Trisurf Monte Carlo simulator
mihaf
2014-03-25 fe24d29b3c8684f08dccd01f5785aa48b7137322
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
4a1b27 3 nshell=17
e86357 4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
304510 5 dmax=1.7
ea1cce 6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
fe24d2 7 dmin_interspecies=1.2
e86357 8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
2dcc65 9 xk0=10.0
e86357 10 # max step size (in units l_min)
a6b1b5 11 stepsize=0.15
e86357 12
M 13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
fe24d2 15 pswitch = 0
2dcc65 16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
ea1cce 17 pressure=-2.0
a6b1b5 18
624f81 19 ####### Polymer (brush) definitions ###########
a2db52 20 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
ea1cce 21 npoly=0
48bb92 22 # nmono is a number of monomers in each polymer
f8e6ba 23 nmono=10
48bb92 24 # Spring constant between monomers of the polymer
M 25 k_spring=800
a6b1b5 26
624f81 27 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
58230a 28 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
fe24d2 29 nfil=2
58230a 30 # nfono is a number of monomers in each filament
402e8f 31 nfono=300
b30f45 32 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
402e8f 33 xi=100
58230a 34
M 35 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
36 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
37 R_nucleus=5
a6b1b5 38
SP 39 #######  Cell definitions ############
40 nxmax=60
41 nymax=60
42 nzmax=60
43
44
45 ####### Program Control ############
d7a113 46 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
fe24d2 47 mcsweeps=1000
d7a113 48 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
58230a 49 inititer=0
d7a113 50 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
fe24d2 51 iterations=100
d7a113 52
a6b1b5 53
SP 54 #shut up if we are using cluster!!!
55 quiet=false
f74313 56
SP 57 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
58 #currently only none makes sense.
59 multiprocessing=none
60 #how many cores are allowed to process in SMP?
61 smp_cores=2
62 #how many nodes in cluster?
63 cluster_nodes=50
64 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
65 distributed_processes=50
66 #cuda options???