Seems to solve everything until bondflip

Samo Penic

2013-11-30 8ed8fdb663089e2bc53fd537611a6b45a09cc502

Seems to solve everything until bondflip

 src/Makefile.am

@@ -15,3 +15,7 @@
spherical_trisurf_ffdir=../
spherical_trisurf_ff_PROGRAMS = spherical_trisurf_ff
spherical_trisurf_ff_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf_ff.c sh.c bondflip.c
neigh_testdir=../
neigh_test_PROGRAMS = neigh_test
neigh_test_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c neigh_test.c


 src/general.h

@@ -64,7 +64,7 @@
/** @brief Constant defines the size by which vertex_list expands at once, so expansion is not needed each time new data arrives. Also
 * vlist will be decreased by same steps.
 */
#define TS_VLIST_CHUNK 6
#define TS_VLIST_CHUNK 7

/** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
 *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.

 src/vertex.c

@@ -22,9 +22,11 @@
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
    vlist->vtx[i]->neigh=init_vertex_list(0);
        /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
        }
    vlist->n=N;
    vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
    return vlist;
}

@@ -32,7 +34,12 @@
ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){

#ifdef DEBUG
    if(vtx==NULL || vlist==NULL) return TS_FAIL;
    if(vtx==NULL)
    err("VTX is null");
    if(vlist==NULL) err("VLIST is null");

    if(vtx==NULL || vlist==NULL)
        return TS_FAIL;
#endif
    if(vlist->list_size < vlist->n+1){
        vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size+TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
@@ -41,6 +48,7 @@
        }
        vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
    }
//    printf("Test %u (max %u)!\n", vlist->n, vlist->list_size);
    vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
    vlist->n++;
    return TS_SUCCESS;
@@ -93,18 +101,26 @@


ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
        vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
        vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    ts_uint i;
    if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return TS_FAIL;
    for(i=0;i<vtx1->neigh->n;i++){
        if (vtx1->neigh->vtx[i]==vtx2){
            return TS_FAIL;
        }
    }
        vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS)
        retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 

    retval=vtx_add_neighbour(vtx1, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS){
    //    fprintf(stderr,"Bond added\n");
       retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
        }
    return retval;
}

@@ -120,7 +136,10 @@


ts_bool vtx_free(ts_vertex  *vtx){
    if(vtx->neigh!=NULL)   free(vtx->neigh);
    if(vtx->neigh!=NULL)  {
        if (vtx->neigh->vtx!=NULL) free(vtx->neigh->vtx);
        free(vtx->neigh);
    }
    if(vtx->tristar!=NULL) free(vtx->tristar);
    if(vtx->bond!=NULL)    free(vtx->bond);
    free(vtx);
@@ -216,7 +235,7 @@

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->neigh=NULL;
    cvtx->neigh=init_vertex_list(0);
    cvtx->tristar_no=0;
    cvtx->bond_no=0;
    cvtx->tristar=NULL;