Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2017-01-04 96b0a0ac783d35fbf4e764fe8e610ddc2a79af27
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
e98482 3 nshell=17
e86357 4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
304510 5 dmax=1.7
ea1cce 6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
fe24d2 7 dmin_interspecies=1.2
e86357 8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
2dcc65 9 xk0=10.0
e86357 10 # max step size (in units l_min)
a6b1b5 11 stepsize=0.15
e86357 12
M 13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
45c708 15 pswitch = 0
2dcc65 16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
e98482 17 pressure=10.0
a6b1b5 18
267433 19 #Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
37791b 20 constvolswitch=0
dd5aca 21 constvolprecision=1e-14
9166cb 22
c0ae90 23 #Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
8db203 24 constareaswitch=0
9166cb 25
624f81 26 ####### Polymer (brush) definitions ###########
a2db52 27 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
e2db4a 28 npoly=400
48bb92 29 # nmono is a number of monomers in each polymer
fc6f3e 30 nmono=10
48bb92 31 # Spring constant between monomers of the polymer
M 32 k_spring=800
e98482 33 #set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
SP 34 internal_poly=1
a6b1b5 35
624f81 36 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
58230a 37 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
8db203 38 nfil=0
58230a 39 # nfono is a number of monomers in each filament
8db203 40 nfono=3
b30f45 41 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
5c64e2 42 xi=100
58230a 43
M 44 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
45 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
f06f5f 46 R_nucleus=0
bfa6c4 47 R_nucleusX=0
SP 48 R_nucleusY=0
49 R_nucleusZ=0
a6b1b5 50 #######  Cell definitions ############
SP 51 nxmax=60
52 nymax=60
53 nzmax=60
54
55
56 ####### Program Control ############
d7a113 57 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
a5e543 58 #200000
032273 59 mcsweeps=2000
d7a113 60 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
a5e543 61 #2
fc6f3e 62 inititer=1
d7a113 63 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
a5e543 64 #10000
M 65 iterations=100
d7a113 66
a6b1b5 67
dc77e8 68 ###### Spherical harmonics ###########
5a3862 69 # If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
c60a49 70 spherical_harmonics_coefficients=21
dc77e8 71
a6b1b5 72 #shut up if we are using cluster!!!
SP 73 quiet=false
5c64e2 74  
SP 75
f74313 76
SP 77 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
78 #currently only none makes sense.
79 multiprocessing=none
80 #how many cores are allowed to process in SMP?
81 smp_cores=2
82 #how many nodes in cluster?
83 cluster_nodes=50
84 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
85 distributed_processes=50
86 #cuda options???
e5858f 87
SP 88
89 #NirGov branch only!
90 #number of vertices with spontaneous curvature (integer)
250de4 91 number_of_vertices_with_c0=100
e5858f 92 #spontaneous curvature (float)
032273 93 c0=0.5
SP 94 #energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
250de4 95 w=10.0
SP 96 #direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
97 F=2.0