commiting before checking out onother branch

Samo Penic

2013-12-07 ded11ede7e9eb11c216d35d61ab9331e697f47bc

commiting before checking out onother branch

 src/bondflip.c

@@ -31,15 +31,16 @@
    ts_uint i; //j;
    ts_double oldenergy, delta_energy;
 //   ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lp2=NULL, *lm1=NULL, *lm2=NULL;

    ts_vertex *kp,*km;
    ts_vertex *kp=NULL,*km=NULL;
    ts_triangle *lm=NULL, *lp=NULL;

    if(it->neigh->n< 3) return TS_FAIL;
    if(k->neigh->n< 3) return TS_FAIL;

    if(k==NULL || it==NULL){
        fatal("In bondflip, number of neighbours of k or it is less than 3!",999);
    }

	
    nei=0;
    for(i=0;i<it->neigh->n;i++){ // Finds the nn of it, that is k 
        if(it->neigh->vtx[i]==k){
@@ -56,6 +57,18 @@
    km=it->neigh->vtx[neim];  // We located km and kp
    kp=it->neigh->vtx[neip];

    //find lm and lp (triangles that is common with k and it)
    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
        if(it->tristar[i]->vertex[0]==k || it->tristar[i]->vertex[1]==k || it->tristar[i]->vertex[2]==k){
            if(lm==NULL) lm=it->tristar[i];
            else lp=it->tristar[i];
        }
    }

    if(lm==NULL || lp==NULL) {
        fatal("In bondflip, cannot determine lp and lm",999);
    }

    if(km==NULL || kp==NULL){
        fatal("In bondflip, cannot determine km and kp!",999);
    }

 src/timestep.c

@@ -30,7 +30,7 @@
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i; //b;
    ts_uint i, b;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
@@ -45,10 +45,10 @@
        rnvec[1]=drand48();
        rnvec[2]=drand48();
*/ 
//    b=rand() % vesicle->blist->n;
    b=rand() % vesicle->blist->n;
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
   //     retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
//    if(retval==TS_SUCCESS) cnt++;        
    } 
//    printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n);

 src/vertex.c

@@ -26,18 +26,14 @@
        /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
        }
    vlist->n=N;
    vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
    return vlist;
    vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
    return vlist;
}


ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){

#ifdef DEBUG
    if(vtx==NULL)
    err("VTX is null");
    if(vlist==NULL) err("VLIST is null");

    if(vtx==NULL || vlist==NULL)
        return TS_FAIL;
#endif
@@ -48,7 +44,6 @@
        }
        vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
    }
//    printf("Test %u (max %u)!\n", vlist->n, vlist->list_size);
    vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
    vlist->n++;
    return TS_SUCCESS;
@@ -112,6 +107,7 @@
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1, vtx2);