commiting before checking out onother branch

Samo Penic

2013-12-07 ded11ede7e9eb11c216d35d61ab9331e697f47bc

 src/vertexmove.c

@@ -20,6 +20,7 @@
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex backupvtx[20];
   memcpy((void *)&backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));
@@ -35,12 +36,23 @@
*/

       //temporarly moving the vertex
   vtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
       vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
       vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);
//   vtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
//       vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
//       vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);

   //random move in a sphere with radius stepsize:
   r=vesicle->stepsize*rn[0];
   phi=rn[1]*2*M_PI;
   costheta=2*rn[2]-1;
   sintheta=sqrt(1-pow(costheta,2));
   vtx->x=vtx->x+r*sintheta*cos(phi);
   vtx->y=vtx->y+r*sintheta*sin(phi);
   vtx->z=vtx->z+r*costheta;


       //distance with neighbours check
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);
    for(i=0;i<vtx->neigh->n;i++){
        dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh->vtx[i]);
        if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
@@ -58,8 +70,8 @@
   
 
    //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
   memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
   for(i=0;i<vtx->neigh->n;i++){
   memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh->vtx[i],sizeof(ts_vertex));
   }


@@ -71,10 +83,10 @@
    energy_vertex(vtx);
    delta_energy=vtx->xk*(vtx->energy - oenergy);
    //the same is done for neighbouring vertices
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        oenergy=vtx->neigh[i]->energy;
        energy_vertex(vtx->neigh[i]);
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    for(i=0;i<vtx->neigh->n;i++){
        oenergy=vtx->neigh->vtx[i]->energy;
        energy_vertex(vtx->neigh->vtx[i]);
        delta_energy+=vtx->neigh->vtx[i]->xk*(vtx->neigh->vtx[i]->energy-oenergy);
    }
//   fprintf(stderr, "DE=%f\n",delta_energy);
    //MONTE CARLOOOOOOOO
@@ -91,8 +103,8 @@
    {
    //not accepted, reverting changes
   vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
      vtx->neigh[i]=memcpy((void *)vtx->neigh[i],(void *)&backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
   for(i=0;i<vtx->neigh->n;i++){
      vtx->neigh->vtx[i]=memcpy((void *)vtx->neigh->vtx[i],(void *)&backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
   }
   
    //update the normals of triangles that share bead i.