Trisurf Monte Carlo simulator
mihaf
2014-03-24 ea1cce4c80ddb68c0b46a6873ef3b64cc4a958a1
commit | author | age
d7639a 1 #include<stdlib.h>
SP 2 #include "general.h"
3 #include "cell.h"
f74313 4 #include "frame.h"
ea1cce 5
d7639a 6 ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
3a018d 7     ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
f74313 8     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
d7639a 9     vesicle->cm[0]=0;
SP 10     vesicle->cm[1]=0;
11     vesicle->cm[2]=0;
f74313 12     for(i=0;i<n;i++){
8f6a69 13         vesicle->cm[0]+=vtx[i]->x;
SP 14         vesicle->cm[1]+=vtx[i]->y;
15         vesicle->cm[2]+=vtx[i]->z; 
d7639a 16     } 
dac2e5 17     vesicle->cm[0]/=(ts_float)n;
SP 18     vesicle->cm[1]/=(ts_float)n;
19     vesicle->cm[2]/=(ts_float)n;
919555 20
SP 21     for(i=0;i<n;i++){
22         vtx[i]->x-=vesicle->cm[0];
23         vtx[i]->y-=vesicle->cm[1];
24         vtx[i]->z-=vesicle->cm[2]; 
25     } 
58230a 26 //move polymers for the same vector as we moved vesicle
3a018d 27     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 28         for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
29             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
30             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
31             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
32         }
33     }
58230a 34 //move filaments for the same vector as we moved vesicle
M 35     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
36         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
37             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
38             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
39             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
40         }
41     }
3a018d 42
58230a 43     vesicle->cm[0]=0.0;
M 44     vesicle->cm[1]=0.0;
45     vesicle->cm[2]=0.0;
a63f17 46
d7639a 47     return TS_SUCCESS;
SP 48 }
49
f74313 50 ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
48bb92 51     ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
d7639a 52
f74313 53     cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
SP 54     for(i=0;i<n;i++){
55     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->vlist->vtx[i]);
a63f17 56 //    already done in cell_add_vertex
SP 57 //    vesicle->vlist->vtx[i]->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];
d7639a 58
f74313 59     cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);
d7639a 60     }
48bb92 61
58230a 62 //Add all polymers to cells
48bb92 63     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 64     for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
65         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
66         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
67     }
68     }
58230a 69 //Add all filaments to cells
M 70      for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
71     for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
72         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
73         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
74     }
75     }
76    
48bb92 77
d7639a 78     return TS_SUCCESS;
SP 79 }