Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2010-11-27 73f967e943c8d7a77cb21411de990904f09baba6
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include<string.h>
#include "general.h"
#include "vertex.h"
#include<stdio.h>
 
ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){    
    ts_int i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list *));
    
    if(N==0){
        err("Initialized vertex list with zero elements. Pointer set to NULL");
        vlist->n=0;
        vlist->vtx=NULL;
        return vlist;
    }
    
    vlist->vtx=(ts_vertex **)malloc(N*sizeof(ts_vertex *));
    if(vlist->vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<N;i++) vlist->vtx[i]=init_vertex(i);
    vlist->n=N;
    return vlist;
}
 
ts_vertex *init_vertex(ts_uint idx){
    ts_vertex *vtx;
    vtx=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
    if(vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for ts_vertex! Memory full?", 100);
    vtx->idx=idx;
    return vtx;
}
 
/*
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vertex **vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<vesicle->vlist.n;i++){
        vlist[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}
*/
 
 
 
ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex **vtx, ts_vertex **nvtx){
    ts_uint i;
    /* no neighbour can be null! */
    if(vtx==NULL || nvtx==NULL) return TS_FAIL;
    
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<(*vtx)->neigh_no;i++){
        if((*vtx)->neigh[i]==nvtx) return TS_FAIL;
    }
    ts_uint nn=(*vtx)->neigh_no++;
    (*vtx)->neigh=(ts_vertex ***)realloc((*vtx)->neigh, nn*sizeof(ts_vertex **));
    (*vtx)->neigh[nn]=nvtx;
 
    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<(*nvtx)->neigh_no;i++){
        if((*nvtx)->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=(*nvtx)->neigh_no++;
    (*nvtx)->neigh=(ts_vertex ***)realloc((*nvtx)->neigh, nn*sizeof(ts_vertex **));
    (*nvtx)->neigh[nn]=vtx;
 
 
/* Ustvari bond in doloci dolzino */
 
    return TS_SUCCESS;
}
 
 
ts_bool vtx_free(ts_vertex **vtx){
    if((*vtx)->neigh!=NULL)   free((*vtx)->neigh);
    if((*vtx)->tristar!=NULL) free((*vtx)->tristar);
    if((*vtx)->bond!=NULL)    free((*vtx)->bond);
    if((*vtx)->cell!=NULL)    free((*vtx)->cell);
    free(*vtx);
    return TS_SUCCESS;
}
 
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx_free(VTX(vlist,i));
    }
    free(vlist);
    return TS_SUCCESS;
}
 
 
 
 
inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex **vtx1, ts_vertex **vtx2){
    ts_double dist;
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
    dist=pow((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + pow((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + pow((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
    dist=powl((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powl((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powl((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
    dist=powf((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powf((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powf((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
#endif
    return(dist);
}