Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2014-03-05 719c9febac2eaff9483fda487b57684afbb59bb2
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
3131dc 3 nshell=17
fedf2b 4 # dmax is the max. bond length 
304510 5 dmax=1.7
a6b1b5 6 # bending rigidity of the membrane 
SP 7 xk0=25.0
8 # max step size 
9 stepsize=0.15
10
a2db52 11 ####### Polymer definitions ###########
SP 12 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
f8e6ba 13 npoly=30
48bb92 14 # nmono is a number of monomers in each polymer
f8e6ba 15 nmono=10
48bb92 16 # Spring constant between monomers of the polymer
M 17 k_spring=800
a6b1b5 18
SP 19 #######  Cell definitions ############
20 nxmax=60
21 nymax=60
22 nzmax=60
23
24
25 ####### Program Control ############
d7a113 26 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
4a1b27 27 mcsweeps=5000
d7a113 28 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
40aa5b 29 inititer=1
d7a113 30 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
719c9f 31 <<<<<<< HEAD
bc4e1e 32 iterations=10
719c9f 33 =======
4a1b27 34 iterations=10000
719c9f 35 >>>>>>> e9eab4fb2f72383a1a2adbe5f09f7bbd1fd45768
d7a113 36
a6b1b5 37
SP 38 #shut up if we are using cluster!!!
39 quiet=false
f74313 40
SP 41 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
42 #currently only none makes sense.
43 multiprocessing=none
44 #how many cores are allowed to process in SMP?
45 smp_cores=2
46 #how many nodes in cluster?
47 cluster_nodes=50
48 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
49 distributed_processes=50
50 #cuda options???