Changed atan to atan2 for transfroming coordinates from cartesian to spheri...

Samo Penic

2014-04-17 e9c87efeb9235748e8d19a3f5a067ec442d8a500

 src/general.h

@@ -3,7 +3,6 @@

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>

/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -48,6 +47,8 @@
#define TS_FAIL 1

/* CONSTANTS */

#define TS_ID_FILAMENT 1

/* DATA TYPES */
/** @brief Sets the default datatype for ts_double
@@ -164,12 +165,14 @@
} ts_vertex_list;

struct ts_bond {
    ts_uint idx;
       ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted;
       ts_double bond_length;
       ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted; //TODO: remove
   ts_double energy;
   ts_double x,y,z;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -212,6 +215,7 @@
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
   ts_double dmin_interspecies;
} ts_cell_list;


@@ -256,11 +260,18 @@
      ts_double cm[3];
   ts_double volume;
   ts_spharm *sphHarmonics;

// Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
   ts_poly_list *poly_list;
   ts_double spring_constant;
} ts_vesicle;
// Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
   ts_poly_list *filament_list;

   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;

   ts_double R_nucleus;

} ts_vesicle;