Seems to solve everything until bondflip

Samo Penic

2013-11-30 8ed8fdb663089e2bc53fd537611a6b45a09cc502

 src/general.h

@@ -2,6 +2,7 @@
#define _GENERAL_H

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>

/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
@@ -60,6 +61,11 @@
*/
#define TS_DOUBLE_DOUBLE

/** @brief Constant defines the size by which vertex_list expands at once, so expansion is not needed each time new data arrives. Also
 * vlist will be decreased by same steps.
 */
#define TS_VLIST_CHUNK 7

/** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
 *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
 *   ts_int (uses int)
@@ -109,17 +115,36 @@

/* STRUCTURES */


/** @brief Data structure for keeping the coordinates in selected coordinate
 * system
 */
#define TS_COORD_CARTESIAN 0
#define TS_COORD_SPHERICAL 1
#define TS_COORD_CYLINDRICAL 2

typedef struct {
    ts_double e1;
    ts_double e2;
    ts_double e3;
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;




/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex_data holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
struct ts_vertex_data {
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete, since it is also present in ts_vertex structure. */        
struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
        ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
        ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
        ts_uint neigh_no; /**< The number of neighbours. */
        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. */
//        ts_uint neigh_no; /**< The number of neighbours. */
//        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. */
   struct ts_vertex_list *neigh;
        ts_double *bond_length; /**< Obsolete! The bond lenght is moved to ts_bond */
        ts_double *bond_length_dual; /**< Obsolete! Bond length in dual lattice is moved to ts_bond! */
        ts_double curvature;
@@ -133,33 +158,27 @@
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
};
typedef struct ts_vertex_data ts_vertex_data;

struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_vertex_data *data;
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

typedef struct {
struct ts_vertex_list{
    ts_uint n;
    ts_uint list_size;
    ts_vertex **vtx;

} ts_vertex_list;
};
typedef struct ts_vertex_list ts_vertex_list;


/** ts_bond_data is a structure that describes a bond */
typedef struct {
struct ts_bond {
    ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
} ts_bond_data;

struct ts_bond {
    ts_uint idx;
    ts_bond_data *data;
   ts_bool tainted;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -169,22 +188,16 @@
};
typedef struct ts_bond_list ts_bond_list;

/** ts_triangle_data is a structure that describes a triangle */
struct ts_triangle_data {
   ts_uint idx;
struct ts_triangle {
    ts_uint idx;
   ts_vertex *vertex[3];
   ts_uint neigh_no;
   struct ts_triangle **neigh;
   ts_double xnorm;
   ts_double ynorm;
   ts_double znorm;
	
};
typedef struct ts_triangle_data ts_triangle_data;

struct ts_triangle {
    ts_uint idx;
    ts_triangle_data *data;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

@@ -194,27 +207,49 @@
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;


typedef struct ts_cell {
    ts_uint idx;
    ts_vertex **vertex;
    ts_uint nvertex;
} ts_cell;
} ts_cell; 

typedef struct {
   ts_vertex *vlist;
   ts_bond *blist;
   ts_triangle *tlist;
    ts_cell *clist;
   ts_uint nshell;
typedef struct ts_cell_list{
    ts_uint ncmax[3];
    ts_uint cellno;
    ts_cell **cell;
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
    ts_uint ncmax[3];
} ts_cell_list;


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;
} ts_spharm;



typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_triangle_list *tlist;
    ts_cell_list *clist;
   ts_uint nshell;
    ts_double bending_rigidity;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
} ts_vesicle;




/* GLOBAL VARIABLES */
@@ -237,7 +272,7 @@
*/
void fatal(char *text, ts_int errcode);

//ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, va_list ap);
ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, ...);

#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data