Started with arg parsing

Samo Penic

2014-03-06 083e03adeaf985c9da1ed31d259ced9bb54c207c

 src/spherical_trisurf.c

@@ -25,6 +25,9 @@
vesicle=initial_distribution_dipyramid(17,60,60,60,0.15);
//parsetape(vesicle,&i);

//similar to nmax in fortran code
ts_uint nmax;

//these four must come from parsetype!
vesicle->dmax=1.67*1.67;
vesicle->stepsize=0.15;
@@ -57,9 +60,19 @@
calculateYlmi(vesicle);
calculateUlm(vesicle);

//preloop:
for(i=0;i<1000;i++){
   cell_occupation(vesicle);
   for(j=0;j<1000;j++){
      single_timestep(vesicle);
   }	
   centermass(vesicle);
   fprintf(stderr, "Preloop %d completed.\n",i+1);
}

for(i=0;i<1;i++){
   for(j=0;j<20;j++){
nmax=1000;
for(i=0;i<nmax;i++){
   for(j=0;j<200;j++){
      cell_occupation(vesicle);
      for(k=0;k<5;k++){
      single_timestep(vesicle);
@@ -77,7 +90,7 @@
    saveAvgUlm2(vesicle);

   write_vertex_xml_file(vesicle,i);
   fprintf(stderr, "Loop %d completed.\n",i+1);
   fprintf(stderr, "Loop %d out of %d completed.\n",i+1,nmax);

}