Trisurf Monte Carlo simulator
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mihaf
2014-03-14 624f819d40ca2204b0a128970dcd3d9ca7e17699
commit | author | age
d7639a 1 #ifndef _GENERAL_H
SP 2 #define _GENERAL_H
3
4 #include<stdarg.h>
7958e9 5 #include<stdio.h>
d7639a 6 /* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
SP 7   * @file header.h
8   * @author Samo Penic
9   * @date 5.3.2001
311301 10   * 
d7639a 11   * Header file for general inclusion in all the code, defining data structures
SP 12   * and general constans. All datatypes used in the code is also defined here.
13   *
311301 14   * Miha: branch trisurf-polyel
d7639a 15   */
SP 16
17 /* Defines */
18 /** @brief Return value of type bz_bool that indiceates successful function finish 
19   *
20   * Function usualy return some value, which are the result of certain operation. Functions that don't
21   * return any parameters can return value, that indicates if the function call finished successfully.
22   * In case of successful function run, the functions should return TS_SUCCESS to the caller. This define
23   * is set here to get uniformity among all the functions used in program.
24   *
25   * Example of usage:
26   *        ts_boot somefunction(ts_int param1, ....){
27   *            ...
28   *            return TS_SUCCESS;
29   *        }
30   */
31 #define TS_SUCCESS 0
32
33 /** @brief Return value of type bz_bool that indicates unsuccessful function finish 
34   *
35   * Function usualy return some value, which are the result of certain operation. Functions that don't
36   * return any parameters can return value, that indicates if the function call finished successfully.
37   * In case of unsuccessful function run, the functions should return TS_FAIL to the caller. This define
38   * is set here to get uniformity among all the functions used in program.
39   *
40   * Example of usage:
41   *
42   *        ts_boot somefunction(ts_int param1, ....){
43   *            ...
44   *            return TS_FAIL;
45   *        }
46   */
47 #define TS_FAIL 1
48
49 /* CONSTANTS */
50
51 /* DATA TYPES */
52 /** @brief Sets the default datatype for ts_double
53  *
54  * Requred for some functions to work, like "pow" from math.h. If ts_double is defined as
55  * float program must run with "powf". Where type dependant function is used it checks this
56  * define directive to decide which version to compile in. Available options
57  *
58  *    TS_DOUBLE_FLOAT
59  *    TS_DOUBLE_DOUBLE
60  *    TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
61 */
62 #define TS_DOUBLE_DOUBLE
63
64 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
65  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
66  *    ts_int (uses int)
67  */
68 typedef int ts_int;
69 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
70  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
71  *    ts_uint (uses unsigned int)
72  */
73 typedef unsigned int ts_uint;
74 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
75  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
76  *    ts_long (uses long)
77  */
78 typedef long ts_long;
79 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
80  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
81  *    ts_ulong (uses unsigned long)
82  */
83 typedef unsigned long ts_ulong;
84 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
85  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
86  *    ts_float (uses float)
87  */
88 typedef float ts_float;
89 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
90  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
91  *    ts_double (uses double)
92  */
93 typedef double ts_double;
94 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
95  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
96  *    ts_char (uses char)
97  */
98 typedef char ts_char;
99 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
100  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
101  *    ts_uchar (uses unsigned char)
102  */
103 typedef unsigned char ts_uchar;
104 /** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
105  *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
106  *    ts_bool (uses char)
107  */
108 typedef char ts_bool;
109
110
111 /* STRUCTURES */
112
523bf1 113
SP 114 /** @brief Data structure for keeping the coordinates in selected coordinate
115  * system
116  */
117 #define TS_COORD_CARTESIAN 0
118 #define TS_COORD_SPHERICAL 1
119 #define TS_COORD_CYLINDRICAL 2
120
121 typedef struct {
122     ts_double e1;
123     ts_double e2;
124     ts_double e3;
125     ts_uint coord_type;
126 } ts_coord;
127
d7639a 128 /** @brief Data structure of all data connected to a vertex
SP 129  *
8f6a69 130  *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
d7639a 131  *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
8f6a69 132 struct ts_vertex {
SP 133         ts_uint idx;
a10dd5 134         ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
d7639a 135         ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
SP 136         ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
137         ts_uint neigh_no; /**< The number of neighbours. */
a10dd5 138         struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. */
SP 139         ts_double *bond_length; /**< Obsolete! The bond lenght is moved to ts_bond */
140         ts_double *bond_length_dual; /**< Obsolete! Bond length in dual lattice is moved to ts_bond! */
d7639a 141         ts_double curvature;
SP 142         ts_double energy;
143         ts_double energy_h;
144         ts_uint tristar_no;
a10dd5 145         struct ts_triangle **tristar; /**< The list of triangles this vertex belongs to. This is an array of pointers to ts_triangle structure of tristar_no length */
SP 146         ts_uint bond_no;
147         struct ts_bond **bond; /**< Array of pointers of lenght bond_no that stores information on bonds. */
148         struct ts_cell *cell; /**< Which cell do we belong to? */
d7639a 149         ts_double xk;
SP 150         ts_double c;
151         ts_uint id;
523bf1 152         ts_double projArea;
SP 153         ts_double relR;
154         ts_double solAngle;
1d5dff 155     struct ts_poly *grafted_poly;
737714 156 };
d7639a 157 typedef struct ts_vertex ts_vertex;
SP 158
73f967 159 typedef struct {
SP 160     ts_uint n;
a10dd5 161     ts_vertex **vtx;
73f967 162
SP 163 } ts_vertex_list;
164
e016c4 165 struct ts_bond {
fedf2b 166         ts_uint idx;
d7639a 167     ts_vertex *vtx1;
SP 168     ts_vertex *vtx2;
169     ts_double bond_length;
170     ts_double bond_length_dual;
a63f17 171     ts_bool tainted;
fedf2b 172     ts_double energy;
a10dd5 173 };
SP 174 typedef struct ts_bond ts_bond;
175
176 struct ts_bond_list {
177     ts_uint n;
178     ts_bond **bond;
179 };
180 typedef struct ts_bond_list ts_bond_list;
181
41a035 182 struct ts_triangle {
SP 183     ts_uint idx;
d7639a 184     ts_vertex *vertex[3];
SP 185     ts_uint neigh_no;
186     struct ts_triangle **neigh;
187     ts_double xnorm;
188     ts_double ynorm;
189     ts_double znorm;
523bf1 190     ts_double area; // firstly needed for sh.c
c9d07c 191     ts_double volume; // firstly needed for sh.c
a10dd5 192 };
d7639a 193 typedef struct ts_triangle ts_triangle;
a10dd5 194
SP 195 struct ts_triangle_list{
196     ts_uint n;
197     ts_triangle **tria;
198 };
a2a676 199 typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
d7639a 200
SP 201
bb77ca 202 typedef struct ts_cell {
SP 203     ts_uint idx;
34d3de 204     ts_vertex **vertex;
SP 205     ts_uint nvertex;
bb77ca 206 } ts_cell; 
SP 207
208 typedef struct ts_cell_list{
209     ts_uint ncmax[3];
210     ts_uint cellno;
211     ts_cell **cell;
d7639a 212     ts_double dcell;
SP 213     ts_double shift;
214     ts_double max_occupancy;
bb77ca 215 } ts_cell_list;
SP 216
217
218 typedef struct {
523bf1 219     ts_uint l;
SP 220     ts_double **ulm;
262607 221     ts_double **sumUlm2;
SP 222     ts_uint N;
621830 223     ts_double **co;
eb8605 224     ts_double ***Ylmi;
523bf1 225 } ts_spharm;
SP 226
227
228
1d5dff 229 struct ts_poly {
M 230     ts_vertex_list *vlist;
231     ts_bond_list *blist;
232     ts_vertex *grafted_vtx;
48bb92 233     ts_double k;
1d5dff 234 };
M 235 typedef struct ts_poly ts_poly;
236
237
238 struct ts_poly_list {
239     ts_uint    n;
240     ts_poly **poly;
241 };
242 typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;
243
244
245
246
523bf1 247 typedef struct {
bb77ca 248     ts_vertex_list *vlist;
SP 249     ts_bond_list *blist;
250     ts_triangle_list *tlist;
48bb92 251     ts_cell_list *clist;
bb77ca 252     ts_uint nshell;
48bb92 253     ts_double bending_rigidity;
M 254     ts_double dmax;
255     ts_double stepsize;
256        ts_double cm[3];
257     ts_double volume;
258     ts_spharm *sphHarmonics;
624f81 259 // Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
1d5dff 260     ts_poly_list *poly_list;
624f81 261 // Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
M 262     ts_poly_list *filament_list;
263
48bb92 264     ts_double spring_constant;
e86357 265     ts_double pressure;
b866cf 266     ts_int pswitch;
624f81 267
M 268     ts_double R_nucleus;
269
d7639a 270 } ts_vesicle;
SP 271
272
523bf1 273
d7639a 274 /* GLOBAL VARIABLES */
SP 275
276 int quiet;
277
278
279 /* FUNCTIONS */
280
281 /** Non-fatal error function handler:
282  *      @param text is a description of an error
283  *      @returns doesn't return anything
284 */
285 void err(char *text);
286
287 /** Fatal error function handler:
288  *      @param text is a description of an error
289  *      @param errcode is a (non-zero) error code
290  *      @returns terminates the execution of program with errcode set
291 */
292 void fatal(char *text, ts_int errcode);
293
7958e9 294 ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, ...);
d7639a 295
737714 296 #define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
SP 297 #define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data
73f967 298
d7639a 299 #endif