Bug in calculating members solved!

Samo Penic

2010-12-27 3131dcbf73ff8a0699a688119d57eaf386f49590

 src/vertex.c

@@ -52,16 +52,19 @@
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

/* This was a bug in creating DIPYRAMID (the neighbours were not in right
 * order).
 */
    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
/*
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;

*/

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -108,12 +111,12 @@
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}

@@ -156,7 +159,7 @@
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
        if(vlist->vtx[i]->data!=NULL) vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
    }
    free(*(vlist->vtx));
    free(vlist->vtx);
@@ -219,8 +222,7 @@
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */

ts_vertex *vtx_copy(ts_vertex *ovtx){
    ts_vertex *cvtx=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    memcpy((void *)cvtx->data,(void *)ovtx->data,sizeof(ts_vertex_data));
@@ -230,8 +232,8 @@
    cvtx->data->bond_no=0;
    cvtx->data->tristar=NULL;
    cvtx->data->bond=NULL;
    cvtx->data->cell=NULL; 
    return cvtx;
    cvtx->data->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}
//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
@@ -241,10 +243,17 @@
ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    memcpy((void *)vlist, (void *)ovlist, sizeof(ts_vertex_list));
    vlist=memcpy((void *)vlist, (void *)ovlist, sizeof(ts_vertex_list));
    ts_vertex **vtx=(ts_vertex **)malloc(vlist->n*sizeof(ts_vertex *));
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx[i]=vtx_copy(ovlist->vtx[i]);
    ts_vertex *tlist=(ts_vertex *)calloc(vlist->n,sizeof(ts_vertex));
    vlist->vtx=vtx;
    if(vlist->vtx==NULL || tlist==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<vlist->n;i++) {
        vlist->vtx[i]=&tlist[i];
        vlist->vtx[i]->idx=i;
        vtx_copy(vlist->vtx[i],ovlist->vtx[i]);
    }

    return vlist;
}