Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2020-04-26 3006183b769f2e126b1a96e6bf697c2b7f657df7
src/tape
@@ -1,12 +1,12 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
nshell=10
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
xk0=20.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15
@@ -25,14 +25,14 @@
#Stretching
stretchswitch=1
stretchswitch=0
xkA0=1.0
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=10
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=20
nmono=0
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
@@ -61,7 +61,7 @@
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=200
mcsweeps=2000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
@@ -92,18 +92,18 @@
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
number_of_vertices_with_c0=400
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0
F=0.0
#plane confinement
plane_confinement_switch=1
plane_confinement_switch=0
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing