Starting with restore. Not working yet. Changes in main for debugging only

Samo Penic

2016-02-16 8c1bb171977954d573a50d03308c9221d4c0ee8e

Starting with restore. Not working yet. Changes in main for debugging only

 aclocal.m4

@@ -180,6 +180,61 @@
fi[]dnl
])# PKG_CHECK_MODULES


# PKG_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable pkgconfigdir as the location where a module
# should install pkg-config .pc files. By default the directory is
# $libdir/pkgconfig, but the default can be changed by passing
# DIRECTORY. The user can override through the --with-pkgconfigdir
# parameter.
AC_DEFUN([PKG_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${libdir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([pkgconfigdir], [$with_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_INSTALLDIR


# PKG_NOARCH_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable noarch_pkgconfigdir as the location where a
# module should install arch-independent pkg-config .pc files. By
# default the directory is $datadir/pkgconfig, but the default can be
# changed by passing DIRECTORY. The user can override through the
# --with-noarch-pkgconfigdir parameter.
AC_DEFUN([PKG_NOARCH_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${datadir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config arch-independent installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([noarch-pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-noarch-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_noarch_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([noarch_pkgconfigdir], [$with_noarch_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_NOARCH_INSTALLDIR


# PKG_CHECK_VAR(VARIABLE, MODULE, CONFIG-VARIABLE,
# [ACTION-IF-FOUND], [ACTION-IF-NOT-FOUND])
# -------------------------------------------
# Retrieves the value of the pkg-config variable for the given module.
AC_DEFUN([PKG_CHECK_VAR],
[AC_REQUIRE([PKG_PROG_PKG_CONFIG])dnl
AC_ARG_VAR([$1], [value of $3 for $2, overriding pkg-config])dnl

_PKG_CONFIG([$1], [variable="][$3]["], [$2])
AS_VAR_COPY([$1], [pkg_cv_][$1])

AS_VAR_IF([$1], [""], [$5], [$4])dnl
])# PKG_CHECK_VAR

# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
@@ -263,10 +318,9 @@
# configured tree to be moved without reconfiguration.

AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
AC_PREREQ([2.50])dnl
# expand $ac_aux_dir to an absolute path
am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
[AC_REQUIRE([AC_CONFIG_AUX_DIR_DEFAULT])dnl
# Expand $ac_aux_dir to an absolute path.
am_aux_dir=`cd "$ac_aux_dir" && pwd`
])

# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-
@@ -733,7 +787,8 @@
END
    AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
  fi
fi])
fi
])

dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further

 src/Makefile.am

@@ -1,5 +1,5 @@
bin_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c restore.c
GITVERSION:=$(shell git --no-pager describe --tags --always --dirty)
AM_CFLAGS = -Wall -Werror -DTS_VERSION=\"$(GITVERSION)\"
AM_CPPFLAGS = ${libxml2_CFLAGS}

 src/main.c

@@ -15,7 +15,7 @@
#include "sh.h"
#include "shcomplex.h"
#include "dumpstate.h"

#include "restore.h"
/** Entrance function to the program
  * @param argv is a number of parameters used in program call (including the program name
  * @param argc is a pointer to strings (character arrays) which holds the arguments
@@ -29,7 +29,7 @@
    force_from_tape=0;
    parse_args(argv,argc); // sets global variable command_line_args (defined in io.h)
    ts_fprintf(stdout,"Starting program...\n\n");

    parseDump("timestep_000000.vtu");
    if(command_line_args.dump_from_vtk[0]!=0){
        ts_fprintf(stdout,"************************************************\n");
        ts_fprintf(stdout,"***** Dumping vesicle from VTK points list *****\n");

 src/restore.c

New file
@@ -0,0 +1,92 @@
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include <libxml/xmlmemory.h>
#include <libxml/parser.h>
#include <general.h>
#include <restore.h>
#include <snapshot.h>
#include <zlib.h>
#include "vesicle.h"
ts_bool parseDump(char *dumpfname) {
    xmlDocPtr doc;
    xmlNodePtr cur;
    ts_vesicle *vesicle;

    doc = xmlParseFile(dumpfname);
	
    if (doc == NULL ) {
        fatal("Dump file could not be found or parsed. It is correct file?",1);
    }
	
    cur = xmlDocGetRootElement(doc);
	
    if (cur == NULL) {
        fatal("Dump file is empty.",1);
    }
	
    if (xmlStrcmp(cur->name, (const xmlChar *) "VTKFile")) {
        fatal("document of the wrong type, root node != story",1);
    }
	
    cur = cur->xmlChildrenNode;
    while (cur != NULL) {
        if ((!xmlStrcmp(cur->name, (const xmlChar *)"trisurf"))){
            *vesicle=parseTrisurfTag(doc, cur);
        }
		 
    cur = cur->next;
    }
	
    xmlFreeDoc(doc);
    fprintf(stderr,"Restoration completed\n");
    exit(0);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_vesicle *parseTrisurfTag(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
    fprintf(stderr,"Parsing trisurf tag\n");
    /* base64decode */
    size_t cLen;
    /*size_t tLen;
    const unsigned char test[]="Test";
    char *cTest=base64_encode(test, 4,&tLen);
    unsigned char *cuTest=base64_decode((char *)cTest,tLen,&tLen);
    cuTest[tLen]=0;
    fprintf(stderr,"%s\n",cuTest);
    */
    xmlChar *b64=xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
    unsigned char *compressed=base64_decode((char *)b64,strlen((char *)b64)-1,&cLen);
    /* uncompress */
    unsigned char *subtree=(unsigned char *)malloc(512000*sizeof(unsigned char)); /* TODO: again, the uncompressed string must not exceed this */
    z_stream infstream;
    infstream.zalloc = Z_NULL;
    infstream.zfree = Z_NULL;
    infstream.opaque = Z_NULL;
    infstream.avail_in = (ts_uint)cLen; // size of input
        infstream.next_in = compressed; // input char array
        infstream.avail_out = (ts_uint)512000; // size of output
        infstream.next_out = subtree; // output char array
     
        // the actual DE-compression work.
        inflateInit(&infstream);
        inflate(&infstream, Z_NO_FLUSH);
        inflateEnd(&infstream);	
    fprintf(stderr,"%lu\n",cLen);
    subtree[infstream.total_out]='\0'; //zero terminate string	
    fprintf(stderr,"%s\n",subtree);
	
    free(subtree);
    /*parse xml subtree */
    xmlChar *nvtx, *npoly, *nfono;
    nvtx = xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"nvtx");
    npoly=xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"npoly");
    nfono=xmlGetProp(cur, (xmlChar *)"nfono");
    fprintf(stderr,"nvtx=%u\n",atoi((char *)nvtx));
    ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(atoi((char *)nvtx),10,10,10,0.1);
    //vesicle->poly_list=init_poly_list(atoi((char *)npoly),atoi((char *)nmono), vesicle->vlist, vesicle);
    xmlFree(nvtx);
    xmlFree(npoly);
    xmlFree(nfono);
    return vesicle;
}

 src/restore.h

New file
@@ -0,0 +1,7 @@
#ifndef _H_RESTORE
#define _H_RESTORE

ts_bool parseDump(char *dumpfname);
ts_vesicle *parseTrisurfTag(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur);

#endif

 src/snapshot.c

@@ -117,6 +117,7 @@

/* zlib compression base64 encoded */
/* compressed must not be pre-malloced */
/* taken from https://gist.github.com/arq5x/5315739 */
ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){
    z_stream defstream;
    defstream.zalloc = Z_NULL;
@@ -138,6 +139,10 @@
    return nbase;
}

ts_uint ts_decompress_string64(char *b64, ts_uint data_len, char **decompressed){
return TS_SUCCESS;

}

/* base64 encoding, taken from http://stackoverflow.com/questions/342409/how-do-i-base64-encode-decode-in-c */
static char encoding_table[] = {'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H',
@@ -214,7 +219,7 @@
            if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
            if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }

    if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
}