Rewrite of frame is complete.

Samo Penic

2010-12-28 dac2e5020dc34c236b741ff5c4591244e73f56f2

 src/vertex.c

@@ -39,18 +39,6 @@
    return data;
}

/*
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vertex **vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<vesicle->vlist.n;i++){
        vlist[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}
*/



ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
    ts_uint i;
@@ -64,16 +52,19 @@
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

/* This was a bug in creating DIPYRAMID (the neighbours were not in right
 * order).
 */
    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
/*
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;

*/

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -114,17 +105,18 @@
}



ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2){
    ts_bond *bond;
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}

@@ -152,7 +144,8 @@
    if(data->neigh!=NULL)   free(data->neigh);
    if(data->tristar!=NULL) free(data->tristar);
    if(data->bond!=NULL)    free(data->bond);
    if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
//Cells are freed separately.
 //   if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
    free(data);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -167,7 +160,7 @@
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
        if(vlist->vtx[i]->data!=NULL) vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
    }
    free(*(vlist->vtx));
    free(vlist->vtx);
@@ -190,3 +183,88 @@
    return(dist);
}



ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle){ 
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i; 
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        vesicle->vlist->vtx[i]->data->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}

inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
    ts_double dX2=vtx2->data->x-vtx1->data->x;
    ts_double dY2=vtx2->data->y-vtx1->data->y;
    ts_double dZ2=vtx2->data->z-vtx1->data->z;
    ts_double dX3=vtx3->data->x-vtx1->data->x;
    ts_double dY3=vtx3->data->y-vtx1->data->y;
    ts_double dZ3=vtx3->data->z-vtx1->data->z;
    ts_double direct=vtx1->data->x*(dY2*dZ3 -dZ2*dY3)+ 
        vtx1->data->y*(dZ2*dX3-dX2*dZ3)+
        vtx1->data->z*(dX2*dY3-dY2*dX3);
    return(direct);    
}


inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem){
   vtx->data->tristar_no++;
   vtx->data->tristar=(ts_triangle **)realloc(vtx->data->tristar,vtx->data->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(vtx->data->tristar==NULL){
         fatal("Reallocation of memory while adding tristar failed.",3);
   }
   vtx->data->tristar[vtx->data->tristar_no-1]=tristarmem;
   return TS_SUCCESS;
}


/* ****************************************************************** */
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    memcpy((void *)cvtx->data,(void *)ovtx->data,sizeof(ts_vertex_data));
    cvtx->data->neigh=NULL;
    cvtx->data->neigh_no=0;
    cvtx->data->tristar_no=0;
    cvtx->data->bond_no=0;
    cvtx->data->tristar=NULL;
    cvtx->data->bond=NULL;
    cvtx->data->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    memcpy((void *)cvtx->data,(void *)ovtx->data,sizeof(ts_vertex_data));
    return TS_SUCCESS;
}

//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
        return NULL;
}



ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    vlist=memcpy((void *)vlist, (void *)ovlist, sizeof(ts_vertex_list));
    ts_vertex **vtx=(ts_vertex **)malloc(vlist->n*sizeof(ts_vertex *));
    ts_vertex *tlist=(ts_vertex *)calloc(vlist->n,sizeof(ts_vertex));
    vlist->vtx=vtx;
    if(vlist->vtx==NULL || tlist==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<vlist->n;i++) {
        vlist->vtx[i]=&tlist[i];
        vlist->vtx[i]->idx=i;
        vtx_copy(vlist->vtx[i],ovlist->vtx[i]);
    }

    return vlist;
}