Real spherical harmonics are programmed. Inefficiently, but for testing pur...

Samo Penic

2014-12-16 fda1ab6babed79842534b3a21a6ee96bc26f9d93

Real spherical harmonics are programmed. Inefficiently, but for testing purposes they works.

 aclocal.m4

@@ -1,8 +1,7 @@
# generated automatically by aclocal 1.11.3 -*- Autoconf -*-
# generated automatically by aclocal 1.14.1 -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.

# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.
@@ -12,13 +11,14 @@
# even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
# PARTICULAR PURPOSE.

m4_ifndef([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [m4_defun([_AM_CONFIG_MACRO_DIRS], [])m4_defun([AC_CONFIG_MACRO_DIRS], [_AM_CONFIG_MACRO_DIRS($@)])])
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.68],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.68.
m4_if(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]), [2.69],,
[m4_warning([this file was generated for autoconf 2.69.
You have another version of autoconf.  It may work, but is not guaranteed to.
If you have problems, you may need to regenerate the build system entirely.
To do so, use the procedure documented by the package, typically `autoreconf'.])])
To do so, use the procedure documented by the package, typically 'autoreconf'.])])

# pkg.m4 - Macros to locate and utilise pkg-config.            -*- Autoconf -*-
# serial 1 (pkg-config-0.24)
@@ -180,14 +180,11 @@
fi[]dnl
])# PKG_CHECK_MODULES

# Copyright (C) 2002, 2003, 2005, 2006, 2007, 2008, 2011 Free Software
# Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_AUTOMAKE_VERSION(VERSION)
# ----------------------------
@@ -195,10 +192,10 @@
# generated from the m4 files accompanying Automake X.Y.
# (This private macro should not be called outside this file.)
AC_DEFUN([AM_AUTOMAKE_VERSION],
[am__api_version='1.11'
[am__api_version='1.14'
dnl Some users find AM_AUTOMAKE_VERSION and mistake it for a way to
dnl require some minimum version.  Point them to the right macro.
m4_if([$1], [1.11.3], [],
m4_if([$1], [1.14.1], [],
      [AC_FATAL([Do not call $0, use AM_INIT_AUTOMAKE([$1]).])])dnl
])

@@ -214,24 +211,22 @@
# Call AM_AUTOMAKE_VERSION and AM_AUTOMAKE_VERSION so they can be traced.
# This function is AC_REQUIREd by AM_INIT_AUTOMAKE.
AC_DEFUN([AM_SET_CURRENT_AUTOMAKE_VERSION],
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.11.3])dnl
[AM_AUTOMAKE_VERSION([1.14.1])dnl
m4_ifndef([AC_AUTOCONF_VERSION],
  [m4_copy([m4_PACKAGE_VERSION], [AC_AUTOCONF_VERSION])])dnl
_AM_AUTOCONF_VERSION(m4_defn([AC_AUTOCONF_VERSION]))])

# AM_AUX_DIR_EXPAND                                         -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# For projects using AC_CONFIG_AUX_DIR([foo]), Autoconf sets
# $ac_aux_dir to `$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
# `$srcdir', `$srcdir/..', or `$srcdir/../..'.
# $ac_aux_dir to '$srcdir/foo'.  In other projects, it is set to
# '$srcdir', '$srcdir/..', or '$srcdir/../..'.
#
# Of course, Automake must honor this variable whenever it calls a
# tool from the auxiliary directory.  The problem is that $srcdir (and
@@ -250,7 +245,7 @@
#
# The reason of the latter failure is that $top_srcdir and $ac_aux_dir
# are both prefixed by $srcdir.  In an in-source build this is usually
# harmless because $srcdir is `.', but things will broke when you
# harmless because $srcdir is '.', but things will broke when you
# start a VPATH build or use an absolute $srcdir.
#
# So we could use something similar to $top_srcdir/$ac_aux_dir/missing,
@@ -276,21 +271,18 @@

# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1997, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2006, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 9

# AM_CONDITIONAL(NAME, SHELL-CONDITION)
# -------------------------------------
# Define a conditional.
AC_DEFUN([AM_CONDITIONAL],
[AC_PREREQ(2.52)dnl
 ifelse([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
[AC_PREREQ([2.52])dnl
 m4_if([$1], [TRUE],  [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])],
    [$1], [FALSE], [AC_FATAL([$0: invalid condition: $1])])dnl
AC_SUBST([$1_TRUE])dnl
AC_SUBST([$1_FALSE])dnl
@@ -310,16 +302,14 @@
Usually this means the macro was only invoked conditionally.]])
fi])])

# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2009,
# 2010, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 12

# There are a few dirty hacks below to avoid letting `AC_PROG_CC' be
# There are a few dirty hacks below to avoid letting 'AC_PROG_CC' be
# written in clear, in which case automake, when reading aclocal.m4,
# will think it sees a *use*, and therefore will trigger all it's
# C support machinery.  Also note that it means that autoscan, seeing
@@ -329,7 +319,7 @@
# _AM_DEPENDENCIES(NAME)
# ----------------------
# See how the compiler implements dependency checking.
# NAME is "CC", "CXX", "GCJ", or "OBJC".
# NAME is "CC", "CXX", "OBJC", "OBJCXX", "UPC", or "GJC".
# We try a few techniques and use that to set a single cache variable.
#
# We don't AC_REQUIRE the corresponding AC_PROG_CC since the latter was
@@ -342,11 +332,12 @@
AC_REQUIRE([AM_MAKE_INCLUDE])dnl
AC_REQUIRE([AM_DEP_TRACK])dnl

ifelse([$1], CC,   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
       [$1], CXX,  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
       [$1], OBJC, [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
       [$1], UPC,  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
       [$1], GCJ,  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
m4_if([$1], [CC],   [depcc="$CC"   am_compiler_list=],
      [$1], [CXX],  [depcc="$CXX"  am_compiler_list=],
      [$1], [OBJC], [depcc="$OBJC" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
      [$1], [OBJCXX], [depcc="$OBJCXX" am_compiler_list='gcc3 gcc'],
      [$1], [UPC],  [depcc="$UPC"  am_compiler_list=],
      [$1], [GCJ],  [depcc="$GCJ"  am_compiler_list='gcc3 gcc'],
                   [depcc="$$1"   am_compiler_list=])

AC_CACHE_CHECK([dependency style of $depcc],
@@ -355,8 +346,8 @@
  # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
  # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
  # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
  # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
  # in D'.
  # making a dummy file named 'D' -- because '-MD' means "put the output
  # in D".
  rm -rf conftest.dir
  mkdir conftest.dir
  # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
@@ -396,16 +387,16 @@
    : > sub/conftest.c
    for i in 1 2 3 4 5 6; do
      echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
      # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
      # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
      touch sub/conftst$i.h
      # Using ": > sub/conftst$i.h" creates only sub/conftst1.h with
      # Solaris 10 /bin/sh.
      echo '/* dummy */' > sub/conftst$i.h
    done
    echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf

    # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
    # We check with '-c' and '-o' for the sake of the "dashmstdout"
    # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
    # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
    # versions had trouble with output in subdirs
    # handle '-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
    # versions had trouble with output in subdirs.
    am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
    am__minus_obj="-o $am__obj"
    case $depmode in
@@ -414,8 +405,8 @@
      test "$am__universal" = false || continue
      ;;
    nosideeffect)
      # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
      # only be used when explicitly requested
      # After this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
      # only be used when explicitly requested.
      if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
    continue
      else
@@ -423,7 +414,7 @@
      fi
      ;;
    msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
      # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
      # This compiler won't grok '-c -o', but also, the minuso test has
      # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
      # so weak that their functioning should not be impacted.
      am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
@@ -471,7 +462,7 @@
# AM_SET_DEPDIR
# -------------
# Choose a directory name for dependency files.
# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES
# This macro is AC_REQUIREd in _AM_DEPENDENCIES.
AC_DEFUN([AM_SET_DEPDIR],
[AC_REQUIRE([AM_SET_LEADING_DOT])dnl
AC_SUBST([DEPDIR], ["${am__leading_dot}deps"])dnl
@@ -481,9 +472,13 @@
# AM_DEP_TRACK
# ------------
AC_DEFUN([AM_DEP_TRACK],
[AC_ARG_ENABLE(dependency-tracking,
[  --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
  --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors])
[AC_ARG_ENABLE([dependency-tracking], [dnl
AS_HELP_STRING(
  [--enable-dependency-tracking],
  [do not reject slow dependency extractors])
AS_HELP_STRING(
  [--disable-dependency-tracking],
  [speeds up one-time build])])
if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
  am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
  AMDEPBACKSLASH='\'
@@ -498,20 +493,18 @@

# Generate code to set up dependency tracking.              -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

#serial 5

# _AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS
# ------------------------------
AC_DEFUN([_AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
[{
  # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
  # Older Autoconf quotes --file arguments for eval, but not when files
  # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
  # if we detect the quoting.
  case $CONFIG_FILES in
@@ -524,7 +517,7 @@
    # Strip MF so we end up with the name of the file.
    mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
    # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
    # We used to match only the files named `Makefile.in', but
    # We used to match only the files named 'Makefile.in', but
    # some people rename them; so instead we look at the file content.
    # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
    # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
@@ -536,21 +529,19 @@
      continue
    fi
    # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
    # from the Makefile without running `make'.
    # from the Makefile without running 'make'.
    DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
    test -z "$DEPDIR" && continue
    am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
    test -z "am__include" && continue
    test -z "$am__include" && continue
    am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
    # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
    U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
    # Find all dependency output files, they are included files with
    # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
    # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
    # expansion.
    for file in `sed -n "
      s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
     sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
     sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g'`; do
      # Make sure the directory exists.
      test -f "$dirpart/$file" && continue
      fdir=`AS_DIRNAME(["$file"])`
@@ -568,7 +559,7 @@
# This macro should only be invoked once -- use via AC_REQUIRE.
#
# This code is only required when automatic dependency tracking
# is enabled.  FIXME.  This creates each `.P' file that we will
# is enabled.  FIXME.  This creates each '.P' file that we will
# need in order to bootstrap the dependency handling code.
AC_DEFUN([AM_OUTPUT_DEPENDENCY_COMMANDS],
[AC_CONFIG_COMMANDS([depfiles],
@@ -578,17 +569,20 @@

# Do all the work for Automake.                             -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004,
# 2005, 2006, 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 16

# This macro actually does too much.  Some checks are only needed if
# your package does certain things.  But this isn't really a big deal.

dnl Redefine AC_PROG_CC to automatically invoke _AM_PROG_CC_C_O.
m4_define([AC_PROG_CC],
m4_defn([AC_PROG_CC])
[_AM_PROG_CC_C_O
])

# AM_INIT_AUTOMAKE(PACKAGE, VERSION, [NO-DEFINE])
# AM_INIT_AUTOMAKE([OPTIONS])
@@ -602,7 +596,7 @@
# arguments mandatory, and then we can depend on a new Autoconf
# release and drop the old call support.
AC_DEFUN([AM_INIT_AUTOMAKE],
[AC_PREREQ([2.62])dnl
[AC_PREREQ([2.65])dnl
dnl Autoconf wants to disallow AM_ names.  We explicitly allow
dnl the ones we care about.
m4_pattern_allow([^AM_[A-Z]+FLAGS$])dnl
@@ -631,31 +625,40 @@
# Define the identity of the package.
dnl Distinguish between old-style and new-style calls.
m4_ifval([$2],
[m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
[AC_DIAGNOSE([obsolete],
             [$0: two- and three-arguments forms are deprecated.])
m4_ifval([$3], [_AM_SET_OPTION([no-define])])dnl
 AC_SUBST([PACKAGE], [$1])dnl
 AC_SUBST([VERSION], [$2])],
[_AM_SET_OPTIONS([$1])dnl
dnl Diagnose old-style AC_INIT with new-style AM_AUTOMAKE_INIT.
m4_if(m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], 1)m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], 1), 11,,
m4_if(
  m4_ifdef([AC_PACKAGE_NAME], [ok]):m4_ifdef([AC_PACKAGE_VERSION], [ok]),
  [ok:ok],,
  [m4_fatal([AC_INIT should be called with package and version arguments])])dnl
 AC_SUBST([PACKAGE], ['AC_PACKAGE_TARNAME'])dnl
 AC_SUBST([VERSION], ['AC_PACKAGE_VERSION'])])dnl

_AM_IF_OPTION([no-define],,
[AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE, "$PACKAGE", [Name of package])
 AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION, "$VERSION", [Version number of package])])dnl
[AC_DEFINE_UNQUOTED([PACKAGE], ["$PACKAGE"], [Name of package])
 AC_DEFINE_UNQUOTED([VERSION], ["$VERSION"], [Version number of package])])dnl

# Some tools Automake needs.
AC_REQUIRE([AM_SANITY_CHECK])dnl
AC_REQUIRE([AC_ARG_PROGRAM])dnl
AM_MISSING_PROG(ACLOCAL, aclocal-${am__api_version})
AM_MISSING_PROG(AUTOCONF, autoconf)
AM_MISSING_PROG(AUTOMAKE, automake-${am__api_version})
AM_MISSING_PROG(AUTOHEADER, autoheader)
AM_MISSING_PROG(MAKEINFO, makeinfo)
AM_MISSING_PROG([ACLOCAL], [aclocal-${am__api_version}])
AM_MISSING_PROG([AUTOCONF], [autoconf])
AM_MISSING_PROG([AUTOMAKE], [automake-${am__api_version}])
AM_MISSING_PROG([AUTOHEADER], [autoheader])
AM_MISSING_PROG([MAKEINFO], [makeinfo])
AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_STRIP])dnl
AC_REQUIRE([AM_PROG_MKDIR_P])dnl
AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
# For better backward compatibility.  To be removed once Automake 1.9.x
# dies out for good.  For more background, see:
# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00001.html>
# <http://lists.gnu.org/archive/html/automake/2012-07/msg00014.html>
AC_SUBST([mkdir_p], ['$(MKDIR_P)'])
# We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
# some platforms.
AC_REQUIRE([AC_PROG_AWK])dnl
@@ -666,33 +669,77 @@
                 [_AM_PROG_TAR([v7])])])
_AM_IF_OPTION([no-dependencies],,
[AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CC],
          [_AM_DEPENDENCIES(CC)],
          [define([AC_PROG_CC],
              defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES(CC)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([CC])],
          [m4_define([AC_PROG_CC],
                 m4_defn([AC_PROG_CC])[_AM_DEPENDENCIES([CC])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_CXX],
          [_AM_DEPENDENCIES(CXX)],
          [define([AC_PROG_CXX],
              defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES(CXX)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([CXX])],
          [m4_define([AC_PROG_CXX],
                 m4_defn([AC_PROG_CXX])[_AM_DEPENDENCIES([CXX])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJC],
          [_AM_DEPENDENCIES(OBJC)],
          [define([AC_PROG_OBJC],
              defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES(OBJC)])])dnl
          [_AM_DEPENDENCIES([OBJC])],
          [m4_define([AC_PROG_OBJC],
                 m4_defn([AC_PROG_OBJC])[_AM_DEPENDENCIES([OBJC])])])dnl
AC_PROVIDE_IFELSE([AC_PROG_OBJCXX],
          [_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])],
          [m4_define([AC_PROG_OBJCXX],
                 m4_defn([AC_PROG_OBJCXX])[_AM_DEPENDENCIES([OBJCXX])])])dnl
])
_AM_IF_OPTION([silent-rules], [AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])])dnl
dnl The `parallel-tests' driver may need to know about EXEEXT, so add the
dnl `am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen.  This macro
dnl is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
AC_REQUIRE([AM_SILENT_RULES])dnl
dnl The testsuite driver may need to know about EXEEXT, so add the
dnl 'am__EXEEXT' conditional if _AM_COMPILER_EXEEXT was seen.  This
dnl macro is hooked onto _AC_COMPILER_EXEEXT early, see below.
AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(dnl
[m4_provide_if([_AM_COMPILER_EXEEXT],
  [AM_CONDITIONAL([am__EXEEXT], [test -n "$EXEEXT"])])])dnl
])

dnl Hook into `_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
# POSIX will say in a future version that running "rm -f" with no argument
# is OK; and we want to be able to make that assumption in our Makefile
# recipes.  So use an aggressive probe to check that the usage we want is
# actually supported "in the wild" to an acceptable degree.
# See automake bug#10828.
# To make any issue more visible, cause the running configure to be aborted
# by default if the 'rm' program in use doesn't match our expectations; the
# user can still override this though.
if rm -f && rm -fr && rm -rf; then : OK; else
  cat >&2 <<'END'
Oops!

Your 'rm' program seems unable to run without file operands specified
on the command line, even when the '-f' option is present.  This is contrary
to the behaviour of most rm programs out there, and not conforming with
the upcoming POSIX standard: <http://austingroupbugs.net/view.php?id=542>

Please tell bug-automake@gnu.org about your system, including the value
of your $PATH and any error possibly output before this message.  This
can help us improve future automake versions.

END
  if test x"$ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM" = x"yes"; then
    echo 'Configuration will proceed anyway, since you have set the' >&2
    echo 'ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM variable to "yes"' >&2
    echo >&2
  else
    cat >&2 <<'END'
Aborting the configuration process, to ensure you take notice of the issue.

You can download and install GNU coreutils to get an 'rm' implementation
that behaves properly: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>.

If you want to complete the configuration process using your problematic
'rm' anyway, export the environment variable ACCEPT_INFERIOR_RM_PROGRAM
to "yes", and re-run configure.

END
    AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
  fi
fi])

dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further
dnl mangled by Autoconf and run in a shell conditional statement.
m4_define([_AC_COMPILER_EXEEXT],
m4_defn([_AC_COMPILER_EXEEXT])[m4_provide([_AM_COMPILER_EXEEXT])])


# When config.status generates a header, we must update the stamp-h file.
# This file resides in the same directory as the config header
@@ -715,14 +762,11 @@
done
echo "timestamp for $_am_arg" >`AS_DIRNAME(["$_am_arg"])`/stamp-h[]$_am_stamp_count])

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2008, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_PROG_INSTALL_SH
# ------------------
@@ -737,15 +781,13 @@
    install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
  esac
fi
AC_SUBST(install_sh)])
AC_SUBST([install_sh])])

# Copyright (C) 2003, 2005  Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2003-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 2

# Check whether the underlying file-system supports filenames
# with a leading dot.  For instance MS-DOS doesn't.
@@ -762,13 +804,11 @@

# Check to see how 'make' treats includes.                -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005, 2009  Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 4

# AM_MAKE_INCLUDE()
# -----------------
@@ -787,7 +827,7 @@
_am_result=none
# First try GNU make style include.
echo "include confinc" > confmf
# Ignore all kinds of additional output from `make'.
# Ignore all kinds of additional output from 'make'.
case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
*the\ am__doit\ target*)
  am__include=include
@@ -814,14 +854,11 @@

# Fake the existence of programs that GNU maintainers use.  -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2004, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1997-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 6

# AM_MISSING_PROG(NAME, PROGRAM)
# ------------------------------
@@ -830,11 +867,10 @@
$1=${$1-"${am_missing_run}$2"}
AC_SUBST($1)])


# AM_MISSING_HAS_RUN
# ------------------
# Define MISSING if not defined so far and test if it supports --run.
# If it does, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
# Define MISSING if not defined so far and test if it is modern enough.
# If it is, set am_missing_run to use it, otherwise, to nothing.
AC_DEFUN([AM_MISSING_HAS_RUN],
[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
AC_REQUIRE_AUX_FILE([missing])dnl
@@ -847,53 +883,21 @@
  esac
fi
# Use eval to expand $SHELL
if eval "$MISSING --run true"; then
  am_missing_run="$MISSING --run "
if eval "$MISSING --is-lightweight"; then
  am_missing_run="$MISSING "
else
  am_missing_run=
  AC_MSG_WARN([`missing' script is too old or missing])
  AC_MSG_WARN(['missing' script is too old or missing])
fi
])

# Copyright (C) 2003, 2004, 2005, 2006, 2011 Free Software Foundation,
# Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1

# AM_PROG_MKDIR_P
# ---------------
# Check for `mkdir -p'.
AC_DEFUN([AM_PROG_MKDIR_P],
[AC_PREREQ([2.60])dnl
AC_REQUIRE([AC_PROG_MKDIR_P])dnl
dnl Automake 1.8 to 1.9.6 used to define mkdir_p.  We now use MKDIR_P,
dnl while keeping a definition of mkdir_p for backward compatibility.
dnl @MKDIR_P@ is magic: AC_OUTPUT adjusts its value for each Makefile.
dnl However we cannot define mkdir_p as $(MKDIR_P) for the sake of
dnl Makefile.ins that do not define MKDIR_P, so we do our own
dnl adjustment using top_builddir (which is defined more often than
dnl MKDIR_P).
AC_SUBST([mkdir_p], ["$MKDIR_P"])dnl
case $mkdir_p in
  [[\\/$]]* | ?:[[\\/]]*) ;;
  */*) mkdir_p="\$(top_builddir)/$mkdir_p" ;;
esac
])

# Helper functions for option handling.                     -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2001, 2002, 2003, 2005, 2008, 2010 Free Software
# Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 5

# _AM_MANGLE_OPTION(NAME)
# -----------------------
@@ -904,7 +908,7 @@
# --------------------
# Set option NAME.  Presently that only means defining a flag for this option.
AC_DEFUN([_AM_SET_OPTION],
[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), 1)])
[m4_define(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [1])])

# _AM_SET_OPTIONS(OPTIONS)
# ------------------------
@@ -918,24 +922,82 @@
AC_DEFUN([_AM_IF_OPTION],
[m4_ifset(_AM_MANGLE_OPTION([$1]), [$2], [$3])])

# Check to make sure that the build environment is sane.    -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996, 1997, 2000, 2001, 2003, 2005, 2008
# Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 5
# _AM_PROG_CC_C_O
# ---------------
# Like AC_PROG_CC_C_O, but changed for automake.  We rewrite AC_PROG_CC
# to automatically call this.
AC_DEFUN([_AM_PROG_CC_C_O],
[AC_REQUIRE([AM_AUX_DIR_EXPAND])dnl
AC_REQUIRE_AUX_FILE([compile])dnl
AC_LANG_PUSH([C])dnl
AC_CACHE_CHECK(
  [whether $CC understands -c and -o together],
  [am_cv_prog_cc_c_o],
  [AC_LANG_CONFTEST([AC_LANG_PROGRAM([])])
  # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
  # Following AC_PROG_CC_C_O, we do the test twice because some
  # compilers refuse to overwrite an existing .o file with -o,
  # though they will create one.
  am_cv_prog_cc_c_o=yes
  for am_i in 1 2; do
    if AM_RUN_LOG([$CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext]) \
         && test -f conftest2.$ac_objext; then
      : OK
    else
      am_cv_prog_cc_c_o=no
      break
    fi
  done
  rm -f core conftest*
  unset am_i])
if test "$am_cv_prog_cc_c_o" != yes; then
   # Losing compiler, so override with the script.
   # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
   # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
   # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
   # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
   CC="$am_aux_dir/compile $CC"
fi
AC_LANG_POP([C])])

# For backward compatibility.
AC_DEFUN_ONCE([AM_PROG_CC_C_O], [AC_REQUIRE([AC_PROG_CC])])

# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# AM_RUN_LOG(COMMAND)
# -------------------
# Run COMMAND, save the exit status in ac_status, and log it.
# (This has been adapted from Autoconf's _AC_RUN_LOG macro.)
AC_DEFUN([AM_RUN_LOG],
[{ echo "$as_me:$LINENO: $1" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
   ($1) >&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD
   ac_status=$?
   echo "$as_me:$LINENO: \$? = $ac_status" >&AS_MESSAGE_LOG_FD
   (exit $ac_status); }])

# Check to make sure that the build environment is sane.    -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# AM_SANITY_CHECK
# ---------------
AC_DEFUN([AM_SANITY_CHECK],
[AC_MSG_CHECKING([whether build environment is sane])
# Just in case
sleep 1
echo timestamp > conftest.file
# Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
# name.  Accept space and tab only in the latter.
am_lf='
@@ -946,21 +1008,23 @@
esac
case $srcdir in
  *[[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \    ]]*)
    AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: `$srcdir']);;
    AC_MSG_ERROR([unsafe srcdir value: '$srcdir']);;
esac

# Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
# Do 'set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
# arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
# symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
# (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
# directory).
if (
   am_has_slept=no
   for am_try in 1 2; do
     echo "timestamp, slept: $am_has_slept" > conftest.file
   set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
   if test "$[*]" = "X"; then
      # -L didn't work.
      set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
   fi
   rm -f conftest.file
   if test "$[*]" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
      && test "$[*]" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then

@@ -971,7 +1035,13 @@
      AC_MSG_ERROR([ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
alias in your environment])
   fi

     if test "$[2]" = conftest.file || test $am_try -eq 2; then
       break
     fi
     # Just in case.
     sleep 1
     am_has_slept=yes
   done
   test "$[2]" = conftest.file
   )
then
@@ -981,45 +1051,117 @@
   AC_MSG_ERROR([newly created file is older than distributed files!
Check your system clock])
fi
AC_MSG_RESULT(yes)])
AC_MSG_RESULT([yes])
# If we didn't sleep, we still need to ensure time stamps of config.status and
# generated files are strictly newer.
am_sleep_pid=
if grep 'slept: no' conftest.file >/dev/null 2>&1; then
  ( sleep 1 ) &
  am_sleep_pid=$!
fi
AC_CONFIG_COMMANDS_PRE(
  [AC_MSG_CHECKING([that generated files are newer than configure])
   if test -n "$am_sleep_pid"; then
     # Hide warnings about reused PIDs.
     wait $am_sleep_pid 2>/dev/null
   fi
   AC_MSG_RESULT([done])])
rm -f conftest.file
])

# Copyright (C) 2001, 2003, 2005, 2011 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2009-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 1
# AM_SILENT_RULES([DEFAULT])
# --------------------------
# Enable less verbose build rules; with the default set to DEFAULT
# ("yes" being less verbose, "no" or empty being verbose).
AC_DEFUN([AM_SILENT_RULES],
[AC_ARG_ENABLE([silent-rules], [dnl
AS_HELP_STRING(
  [--enable-silent-rules],
  [less verbose build output (undo: "make V=1")])
AS_HELP_STRING(
  [--disable-silent-rules],
  [verbose build output (undo: "make V=0")])dnl
])
case $enable_silent_rules in @%:@ (((
  yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
   no) AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
    *) AM_DEFAULT_VERBOSITY=m4_if([$1], [yes], [0], [1]);;
esac
dnl
dnl A few 'make' implementations (e.g., NonStop OS and NextStep)
dnl do not support nested variable expansions.
dnl See automake bug#9928 and bug#10237.
am_make=${MAKE-make}
AC_CACHE_CHECK([whether $am_make supports nested variables],
   [am_cv_make_support_nested_variables],
   [if AS_ECHO([['TRUE=$(BAR$(V))
BAR0=false
BAR1=true
V=1
am__doit:
    @$(TRUE)
.PHONY: am__doit']]) | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
  am_cv_make_support_nested_variables=yes
else
  am_cv_make_support_nested_variables=no
fi])
if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
  dnl Using '$V' instead of '$(V)' breaks IRIX make.
  AM_V='$(V)'
  AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
else
  AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
  AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
fi
AC_SUBST([AM_V])dnl
AM_SUBST_NOTMAKE([AM_V])dnl
AC_SUBST([AM_DEFAULT_V])dnl
AM_SUBST_NOTMAKE([AM_DEFAULT_V])dnl
AC_SUBST([AM_DEFAULT_VERBOSITY])dnl
AM_BACKSLASH='\'
AC_SUBST([AM_BACKSLASH])dnl
_AM_SUBST_NOTMAKE([AM_BACKSLASH])dnl
])

# Copyright (C) 2001-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# AM_PROG_INSTALL_STRIP
# ---------------------
# One issue with vendor `install' (even GNU) is that you can't
# One issue with vendor 'install' (even GNU) is that you can't
# specify the program used to strip binaries.  This is especially
# annoying in cross-compiling environments, where the build's strip
# is unlikely to handle the host's binaries.
# Fortunately install-sh will honor a STRIPPROG variable, so we
# always use install-sh in `make install-strip', and initialize
# always use install-sh in "make install-strip", and initialize
# STRIPPROG with the value of the STRIP variable (set by the user).
AC_DEFUN([AM_PROG_INSTALL_STRIP],
[AC_REQUIRE([AM_PROG_INSTALL_SH])dnl
# Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
# run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
# Installed binaries are usually stripped using 'strip' when the user
# run "make install-strip".  However 'strip' might not be the right
# tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
# will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be `maybe'.
# will honor the 'STRIP' environment variable to overrule this program.
dnl Don't test for $cross_compiling = yes, because it might be 'maybe'.
if test "$cross_compiling" != no; then
  AC_CHECK_TOOL([STRIP], [strip], :)
fi
INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
AC_SUBST([INSTALL_STRIP_PROGRAM])])

# Copyright (C) 2006, 2008, 2010 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2006-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 3

# _AM_SUBST_NOTMAKE(VARIABLE)
# ---------------------------
@@ -1034,18 +1176,16 @@

# Check how to create a tarball.                            -*- Autoconf -*-

# Copyright (C) 2004, 2005, 2012 Free Software Foundation, Inc.
# Copyright (C) 2004-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
# gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
# with or without modifications, as long as this notice is preserved.

# serial 2

# _AM_PROG_TAR(FORMAT)
# --------------------
# Check how to create a tarball in format FORMAT.
# FORMAT should be one of `v7', `ustar', or `pax'.
# FORMAT should be one of 'v7', 'ustar', or 'pax'.
#
# Substitute a variable $(am__tar) that is a command
# writing to stdout a FORMAT-tarball containing the directory
@@ -1055,26 +1195,62 @@
# Substitute a variable $(am__untar) that extract such
# a tarball read from stdin.
#     $(am__untar) < result.tar
#
AC_DEFUN([_AM_PROG_TAR],
[# Always define AMTAR for backward compatibility.  Yes, it's still used
# in the wild :-(  We should find a proper way to deprecate it ...
AC_SUBST([AMTAR], ['$${TAR-tar}'])

# We'll loop over all known methods to create a tar archive until one works.
_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'

m4_if([$1], [v7],
     [am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'],
     [m4_case([$1], [ustar],, [pax],,

  [m4_case([$1],
    [ustar],
     [# The POSIX 1988 'ustar' format is defined with fixed-size fields.
      # There is notably a 21 bits limit for the UID and the GID.  In fact,
      # the 'pax' utility can hang on bigger UID/GID (see automake bug#8343
      # and bug#13588).
      am_max_uid=2097151 # 2^21 - 1
      am_max_gid=$am_max_uid
      # The $UID and $GID variables are not portable, so we need to resort
      # to the POSIX-mandated id(1) utility.  Errors in the 'id' calls
      # below are definitely unexpected, so allow the users to see them
      # (that is, avoid stderr redirection).
      am_uid=`id -u || echo unknown`
      am_gid=`id -g || echo unknown`
      AC_MSG_CHECKING([whether UID '$am_uid' is supported by ustar format])
      if test $am_uid -le $am_max_uid; then
         AC_MSG_RESULT([yes])
      else
         AC_MSG_RESULT([no])
         _am_tools=none
      fi
      AC_MSG_CHECKING([whether GID '$am_gid' is supported by ustar format])
      if test $am_gid -le $am_max_gid; then
         AC_MSG_RESULT([yes])
      else
        AC_MSG_RESULT([no])
        _am_tools=none
      fi],

  [pax],
    [],

              [m4_fatal([Unknown tar format])])

AC_MSG_CHECKING([how to create a $1 tar archive])
# Loop over all known methods to create a tar archive until one works.
_am_tools='gnutar m4_if([$1], [ustar], [plaintar]) pax cpio none'

  # Go ahead even if we have the value already cached.  We do so because we
  # need to set the values for the 'am__tar' and 'am__untar' variables.
_am_tools=${am_cv_prog_tar_$1-$_am_tools}
# Do not fold the above two line into one, because Tru64 sh and
# Solaris sh will not grok spaces in the rhs of `-'.
for _am_tool in $_am_tools
do

  for _am_tool in $_am_tools; do
  case $_am_tool in
  gnutar)
    for _am_tar in tar gnutar gtar;
    do
      for _am_tar in tar gnutar gtar; do
      AM_RUN_LOG([$_am_tar --version]) && break
    done
    am__tar="$_am_tar --format=m4_if([$1], [pax], [posix], [$1]) -chf - "'"$$tardir"'
@@ -1110,7 +1286,7 @@
  # and am__untar set.
  test -n "${am_cv_prog_tar_$1}" && break

  # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works
    # tar/untar a dummy directory, and stop if the command works.
  rm -rf conftest.dir
  mkdir conftest.dir
  echo GrepMe > conftest.dir/file
@@ -1118,6 +1294,7 @@
  rm -rf conftest.dir
  if test -s conftest.tar; then
    AM_RUN_LOG([$am__untar <conftest.tar])
      AM_RUN_LOG([cat conftest.dir/file])
    grep GrepMe conftest.dir/file >/dev/null 2>&1 && break
  fi
done
@@ -1125,6 +1302,7 @@

AC_CACHE_VAL([am_cv_prog_tar_$1], [am_cv_prog_tar_$1=$_am_tool])
AC_MSG_RESULT([$am_cv_prog_tar_$1])])

AC_SUBST([am__tar])
AC_SUBST([am__untar])
]) # _AM_PROG_TAR

 src/Makefile.am

@@ -1,5 +1,5 @@
bin_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c shreal.c constvol.c
AM_CFLAGS = -Wall -Werror
AM_CPPFLAGS = ${libxml2_CFLAGS}
trisurf_LDADD = ${libcurl_LIBS} ${libxml2_LIBS}

 src/dumpstate.c

@@ -8,7 +8,9 @@
#include <libxml/tree.h>
#include "vertex.h"
#include "energy.h"

#include "sh.h"
#include "cell.h"
#include "frame.h"
ts_vesicle *vtk2vesicle(char *filename, ts_tape *tape){

    ts_uint nshell=tape->nshell;
@@ -21,6 +23,25 @@
    ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);
    vesicle->nshell=nshell;
    parse_vtk(filename, vesicle);

    //we have vertices and neighbour relations all set, but unordered. Let's do bonds, ordering, triangles...
    vesicle->vlist = vtk_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
    init_triangles(vesicle);
    init_triangle_neighbours(vesicle);
    init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
    init_normal_vectors(vesicle->tlist);
    mean_curvature_and_energy(vesicle);


   //preliminaries for spherical harmonics... 
    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    vesicle_volume(vesicle); //needed for constant volume at this moment
    vesicle_area(vesicle); //needed for constant area at this moment
    ts_double v0=vesicle->volume; 
    ts_double a0=vesicle->area;
    ts_double r0=getR0(vesicle);
    if(r0&&v0&&a0); 
    exit(1);
    return vesicle;
}
@@ -57,13 +78,6 @@
            break; //segfaults, because it finds another cells. Why?
    }    
    }
    //we have vertices and neighbour relations all set, but unordered. Let's do bonds, ordering, triangles...
    vesicle->vlist = vtk_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
    init_triangles(vesicle);
    init_triangle_neighbours(vesicle);
    init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
    init_normal_vectors(vesicle->tlist);
    mean_curvature_and_energy(vesicle);
    ts_fprintf(stdout,"restoring from vtk dump finished!\n");
    return TS_SUCCESS;
}

 src/general.h

@@ -223,8 +223,11 @@
typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    ts_double **ulmReal;
    gsl_complex **ulmComplex;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_double **sumUlm2Old;
    ts_double **sumUlm2Real;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;

 src/sh.c

@@ -5,7 +5,7 @@
#include "io.h"
#include <string.h>


/* do not use!!! */
ts_spharm *sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l){
    ts_uint j,i;
    ts_spharm *sph=(ts_spharm *)malloc(sizeof(ts_spharm));
@@ -392,7 +392,7 @@
for(i=0;i<sph->l;i++){
    for(j=0;j<2*i+1;j++){
    /* DEBUG fprintf(stderr,"sph->sumUlm2[%d][%d]=%e\n",i,j,sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j]); */
        sph->sumUlm2[i][j]+=sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j];
        sph->sumUlm2Old[i][j]+=sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j];
    }
}
    sph->N++;
@@ -405,7 +405,7 @@
    FILE *fh;
    char filename[10000];
    strcpy(filename, command_line_args.path);
    strcat(filename, "sph2out.dat");
    strcat(filename, "sph2outOld.dat");
    fh=fopen(filename, "w");
    if(fh==NULL){
        err("Cannot open file %s for writing");
@@ -417,7 +417,7 @@
    fprintf(fh,"l,\tm,\tulm^2avg\n");
    for(i=0;i<sph->l;i++){
            for(j=0;j<2*i+1;j++){
        fprintf(fh,"%d,\t%d,\t%e\n", i, j-i, sph->sumUlm2[i][j]/(ts_double)sph->N);
        fprintf(fh,"%d,\t%d,\t%e\n", i, j-i, sph->sumUlm2Old[i][j]/(ts_double)sph->N);

            }
    fprintf(fh,"\n");

 src/shcomplex.c

@@ -9,8 +9,10 @@
#include<gsl/gsl_linalg.h>
#include "general.h"
#include "sh.h"
#include "shreal.h"
#include "shcomplex.h"

#include "string.h"
#include "io.h"

ts_spharm *complex_sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l){
    ts_uint j,i;
@@ -51,13 +53,14 @@

    /* Calculate coefficients that will remain constant during all the simulation */ 
   precomputeShCoeff(sph);
    
   shreal_init(sph,l); //this is for TESTING only! 
    return sph;
}

ts_bool complex_sph_free(ts_spharm *sph){
    int i,j;
    if(sph==NULL) return TS_FAIL;
    shreal_free(sph); //this is for TESTING only!
    for(i=0;i<sph->l;i++){
        if(sph->ulm[i]!=NULL) free(sph->ulm[i]);
        if(sph->ulmComplex[i]!=NULL) free(sph->ulmComplex[i]);
@@ -170,3 +173,30 @@
    
    return retval;
}


ts_bool saveAvgUlm2Complex(ts_vesicle *vesicle){

    FILE *fh;
    char filename[10000];
    strcpy(filename, command_line_args.path);
    strcat(filename, "sph2out.dat");
    fh=fopen(filename, "w");
    if(fh==NULL){
        err("Cannot open file %s for writing");
        return TS_FAIL;
    }

    ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
    ts_int i,j;
    fprintf(fh,"l,\tm,\tulm^2avg\n");
    for(i=0;i<sph->l;i++){
            for(j=0;j<2*i+1;j++){
        fprintf(fh,"%d,\t%d,\t%e\n", i, j-i, sph->sumUlm2[i][j]/(ts_double)sph->N);

            }
    fprintf(fh,"\n");
    }
    fclose(fh);
    return TS_SUCCESS;
}

 src/shcomplex.h

@@ -1,9 +1,11 @@
#ifndef _H_SH_COMPLEX
#define _H_SH_COMPLEX
#include "general.h"

ts_bool storeUlmComplex2(ts_vesicle *vesicle);
ts_spharm *complex_sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l);
ts_bool complex_sph_free(ts_spharm *sph);
ts_bool calculateUlmComplex(ts_vesicle *vesicle);
ts_double calculateKc(ts_vesicle *vesicle, ts_int lmin, ts_int lmax);
ts_bool saveAvgUlm2Complex(ts_vesicle *vesicle);
#endif

 src/shreal.c

New file
@@ -0,0 +1,137 @@
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<math.h>
#include "general.h"
#include "sh.h"
#include "shreal.h"
#include "shcomplex.h"
#include "string.h"
#include "io.h"
#include<gsl/gsl_sf_legendre.h>

/* here we just initialize missing memory space and pointers that are not in complex sh initialization and are used to calculate real spherical harmonics */
ts_bool shreal_init(ts_spharm *sph, ts_uint l){
    ts_uint j;
  sph->ulmReal=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->ulmReal[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }

  sph->sumUlm2Real=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->sumUlm2Real[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }


  sph->sumUlm2Old=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->sumUlm2Old[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }
    return TS_SUCCESS;
}

/* frees memory initialized in function above */
ts_bool shreal_free(ts_spharm *sph){
    ts_uint i;
    for(i=0;i<sph->l;i++){
        if(sph->ulmReal[i]!=NULL) free(sph->ulmReal[i]);
        if(sph->sumUlm2Real[i]!=NULL) free(sph->sumUlm2Real[i]);
        if(sph->sumUlm2Old[i]!=NULL) free(sph->sumUlm2Old[i]);
    }
    return TS_SUCCESS;
}

ts_double factorial(ts_int n){
    ts_int i;
    ts_double fac=0.0;
    if(n<0) fatal("Error calculation factorial",10);
    for(i=1;i<=n;i++){
        fac=fac+(ts_double)i;
    }
    if(n==0) fac=1.0;
    return fac;
}

ts_double ZlmiCoeff(ts_int l, ts_int m){
    ts_double coeff=(ts_double)(2*l+1)/2.0*M_PI*(factorial(l-m)/factorial(l+m)); 
    return sqrt(coeff);
}

ts_bool calculateUlmReal(ts_vesicle *vesicle){
    ts_int i,j,k;
    ts_vertex *cvtx;
    ts_double Zlmi;
    ts_int m;
    ts_coord *coord=(ts_coord *)malloc(sizeof(ts_coord));
    ts_double phi, theta;
    for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
        for(j=0;j<2*i+1;j++) vesicle->sphHarmonics->ulmReal[i][j]=0.0;
    }


    for(k=0;k<vesicle->vlist->n; k++){
        cvtx=vesicle->vlist->vtx[k];
        cart2sph(coord,cvtx->x, cvtx->y, cvtx->z);
        phi=coord->e2;
        theta=coord->e3; 
        for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
            for(j=0;j<2*i+1;j++){
                m=(j-i);
                if(m<0){ //negative m
//                gsl_sf_legendre_sphPlm(l,-m,cos(coord.e3)))
                    Zlmi=gsl_sf_legendre_sphPlm(i,-m,cos(theta))*cos(m*phi)*sqrt(2);                
                } else if(m==0){ //m=0
                    Zlmi=gsl_sf_legendre_sphPlm(i,0,cos(theta));
                } else { //positive m
                    Zlmi=gsl_sf_legendre_sphPlm(i,m,cos(theta))*sin(m*phi)*sqrt(2);
//                Zlmi=ZlmiCoeff(i,m)*plgndr(i,m,cos(theta))*cos(m*phi);
                }
                vesicle->sphHarmonics->ulmReal[i][j]+= cvtx->solAngle*cvtx->relR*Zlmi;
            }

        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool storeUlm2Real(ts_vesicle *vesicle){

ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
ts_int i,j;
for(i=0;i<sph->l;i++){
    for(j=0;j<2*i+1;j++){
    /* DEBUG fprintf(stderr,"sph->sumUlm2[%d][%d]=%e\n",i,j,sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j]); */
        sph->sumUlm2Real[i][j]+=sph->ulmReal[i][j]* sph->ulmReal[i][j];
    }
}
    sph->N++;
return TS_SUCCESS;
}


ts_bool saveAvgUlm2Real(ts_vesicle *vesicle){

    FILE *fh;
    char filename[10000];
    strcpy(filename, command_line_args.path);
    strcat(filename, "sph2outReal.dat");
    fh=fopen(filename, "w");
    if(fh==NULL){
        err("Cannot open file %s for writing");
        return TS_FAIL;
    }

    ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
    ts_int i,j;
    fprintf(fh,"l,\tm,\tulm^2avg\n");
    for(i=0;i<sph->l;i++){
            for(j=0;j<2*i+1;j++){
        fprintf(fh,"%d,\t%d,\t%e\n", i, j-i, sph->sumUlm2Real[i][j]/(ts_double)sph->N);

            }
    fprintf(fh,"\n");
    }
    fclose(fh);
    return TS_SUCCESS;
}

 src/tape

@@ -6,7 +6,7 @@
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
xk0=20.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15

@@ -16,12 +16,11 @@
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=2
#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable)
constvolswitch=0
constvolprecision=1e-14

#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=2
constareaswitch=0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
@@ -51,14 +50,11 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=20
mcsweeps=200000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
inititer=2
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
iterations=1000


###### Spherical harmonics ###########

 src/timestep.c

@@ -11,6 +11,7 @@
#include "stats.h"
#include "sh.h"
#include "shcomplex.h"
#include "shreal.h"
#include "vesicle.h"
#include<gsl/gsl_complex.h>
#include<gsl/gsl_complex_math.h>
@@ -21,6 +22,7 @@
    ts_double r0,kc1,kc2,kc3,kc4;
    ts_double l1,l2,l3,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
    ts_ulong epochtime;
    ts_double diff;
    FILE *fd1,*fd2=NULL;
     char filename[10000];
    strcpy(filename,command_line_args.path);
@@ -88,7 +90,10 @@
                //calculateYlmi(vesicle);
                calculateUlmComplex(vesicle);
                storeUlmComplex2(vesicle);
                saveAvgUlm2(vesicle);
                saveAvgUlm2Complex(vesicle);
                calculateUlmReal(vesicle);
                storeUlm2Real(vesicle);
                saveAvgUlm2Real(vesicle);
                kc1=calculateKc(vesicle, 2,9);
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
@@ -112,9 +117,16 @@
            for(l=0;l<vesicle->sphHarmonics->l;l++){
                for(m=l;m<2*l+1;m++){
                    fprintf(fd2,"%e ", gsl_complex_abs2(vesicle->sphHarmonics->ulmComplex[l][m]) );
                    if(l<5) {
                         if(m==l) diff=  gsl_complex_abs2(vesicle->sphHarmonics->ulmComplex[l][m])-pow(vesicle->sphHarmonics->ulmReal[l][m],2);
                         else     diff=  gsl_complex_abs2(vesicle->sphHarmonics->ulmComplex[l][m])-(pow(vesicle->sphHarmonics->ulmReal[l][m],2)+pow(vesicle->sphHarmonics->ulmReal[l][2*l-m],2))/2.0;       
                        fprintf(stderr,"%e ", diff/gsl_complex_abs2(vesicle->sphHarmonics->ulmComplex[l][m]) );
                }
                }
                if(l<5) fprintf(stderr,"\n");
            }
                fprintf(fd2,"\n");
                fprintf(stderr,"---\n");
    
                fflush(fd2);