Fixes bugs in creating IsakPrograms compatible image

Samo Penic

2014-06-25 49dbdd4940aa78021f4ba516f4edb632058262bf

 src/cross-section.c

@@ -2,6 +2,7 @@
#include<cross-section.h>
#include<coord.h>
#include<cairo/cairo.h>
#include<stdint.h>
/** @brief Calculates cross-section of vesicle with plane.
 *
 * Function returns points of cross-section of vesicle with plane. Plane is described with equation $ax+by+cz+d=0$. Algorithm extracts coordinates of each vertex of a vesicle and then:
@@ -27,7 +28,7 @@
      if(Dsq<vesicle->dmax){
         for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
            ppn1=vtx->neigh[j]->x*a+vtx->neigh[j]->y*b+vtx->neigh[j]->z*c+d;
            if(pp*ppn1<=0){ //the combination of vertices are good candidates for a crossection
            if(pp*ppn1<=0.0){ //the combination of vertices are good candidates for a crossection
               //find triangle that belongs to the two vertices
               ntria=0;
               for(k=0;k<vtx->tristar_no;k++){
@@ -37,12 +38,7 @@
                     ntria++;
                  }
               }
               // if ntria !=1 there is probably something wrong I would say...
               if(ntria==0) continue;
            /*   if(ntria!=1) { //there should be 2 triangles. of course, all some of them will be doubled.
                  fprintf(stderr,"ntria=%u\n",ntria);
                  fatal ("Error in mesh. 2 triangles not found",123123);
               } */
               if(ntria==0) continue; // no need to continue
               //find the two intersections (in general) to form a intersection line
               for(l=0;l<ntria;l++){
               //we add intersection line between two points for each of the triangles found above.
@@ -63,7 +59,7 @@
ts_bool add_crosssection_point(ts_coord_list *pts, ts_double a, ts_double b, ts_double c, ts_double d, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
   ts_double pp=vtx1->x*a+vtx1->y*b+vtx1->z*c+d;
   ts_double pp2=vtx2->x*a+vtx1->y*b+vtx2->z*c+d;
   if(pp*pp2<=0){
   if(pp*pp2<=0.0){
   ts_double u=pp/(a*(vtx1->x-vtx2->x)+b*(vtx1->y-vtx2->y)+c*(vtx1->z-vtx2->z));
   add_coord(pts, vtx1->x+u*(vtx2->x - vtx1->x),
      vtx1->y+u*(vtx2->y - vtx1->y),      
@@ -82,16 +78,17 @@
   cairo_surface_t *surface;
   cairo_t *cr;
   ts_uint i;
   surface = cairo_image_surface_create (CAIRO_FORMAT_RGB24, 1800, 1800);
   surface = cairo_image_surface_create (CAIRO_FORMAT_ARGB32, 768, 576);
   cr = cairo_create (surface);
   cairo_rectangle(cr, 0.0, 0.0, 1800,1800);
   cairo_set_source_rgb(cr, 0.3, 0.3, 0.3);
   cairo_rectangle(cr, 0.0, 0.0, 768,576);
   cairo_set_source_rgb(cr, 1.0, 1.0, 1.0);
   cairo_fill(cr);
   cairo_set_line_width (cr, 5.0/30.0);
   cairo_set_line_cap(cr, CAIRO_LINE_CAP_ROUND); 
   cairo_translate(cr, 900,900);
   cairo_scale (cr, 30, 30);
   cairo_set_source_rgb (cr, 1.0, 1.0, 1.0);
   cairo_set_line_width (cr, 2.0/8.0);
   cairo_set_line_cap(cr, CAIRO_LINE_CAP_ROUND);
   cairo_set_line_join(cr, CAIRO_LINE_JOIN_ROUND); 
   cairo_translate(cr, 380,250);
   cairo_scale (cr, 8.0, 8.0);
   cairo_set_source_rgb (cr, 0.3, 0.3, 0.3);

   for(i=0;i<pts->n;i+=2){
      cairo_move_to(cr, pts->coord[i]->e1, pts->coord[i]->e2);
@@ -99,6 +96,7 @@
   }
   cairo_stroke(cr);
   cairo_surface_write_to_png (surface,filename);
    append_to_isak_program_raw(surface,"experimental.img");
   cairo_surface_finish (surface);   
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -110,3 +108,39 @@
   crossection_to_png(pts,filename);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool append_to_isak_program_raw(cairo_surface_t *surface, char *filename){
    
    unsigned char *d=cairo_image_surface_get_data(surface);
    int w=cairo_image_surface_get_width(surface);
    int h=cairo_image_surface_get_height(surface);
    int s=cairo_image_surface_get_stride(surface);
    int i,j;
    FILE *fd=fopen(filename, "a+");

    uint32_t *pixelptr; 
    uint32_t my_pixel;
    uint8_t pixel_channel;
//       red = (pixel[8] >> 16) & 0xFF;



       fwrite (&w,sizeof(uint32_t),1,fd);
       fwrite (&h,sizeof(uint32_t),1,fd);
       fwrite (&w,sizeof(uint32_t),1,fd);//time!
    for(i=0;i<h;i++){
        for(j=0;j<w;j++){
            pixelptr=(uint32_t *)(d + i * s);
            my_pixel = pixelptr[j];
            pixel_channel=(my_pixel>>16)&0xFF;
            fwrite(&pixel_channel,sizeof(uint8_t), 1,fd);
        }
    }
    fclose(fd);
    return TS_SUCCESS;
}

/*ts_bool init_isak_program_raw_output_file(ts_uint w, ts_uint h, char *filename){


}*/