Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-02-16 8c1bb171977954d573a50d03308c9221d4c0ee8e
src/snapshot.c
@@ -5,6 +5,8 @@
#include<stdarg.h>
#include <zlib.h>
#include<inttypes.h>
#include<config.h>
#include <time.h>
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
   va_list ap;
@@ -29,7 +31,7 @@
   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
#ifdef COMPRESSION
   char *compressed;
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg, &compressed);
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
   fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);
   free (compressed);
#else
@@ -42,9 +44,16 @@
}
ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
   fprintf(fh, "<trisurfversion></trisurfversion>\n");
   fprintf(fh, "<trisurfdate></trisurfdate>\n");
   fprintf(fh, "<dumpdate></dumpdate>\n");
/* format current time */
   time_t current_time;
       char *c_time_string;
   current_time = time(NULL);
   c_time_string = ctime(&current_time);
   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);
   //free (c_time_string);
   fprintf(fh, "<tape>\n");
   
   fprintf(fh, "</tape>\n");
@@ -59,11 +68,11 @@
ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<tria>\n");
   ts_sprintf(data,"<tria>");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</tria>\n");
   ts_sprintf(data,"</tria>");
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -71,7 +80,7 @@
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
   return TS_SUCCESS;
@@ -84,7 +93,7 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</vtxn>\n");
      ts_sprintf(data, "</vtxn>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -96,7 +105,7 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</tristar>\n");
      ts_sprintf(data, "</tristar>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -108,6 +117,7 @@
/* zlib compression base64 encoded */
/* compressed must not be pre-malloced */
/* taken from https://gist.github.com/arq5x/5315739 */
ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){
   z_stream defstream;
   defstream.zalloc = Z_NULL;
@@ -129,6 +139,10 @@
   return nbase;
}
ts_uint ts_decompress_string64(char *b64, ts_uint data_len, char **decompressed){
return TS_SUCCESS;
}
/* base64 encoding, taken from http://stackoverflow.com/questions/342409/how-do-i-base64-encode-decode-in-c */
static char encoding_table[] = {'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H',
@@ -205,7 +219,7 @@
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }
   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
}