vertex *vtx;
    ts_vertex **vtx;

} ts_vertex_list;


/** ts_bond is a structure that describes a bond */
/** ts_bond_data is a structure that describes a bond */
typedef struct {
    ts_vertex *vtx1;
    ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
} ts_bond;
} ts_bond_data;

struct ts_triangle {
struct ts_bond {
    ts_uint idx;
    ts_bond_data *data;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

struct ts_bond_list {
    ts_uint n;
    ts_bond **bond;
};
typedef struct ts_bond_list ts_bond_list;

/** ts_triangle_data is a structure that describes a triangle */
struct ts_triangle_data {
    ts_uint idx;
    ts_vertex *vertex[3];
    ts_uint neigh_no;
@@ -166,7 +180,19 @@
    ts_double znorm;
    
};
typedef struct ts_triangle_data ts_triangle_data;

struct ts_triangle {
    ts_uint idx;
    ts_triangle_data *data;
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
    ts_triangle **tria;
};


typedef struct ts_cell {
    ts_uint idx;
@@ -175,15 +201,11 @@
} ts_cell;

typedef struct {
    ts_vertex **vlist;
    ts_bond **blist;
    ts_triangle **tlist;
    ts_cell **clist;
    ts_vertex *vlist;
    ts_bond *blist;
    ts_triangle *tlist;
    ts_cell *clist;
    ts_uint nshell;
    ts_uint nvertex;
    ts_uint nbond;
    ts_uint ntria;
    ts_cell ncell;
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;

 src/main.c

@@ -2,6 +2,7 @@
#include<math.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"
#include "bond.h"
//#include "io.h"
//#include "initial_timestep.h"

@@ -14,13 +15,20 @@
int main(int argv, char *argc[]){
ts_bool retval;
ts_vertex_list *vlist=init_vertex_list(5);
ts_bond_list *blist=init_bond_list();


retval=vtx_add_neighbour(VTX(1),VTX(0));
retval=vtx_add_cneighbour(blist,vlist->vtx[1],vlist->vtx[0]);
if(retval==TS_FAIL) printf("1. already a member or vertex is null!\n");
retval=vtx_add_neighbour(VTX(0),VTX(1));

retval=vtx_add_cneighbour(blist,vlist->vtx[0],vlist->vtx[1]);
if(retval==TS_FAIL) printf("2. already a member or vertex is null!\n");
VTX_DATA(1)->x=1.0;

vlist->vtx[0]->data->x=1.0;
vlist->vtx[0]->data->x=1.1;

bond_add(blist, vlist->vtx[1],vlist->vtx[0]);

bond_list_free(blist);
vtx_list_free(vlist);
printf("Done.\n");
return 0; //program finished perfectly ok. We return 0.

 src/vertex.c

@@ -3,11 +3,13 @@
#include<string.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"
#include "bond.h"
#include<stdio.h>

ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){    
    ts_int i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list *));
    ts_vertex *tlist;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    
    if(N==0){
        err("Initialized vertex list with zero elements. Pointer set to NULL");
@@ -16,17 +18,22 @@
        return vlist;
    }
    
    vlist->vtx=(ts_vertex *)malloc(N*sizeof(ts_vertex));
    if(vlist->vtx==NULL)
    vlist->vtx=(ts_vertex **)malloc(N*sizeof(ts_vertex *));
    tlist=(ts_vertex *)malloc(N*sizeof(ts_vertex));
    if(vlist->vtx==NULL || tlist==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<N;i++) vlist->vtx[i].data=init_vertex_data();
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=&tlist[i];
        vlist->vtx[i]->data=init_vertex_data();
        vlist->vtx[i]->idx=i;
    }
    vlist->n=N;
    return vlist;
}

ts_vertex_data *init_vertex_data(){
    ts_vertex_data *data;
    data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    data=(ts_vertex_data *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_data));
    if(data==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for ts_vertex! Memory full?", 100);
    return data;
@@ -54,24 +61,46 @@
    for(i=0; i<vtx->data->neigh_no;i++){
        if(vtx->data->neigh[i]==nvtx) return TS_FAIL;
    }
    ts_uint nn=vtx->data->neigh_no++;
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn]=nvtx;
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=nvtx->data->neigh_no++;
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn]=vtx;
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;


/* Ustvari bond in doloci dolzino */

    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2){
    ts_bond *bond;
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1,vtx2);
    if(retval==TS_SUCCESS)
    retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
    return retval;
}




ts_bool vtx_data_free(ts_vertex_data *data){
@@ -83,6 +112,7 @@
    return TS_SUCCESS;
}

/*not usable. can be deleted */
ts_bool vtx_free(ts_vertex  *vtx){
    vtx_data_free(vtx->data);
    free(vtx);
@@ -92,8 +122,9 @@
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx_data_free(vlist->vtx[i].data);
        vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
    }
    free(*(vlist->vtx));
    free(vlist->vtx);
    free(vlist);
    return TS_SUCCESS;

 src/vertex.h

@@ -16,6 +16,8 @@
ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N);
ts_vertex_data *init_vertex_data(void);
ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx);
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2);
ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2);
ts_bool vtx_data_free(ts_vertex_data *data);
ts_bool vtx_free(ts_vertex *vtx);
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist);