Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2021-04-19 17fe35ccc428e18dd226e07d5517c4816ef6be44
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
7958e9 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include<math.h>
4 #include<stdio.h>
5 #include "general.h"
6 #include "vertex.h"
7 #include "bond.h"
8 #include "vesicle.h"
9 #include "vertex.h"
10 #include "triangle.h"
11 #include "initial_distribution.h"
f74313 12 #include "energy.h"
1ab449 13 #include "poly.h"
8a6614 14 #include "io.h"
dc77e8 15 #include "sh.h"
459ff9 16 #include "shcomplex.h"
7958e9 17
SP 18 ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize){
1ab449 19     ts_fprintf(stdout,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
7958e9 20     ts_bool retval;
1ab449 21     ts_uint no_vertices=5*nshell*nshell+2;    
SP 22     ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);
23     vesicle->nshell=nshell;
24     //retval = vtx_set_global_values(vesicle);
25     retval = pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(vesicle->vlist);
26     retval = init_vertex_neighbours(vesicle->vlist);
27     vesicle->vlist = init_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
b01cc1 28    // retval = init_vesicle_bonds(vesicle); // bonds are created in sort_neigh
1ab449 29     retval = init_triangles(vesicle);
SP 30     retval = init_triangle_neighbours(vesicle);
31     retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
32     retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
33     retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
34     ts_fprintf(stdout,"initial_distribution finished!\n");
41a035 35     if(retval);
17fe35 36 //    ts_fprintf(stdout,"%e %e %e\n", vesicle->vlist->vtx[0]->x,vesicle->vlist->vtx[0]->y, vesicle->vlist->vtx[0]->z);
SP 37 //    for(int i=0;i<vesicle->vlist->vtx[0]->neigh_no; i++){
38 //        ts_fprintf(stdout,"%e %e %e\n", vesicle->vlist->vtx[0]->neigh[i]->x,vesicle->vlist->vtx[0]->neigh[i]->y, vesicle->vlist->vtx[0]->neigh[i]->z);
39 //    }
7958e9 40     return vesicle;
SP 41 } 
42
43
1ab449 44
SP 45 ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
46     ts_vesicle *vesicle;
bcf455 47
1ab449 48     vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
698ae1 49         vesicle->tape=tape;
d43116 50     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
SP 51     vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
698ae1 52     set_vesicle_values_from_tape(vesicle);
def8b5 53         initial_population_with_c0(vesicle,tape);
698ae1 54     return vesicle;
SP 55 }
56
57 ts_bool set_vesicle_values_from_tape(ts_vesicle *vesicle){
58230a 58     // Nucleus:
698ae1 59     ts_vertex *vtx;
SP 60     ts_tape *tape=vesicle->tape;
fe24d2 61     vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus*tape->R_nucleus;
37791b 62     vesicle->R_nucleusX=tape->R_nucleusX*tape->R_nucleusX;
SP 63     vesicle->R_nucleusY=tape->R_nucleusY*tape->R_nucleusY;
64     vesicle->R_nucleusZ=tape->R_nucleusZ*tape->R_nucleusZ;
fe24d2 65     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
bcf455 66
58230a 67     //Initialize grafted polymers (brush):
d43116 68     //vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
1ab449 69     vesicle->spring_constant=tape->kspring;
SP 70     poly_assign_spring_const(vesicle);
bcf455 71
58230a 72     //Initialize filaments (polymers inside the vesicle):
M 73     vesicle->filament_list=init_poly_list(tape->nfil,tape->nfono, NULL, vesicle);
bcf455 74     poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);
58230a 75
bcf455 76     ts_uint i,j;
M 77     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
78         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
79             bond_vector(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]);
80             vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->bond_length = sqrt(vtx_distance_sq(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2));
81         }
58230a 82     }
bcf455 83
M 84     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
85         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
86             vtx = vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j];
87             if(vtx->bond_no == 2){
88             vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
89             }
90         }
58230a 91     }
bcf455 92
ea1cce 93     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 94         vertex_list_assign_id(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,TS_ID_FILAMENT);
95     }
bcf455 96
58230a 97 //    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
M 98 //    poly_assign_spring_const(vesicle);
99
1ab449 100     
SP 101     vesicle->nshell=tape->nshell;
102     vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */
103     vesicle->bending_rigidity=tape->xk0;
104     vtx_set_global_values(vesicle); /* make xk0 default value for every vertex */ 
f4d6ca 105 //    ts_fprintf(stdout, "Tape setting: xk0=%e\n",tape->xk0);
1ab449 106     vesicle->stepsize=tape->stepsize;
SP 107     vesicle->clist->ncmax[0]=tape->ncxmax;
108     vesicle->clist->ncmax[1]=tape->ncymax;
109     vesicle->clist->ncmax[2]=tape->nczmax;
90882f 110     vesicle->clist->max_occupancy=16; /* hard coded max occupancy? */
1ab449 111
SP 112     vesicle->pressure= tape->pressure;
113     vesicle->pswitch=tape->pswitch;
632960 114     if(tape->shc>0){
459ff9 115         vesicle->sphHarmonics=complex_sph_init(vesicle->vlist,tape->shc);
632960 116     }
SP 117     else {
118         vesicle->sphHarmonics=NULL;
119     }
e5858f 120
699ac4 121     vesicle->tlist->a0=sqrt(3)/4*pow((vesicle->tape->dmax+1.0)/2.0,2);  
698ae1 122     return TS_SUCCESS;
1ab449 123
SP 124 }
125
126
def8b5 127 ts_bool initial_population_with_c0(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
SP 128     int rndvtx,i,j;
e5858f 129     if(tape->number_of_vertices_with_c0>0){
073d28 130 //        ts_fprintf(stderr,"Setting values for spontaneous curvature as defined in tape\n");
eb9583 131         j=0;
e5858f 132         for(i=0;i<tape->number_of_vertices_with_c0;i++){
SP 133             rndvtx=rand() % vesicle->vlist->n;
eb9583 134             if(fabs(vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c-tape->c0)<1e-15){
SP 135                 j++;
136                 i--;
137                 if(j>10*vesicle->vlist->n){
138                     fatal("cannot populate vesicle with vertices with spontaneous curvature. Too many spontaneous curvature vertices?",100);
139                 }
140                 continue;
141             }
e5858f 142             vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c=tape->c0;
SP 143         }
144         mean_curvature_and_energy(vesicle);
145         if(fabs(tape->w)>1e-16){ //if nonzero energy
073d28 146 //            ts_fprintf(stderr,"Setting attraction between vertices with spontaneous curvature\n");
e5858f 147             sweep_attraction_bond_energy(vesicle);
SP 148         }
149     }
def8b5 150     return TS_SUCCESS;
1ab449 151 }
SP 152
153
7958e9 154 ts_bool pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(ts_vertex_list *vlist){
SP 155     /* Some often used relations */
156     const ts_double s1= sin(2.0*M_PI/5.0);
157     const ts_double s2= sin(4.0*M_PI/5.0);
158     const ts_double c1= cos(2.0*M_PI/5.0);
159     const ts_double c2= cos(4.0*M_PI/5.0);
160
161     /* Calculates projection lenght of an edge bond to pentagram plane */
fab2ad 162     const ts_double xl0=DEF_A0/(2.0*sin(M_PI/5.0));
7958e9 163 #ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
fab2ad 164     const ts_double z0=sqrt(pow(DEF_A0,2)-pow(xl0,2));
7958e9 165 #endif
SP 166 #ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
fab2ad 167     const ts_double z0=sqrtf(powf(DEF_A0,2)-powf(xl0,2));
7958e9 168 #endif
SP 169 #ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
fab2ad 170     const ts_double z0=sqrtl(powl(DEF_A0,2)-powl(xl0,2));
7958e9 171 #endif
SP 172 //    const z0=sqrt(A0*A0 -xl0*xl0); /* I could use pow function but if pow is used make a check on the float type. If float then powf, if long double use powl */
173
174 /*placeholder for the pointer to vertex datastructure list... DIRTY: actual pointer points towards invalid address, one position before actual beginning of the list... This is to solve the difference between 1 based indexing in original program in fortran and 0 based indexing in C. All algorithms remain unchanged because of this!*/
175     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1 ; 
176
177
178     ts_uint nshell=(ts_uint)( sqrt((ts_double)(vlist->n-2)/5));
179 //    printf("nshell=%u\n",nshell);
180     ts_uint i,n0; // some for loop prereq
181     ts_int j,k;
182     ts_double dx,dy; // end loop prereq
183
184     /* topmost vertex */
8f6a69 185     vtx[1]->x=0.0;
SP 186     vtx[1]->y=0.0;
187     vtx[1]->z=z0*(ts_double)nshell;
7958e9 188     
SP 189     /* starting from to in circular order on pentagrams */    
190     for(i=1;i<=nshell;i++){
191         n0=2+5*i*(i-1)/2; //-1 would be for the reason that C index starts from 0 
8f6a69 192         vtx[n0]->x=0.0;
SP 193         vtx[n0]->y=(ts_double)i*xl0;
194         vtx[n0+i]->x=vtx[n0]->y*s1;
195         vtx[n0+i]->y=vtx[n0]->y*c1;
196         vtx[n0+2*i]->x=vtx[n0]->y*s2;
197         vtx[n0+2*i]->y=vtx[n0]->y*c2;
198         vtx[n0+3*i]->x=-vtx[n0+2*i]->x;
199         vtx[n0+3*i]->y=vtx[n0+2*i]->y;
200         vtx[n0+4*i]->x=-vtx[n0+i]->x;
201         vtx[n0+4*i]->y=vtx[n0+i]->y;
7958e9 202     }
SP 203
204     /* vertexes on the faces of the dipyramid */
205     for(i=1;i<=nshell;i++){
206         n0=2+5*i*(i-1)/2; // -1 would be because of C!
207         for(j=1;j<=i-1;j++){
8f6a69 208             dx=(vtx[n0]->x-vtx[n0+4*i]->x)/(ts_double)i;
SP 209             dy=(vtx[n0]->y-vtx[n0+4*i]->y)/(ts_double)i;
210             vtx[n0+4*i+j]->x=(ts_double)j*dx+vtx[n0+4*i]->x;
211             vtx[n0+4*i+j]->y=(ts_double)j*dy+vtx[n0+4*i]->y;
7958e9 212         }
SP 213         for(k=0;k<=3;k++){ // I would be worried about zero starting of for
8f6a69 214             dx=(vtx[n0+(k+1)*i]->x - vtx[n0+k*i]->x)/(ts_double) i;
SP 215             dy=(vtx[n0+(k+1)*i]->y - vtx[n0+k*i]->y)/(ts_double) i;
7958e9 216             for(j=1; j<=i-1;j++){
8f6a69 217                 vtx[n0+k*i+j]->x= (ts_double)j*dx+vtx[n0+k*i]->x;
SP 218                 vtx[n0+k*i+j]->y= (ts_double)j*dy+vtx[n0+k*i]->y;
7958e9 219             } 
SP 220         } 
221     }
222
223     for(i=1;i<=nshell;i++){
224         n0= 2+ 5*i*(i-1)/2;
225         for(j=0;j<=5*i-1;j++){
8f6a69 226         vtx[n0+j]->z= z0*(ts_double)(nshell-i);   // I would be worried about zero starting of for
7958e9 227         }
SP 228     }
229
230 /* for botom part of dipyramide we calculate the positions of vertices */
231     for(i=2+5*nshell*(nshell+1)/2;i<=vlist->n;i++){
8f6a69 232         vtx[i]->x=vtx[vlist->n - i +1]->x;
SP 233         vtx[i]->y=vtx[vlist->n - i +1]->y;
234         vtx[i]->z=-vtx[vlist->n - i +1]->z;
7958e9 235     }
SP 236
237     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
238         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
239             if(i!=j && vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j])<0.001){
240                 printf("Vertices %u and %u are the same!\n",i,j);
241             }
242         }
243     }
244     return TS_SUCCESS;
245 }
246
247
248
249 ts_bool init_vertex_neighbours(ts_vertex_list *vlist){
250     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
251     const ts_double eps=0.001; //TODO: find out if you can use EPS from math.h
252     ts_uint i,j;
253     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
254     /*this is not required if we zero all data in vertex structure at initialization */
255     /*if we force zeroing at initialization this for loop can safely be deleted */
256     //for(i=1;i<=vlist->n;i++){
257     //    vtx[i].neigh_no=0;
258     //}
259     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
260         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
261             dist2=vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j]);
fab2ad 262             if( (dist2>eps) && (dist2<(DEF_A0*DEF_A0+eps))){ 
7958e9 263     //if it is close enough, but not too much close (solves problem of comparing when i==j)
SP 264                 vtx_add_neighbour(vtx[i],vtx[j]);
265             }
266         }
267     //        printf ("vertex %u ima %u sosedov!\n",i,vtx[i]->data->neigh_no);
268     }
269
270     return TS_SUCCESS;
271 }
272
b01cc1 273 // TODO: with new datastructure can be rewritten. Partially it is done, but it is complicated.
SP 274 ts_vertex_list *init_sort_neighbours(ts_bond_list *blist,ts_vertex_list *vlist){
7958e9 275     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
SP 276     ts_uint i,l,j,jj,jjj,k=0;   
277     ts_double eps=0.001; // Take a look if EPS from math.h can be used
278
279 /*lets initialize memory for temporary vertex_list. Should we write a function instead */
b01cc1 280     ts_vertex_list *tvlist=vertex_list_copy(vlist);
7958e9 281     ts_vertex **tvtx=tvlist->vtx -1;  /* again to compensate for 0-indexing */
SP 282
283     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
284     ts_double direct; // Something, dont know what, but could be normal of some kind
285     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
286         k++; // WHY i IS NOT GOOD??
8f6a69 287            vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k], tvtx[vtx[i]->neigh[0]->idx+1]); //always add 1st
7958e9 288            jjj=1;
SP 289            jj=1;
8f6a69 290            for(l=2;l<=vtx[i]->neigh_no;l++){
SP 291                for(j=2;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
292                    dist2=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
293                    direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
294 // TODO: check if fabs can be used with all floating point types!!
fab2ad 295                    if( (fabs(dist2-DEF_A0*DEF_A0)<=eps) && (direct>0.0) && (j!=jjj) ){
8f6a69 296                        vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k],tvtx[vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1]);
7958e9 297                        jjj=jj;
SP 298                        jj=j;
299                        break;
300                    }
301                }
302            }    
303     }
b01cc1 304 /* We use the temporary vertex for our main vertices and we abandon main
SP 305  * vertices, because their neighbours are not correctly ordered */
306    // tvtx=vlist->vtx;
307    // vlist->vtx=tvtx;
308    // tvlist->vtx=vtx;
309     vtx_list_free(vlist);
310 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
311     if((blist->n)!=3*(tvlist->n-2)){
312         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(tvlist->n-2));
313         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
7958e9 314     }
SP 315
b01cc1 316     return tvlist;
7958e9 317 }
SP 318
319
320 ts_bool init_vesicle_bonds(ts_vesicle *vesicle){
321     ts_vertex_list *vlist=vesicle->vlist;
322     ts_bond_list *blist=vesicle->blist;
323     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx - 1; // Because of 0 indexing
324 /* lets make correct clockwise ordering of in nearest neighbour list */
325     ts_uint i,j,k;
326     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
327         for(j=i+1;j<=vlist->n;j++){
8f6a69 328             for(k=0;k<vtx[i]->neigh_no;k++){ // has changed 0 to < instead of 1 and <=
SP 329                 if(vtx[i]->neigh[k]==vtx[j]){  //if addresses matches it is the same
7958e9 330                     bond_add(blist,vtx[i],vtx[j]);
SP 331                     break;
332                 }
333             }
334         }
335     } 
336 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
337     if((blist->n)!=3*(vlist->n-2)){
338         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(vlist->n-2));
339         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
340     }
341     return TS_SUCCESS;
342 }
343
344
345
346 ts_bool init_triangles(ts_vesicle *vesicle){
347     ts_uint i,j,jj,k;
348     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
349     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
350     ts_double dist, direct;
351     ts_double eps=0.001; // can we use EPS from math.h?
352     k=0;
353     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 354         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 355             for(jj=1;jj<=vtx[i]->neigh_no;jj++){
7958e9 356         //        ts_fprintf(stderr,"%u: (%u,%u) neigh_no=%u ",i,j,jj,vtx[i].neigh_no);
SP 357         //      ts_fprintf(stderr,"%e, %e",vtx[i].neigh[j-1]->x,vtx[i].neigh[jj-1]->x);
8f6a69 358                 dist=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
SP 359                 direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);                
360 // TODO: same as above                
fab2ad 361                 if(fabs(dist-DEF_A0*DEF_A0)<=eps && direct < 0.0 && vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1 > i && vtx[i]->neigh[jj-1]->idx+1 >i){
8f6a69 362                     triangle_add(tlist,vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
7958e9 363                 }    
SP 364             }    
365         }
366     }
367 /* We check if all triangles have 3 vertices and if the number of triangles
368  * matches the theoretical value.
369  */
370     for(i=0;i<tlist->n;i++){
371         k=0;
372         for(j=0;j<3;j++){
41a035 373             if(tlist->tria[i]->vertex[j]!=NULL)
7958e9 374             k++;
SP 375         }
376             if(k!=3){
8f6a69 377                 fatal("Some triangles have less than 3 vertices..",4);
7958e9 378             }   
SP 379     } 
380     if(tlist->n!=2*(vesicle->vlist->n -2)){
381         ts_fprintf(stderr,"The number of triangles is %u but should be %u!\n",tlist->n,2*(vesicle->vlist->n -2));
382         fatal("The number of triangles doesn't match 2*(no_vertex -2).",4);
383     }
384     return TS_SUCCESS;
385 }
386
387
388
389 ts_bool init_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
390     ts_uint i,j,nobo;
391     ts_vertex *i1,*i2,*i3,*j1,*j2,*j3;
392 //    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
393     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
394     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
395     nobo=0;
396     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 397         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 398         i2=tria[i]->vertex[1]; 
399         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 400         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 401             if(j==i) continue;
41a035 402             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 403             j2=tria[j]->vertex[1]; 
404             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 405             if((i1==j1 && i3==j2) || (i1==j2 && i3==j3) || (i1==j3 && i3==j1)){
SP 406                     triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
407                     nobo++;
408             }
409         }
410     }
411     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 412         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 413         i2=tria[i]->vertex[1]; 
414         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 415         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 416             if(j==i) continue;
41a035 417             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 418             j2=tria[j]->vertex[1]; 
419             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 420             if((i1==j1 && i2==j3) || (i1==j3 && i2==j2) || (i1==j2 && i2==j1)){
SP 421                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
422                 nobo++;
423             }
424         }
425     }
426     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 427         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 428         i2=tria[i]->vertex[1]; 
429         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 430         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 431             if(j==i) continue;
41a035 432             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 433             j2=tria[j]->vertex[1]; 
434             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 435             if((i2==j1 && i3==j3) || (i2==j3 && i3==j2) || (i2==j2 && i3==j1)){
SP 436                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
437                 nobo++;
438             }
439         }
440     }
441     if(nobo != vesicle->blist->n*2) {
442             ts_fprintf(stderr,"Number of triangles= %u, number of bonds= %u\n",nobo/2, vesicle->blist->n);
443             fatal("Number of triangle neighbour pairs differs from double the number of bonds!",4);
444     }
445     return TS_SUCCESS;
446 }
447
448
449 ts_bool init_common_vertex_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
450     ts_uint i,j,jp,k;
451     ts_vertex *k1,*k2,*k3,*k4,*k5;
452     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
453     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
454     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
455
456     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 457         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 458             k1=vtx[i]->neigh[j-1];
7958e9 459             jp=j+1;
8f6a69 460             if(j == vtx[i]->neigh_no) jp=1;
SP 461             k2=vtx[i]->neigh[jp-1];
7958e9 462             for(k=1;k<=tlist->n;k++){        // VERY NON-OPTIMAL!!! too many loops (vlist.n * vtx.neigh * tlist.n )!
41a035 463                 k3=tria[k]->vertex[0];
SP 464                 k4=tria[k]->vertex[1];
465                 k5=tria[k]->vertex[2];
7958e9 466 //                ts_fprintf(stderr,"%u %u: k=(%u %u %u)\n",k1,k2,k3,k4,k5);
SP 467                 if((vtx[i]==k3 && k1==k4 && k2==k5) ||
468                 (vtx[i]==k4 && k1==k5 && k2==k3) ||
469                 (vtx[i]==k5 && k1==k3 && k2==k4)){
b01cc1 470
SP 471 //TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
472 //                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
dac2e5 473     //                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
7958e9 474                     vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
SP 475                 }
476             }
477         }
478 /*        ts_fprintf(stderr,"TRISTAR for %u (%u):",i-1,vtx[i].tristar_no);
479         for(j=0;j<vtx[i].tristar_no;j++){
480             ts_fprintf(stderr," %u,",vtx[i].tristar[j]->idx);
481         }
482         ts_fprintf(stderr,"\n"); */
483     }
484     return TS_SUCCESS;
485 }
486
487
488 ts_bool init_normal_vectors(ts_triangle_list *tlist){
489     /* Normals point INSIDE vesicle */
490     ts_uint k;
491     ts_triangle **tria=tlist->tria -1; //for 0 indexing
492     for(k=1;k<=tlist->n;k++){
493         triangle_normal_vector(tria[k]);    
494     }
495     return TS_SUCCESS;
496 }