Seems to solve everything until bondflip

Samo Penic

2013-11-30 8ed8fdb663089e2bc53fd537611a6b45a09cc502

 src/vertex.c

@@ -3,102 +3,272 @@
#include<string.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"
#include "bond.h"
#include<stdio.h>

/* Argument je struktura vlist in stevilo vertexov, ki jih zelimo dati v
 * vlist je lahko NULL, N mora biti vecje od 0. Ce vlist obstaja, potem resizamo
 * vlist na stevilo N.
 */
ts_vertex **init_vertex_list(ts_uint N){	
ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){	
   ts_int i;
    ts_vertex **vlist;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_list));
 
   if(N==0){
      err("Initialized vertex list with zero elements. Pointer set to NULL");
      vlist=NULL;
      return NULL;
           vlist->n=0;
      vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(1,sizeof(ts_vertex *)); /*Allocate one memory space for vlist anyway */
      return vlist;
   }
      vlist=(ts_vertex **)malloc(N*sizeof(ts_vertex *));
        if(vlist==NULL)
            fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
        
        for(i=0;i<N;i++){
               vlist[i]=init_vertex(i); 
        }
	
    vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(N,sizeof(ts_vertex *));
    if(vlist->vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
   vlist->vtx[i]->neigh=init_vertex_list(0);
       /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
       }
    vlist->n=N;
   vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
   return vlist;
}

ts_vertex *init_vertex(ts_uint idx){
    ts_vertex *vtx;
    vtx=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
    if(vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for ts_vertex! Memory full?", 100);
    vtx->idx=idx;
    return vtx;

ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){

#ifdef DEBUG
   if(vtx==NULL)
   err("VTX is null");
   if(vlist==NULL) err("VLIST is null");

   if(vtx==NULL || vlist==NULL)
      return TS_FAIL;
#endif
   if(vlist->list_size < vlist->n+1){
      vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size+TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
      if(vlist->vtx==NULL){
         fatal("Error in vertex_list_add. Could not reallocate memory space.",9999);
      }
      vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
   }
//   printf("Test %u (max %u)!\n", vlist->n, vlist->list_size);
   vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
   vlist->n++;
   return TS_SUCCESS;
}

/*
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vertex **vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<vesicle->vlist.n;i++){
        vlist[i]->xk=xk;

/* Idea is to delete vertex by removing it from list. The emply place is then filled in by the last 
vertex in the list. List can then be resized by one -- unless resize is required when max list size - 
real list size > predefined value */
ts_bool vertex_list_remove_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){
#ifdef DEBUG
   if(vtx==NULL || vlist==NULL) return TS_FAIL;
#endif
   ts_uint i;
   for(i=0; i<vlist->n;i++){
      if(vlist->vtx[i]==vtx){
         vlist->vtx[i]=vlist->vtx[vlist->n-1];
         vlist->n--;
         if(vlist->list_size-vlist->n > TS_VLIST_CHUNK){
            vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size-TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
            if(vlist->vtx==NULL){
               fatal("Error in vertex_list_add. Could not reallocate memory space.",9999);
            }
            vlist->list_size-=TS_VLIST_CHUNK;
         }
         return TS_SUCCESS;
      }
   }
   return TS_FAIL;
}



ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2){
    ts_bond *bond;
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->bond_no++;
    vtx2->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->bond, vtx1->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->bond, vtx2->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->bond[vtx1->bond_no-1]=bond;
    vtx2->bond[vtx2->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->ata->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
   ts_uint i;
   if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return TS_FAIL;
   for(i=0;i<vtx1->neigh->n;i++){
      if (vtx1->neigh->vtx[i]==vtx2){
         return TS_FAIL;
      }
   }
      vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
   retval=vtx_add_neighbour(vtx1, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS){
   //   fprintf(stderr,"Bond added\n");
      retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
      }
    return retval;
}

/*TODO: write and optimize this urgently before use! */
ts_bool vtx_remove_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex
*vtx2){
//    ts_bool retval;
/* remove the bond */
//retval=vtx_remove_bond(blist,vtx1,vtx2);
/* remove the vertices */
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_free(ts_vertex  *vtx){
    if(vtx->neigh!=NULL)  {
      if (vtx->neigh->vtx!=NULL) free(vtx->neigh->vtx);
      free(vtx->neigh);
    }
    if(vtx->tristar!=NULL) free(vtx->tristar);
    if(vtx->bond!=NULL)    free(vtx->bond);
    free(vtx);
    return TS_SUCCESS;
}
*/



ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex **vtx, ts_vertex **nvtx){
    ts_uint i;
    /* no neighbour can be null! */
    if(vtx==NULL || nvtx==NULL) return TS_FAIL;
    
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<(*vtx)->neigh_no;i++){
        if((*vtx)->neigh[i]==nvtx) return TS_FAIL;
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
      if(vlist->vtx[i]!=NULL) vtx_free(vlist->vtx[i]);
    }
    ts_uint nn=(*vtx)->neigh_no++;
    (*vtx)->neigh=(ts_vertex ***)realloc((*vtx)->neigh, nn*sizeof(ts_vertex **));
    (*vtx)->neigh[nn]=nvtx;

    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<(*nvtx)->neigh_no;i++){
        if((*nvtx)->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=(*nvtx)->neigh_no++;
    (*nvtx)->neigh=(ts_vertex ***)realloc((*nvtx)->neigh, nn*sizeof(ts_vertex **));
    (*nvtx)->neigh[nn]=vtx;


/* Ustvari bond in doloci dolzino */

    //free(*(vlist->vtx));
    free(vlist->vtx);
    free(vlist);
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_free(ts_vertex **vtx){
    if((*vtx)->neigh!=NULL)   free((*vtx)->neigh);
    if((*vtx)->tristar!=NULL) free((*vtx)->tristar);
    if((*vtx)->bond!=NULL)    free((*vtx)->bond);
    if((*vtx)->cell!=NULL)    free((*vtx)->cell);
    free(*vtx);
    return TS_SUCCESS;
}


inline ts_double vertex_distance_sq(ts_vertex **vtx1, ts_vertex **vtx2){
inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_double dist;
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
    dist=pow((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + pow((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + pow((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=pow(vtx1->x-vtx2->x,2) + pow(vtx1->y-vtx2->y,2) + pow(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
    dist=powl((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powl((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powl((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powl(vtx1->x-vtx2->x,2) + powl(vtx1->y-vtx2->y,2) + powl(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
    dist=powf((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powf((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powf((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powf(vtx1->x-vtx2->x,2) + powf(vtx1->y-vtx2->y,2) + powf(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
    return(dist);
}



ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle){ 
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i; 
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        vesicle->vlist->vtx[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}

inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
    ts_double dX2=vtx2->x-vtx1->x;
    ts_double dY2=vtx2->y-vtx1->y;
    ts_double dZ2=vtx2->z-vtx1->z;
    ts_double dX3=vtx3->x-vtx1->x;
    ts_double dY3=vtx3->y-vtx1->y;
    ts_double dZ3=vtx3->z-vtx1->z;
    ts_double direct=vtx1->x*(dY2*dZ3 -dZ2*dY3)+ 
        vtx1->y*(dZ2*dX3-dX2*dZ3)+
        vtx1->z*(dX2*dY3-dY2*dX3);
    return(direct);    
}


inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem){
   vtx->tristar_no++;
   vtx->tristar=(ts_triangle **)realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(vtx->tristar==NULL){
         fatal("Reallocation of memory while adding tristar failed.",3);
   }
   vtx->tristar[vtx->tristar_no-1]=tristarmem;
   return TS_SUCCESS;
}



/* vtx remove tristar is required in  bondflip. */
/* TODO: Check whether it is important to keep the numbering of tristar
 * elements in some order or not! */
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar){
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
        if(vtx->tristar[i]!=tristar){
            vtx->tristar[j]=vtx->tristar[i];
            j++;
        }
    }
    vtx->tristar_no--;
    vtx->tristar=realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_add_neighbour",3);
        }
    return TS_SUCCESS;
}



/* ****************************************************************** */
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->neigh=init_vertex_list(0);
    cvtx->tristar_no=0;
    cvtx->bond_no=0;
    cvtx->tristar=NULL;
    cvtx->bond=NULL;
    cvtx->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    return TS_SUCCESS;
}

//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
        return NULL;
}



ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    vlist=memcpy((void *)vlist, (void *)ovlist, sizeof(ts_vertex_list));
    ts_vertex **vtx=(ts_vertex **)malloc(vlist->n*sizeof(ts_vertex *));
    vlist->vtx=vtx;
    if(vlist->vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<vlist->n;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
        vtx_copy(vlist->vtx[i],ovlist->vtx[i]);
    }

    return vlist;
}