Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2020-04-13 a7fb2b94260897ec914f0bbf31698e166263036c
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
d7639a 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include "general.h"
4 #include "cell.h"
f74313 5 #include "frame.h"
ea1cce 6
3de289 7
SP 8 #include "triangle.h"
d7639a 9 ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
3a018d 10     ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
f74313 11     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
0dd5ba 12     ts_double temp_z_cm=0;
d7639a 13     vesicle->cm[0]=0;
SP 14     vesicle->cm[1]=0;
15     vesicle->cm[2]=0;
f74313 16     for(i=0;i<n;i++){
8f6a69 17         vesicle->cm[0]+=vtx[i]->x;
SP 18         vesicle->cm[1]+=vtx[i]->y;
19         vesicle->cm[2]+=vtx[i]->z; 
d7639a 20     } 
dac2e5 21     vesicle->cm[0]/=(ts_float)n;
SP 22     vesicle->cm[1]/=(ts_float)n;
23     vesicle->cm[2]/=(ts_float)n;
0dd5ba 24
SP 25     //center mass for z component does not  change if we confine the vesicle with plates
26     if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
27         temp_z_cm=vesicle->cm[2];
28         vesicle->cm[2]=0;
29     }
919555 30
SP 31     for(i=0;i<n;i++){
32         vtx[i]->x-=vesicle->cm[0];
33         vtx[i]->y-=vesicle->cm[1];
34         vtx[i]->z-=vesicle->cm[2]; 
35     } 
58230a 36 //move polymers for the same vector as we moved vesicle
3a018d 37     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 38         for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
39             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
40             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
41             vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
42         }
43     }
58230a 44 //move filaments for the same vector as we moved vesicle
M 45     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
46         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
47             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
48             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
49             vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
50         }
51     }
4891eb 52 //move nucleus for the same vector as we moved vesicle
SP 53     vesicle->nucleus_center[0]-=vesicle->cm[0];
54     vesicle->nucleus_center[1]-=vesicle->cm[1];
55     vesicle->nucleus_center[2]-=vesicle->cm[2];
3a018d 56
58230a 57     vesicle->cm[0]=0.0;
M 58     vesicle->cm[1]=0.0;
0dd5ba 59     if(vesicle->tape->plane_confinement_switch){
SP 60         vesicle->cm[2]=temp_z_cm;
61     }
a63f17 62
3de289 63     for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
SP 64         triangle_normal_vector(vesicle->tlist->tria[i]);
65     }
66
67
d7639a 68     return TS_SUCCESS;
SP 69 }
70
f74313 71 ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
48bb92 72     ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
d7639a 73
f74313 74     cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
SP 75     for(i=0;i<n;i++){
76     cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->vlist->vtx[i]);
a63f17 77 //    already done in cell_add_vertex
SP 78 //    vesicle->vlist->vtx[i]->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];
d7639a 79
f74313 80     cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);
d7639a 81     }
48bb92 82
58230a 83 //Add all polymers to cells
90882f 84 if(vesicle->poly_list!=NULL){
48bb92 85     for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
M 86     for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
87         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
88         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
89     }
90     }
90882f 91 }
58230a 92 //Add all filaments to cells
90882f 93 if(vesicle->filament_list!=NULL){
58230a 94      for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 95     for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
96         cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
97         cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
98     }
99     }
90882f 100 }   
48bb92 101
d7639a 102     return TS_SUCCESS;
SP 103 }