Merge branch 'clustercount' into nirgov

Samo Penic

2016-07-05 f6bc99c334f6481e40f547d0e91f771b9564aa38

Merge branch 'clustercount' into nirgov

 src/Makefile.am

@@ -1,5 +1,5 @@
bin_PROGRAMS = trisurf tsmeasure
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c restore.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c restore.c cluster.c
GITVERSION:=$(shell git --no-pager describe --tags --always --dirty)
AM_CFLAGS = -Wall -Werror -DTS_VERSION=\"$(GITVERSION)\" -fgnu89-inline
AM_CPPFLAGS = ${libxml2_CFLAGS} -fgnu89-inline
@@ -18,7 +18,7 @@
#spherical_trisurf_ff_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c spherical_trisurf_ff.c sh.c bondflip.c poly.c stats.c shcomplex.c


tsmeasure_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c tsmeasure.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c restore.c
tsmeasure_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c tsmeasure.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c restore.c cluster.c
tsmeasure_LDADD = ${libcurl_LIBS} ${libxml2_LIBS}
#gitversion.c: .git/HEAD .git/index
#    echo "const char *gitversion = \"$(shell git rev-parse HEAD)\";" > $@

 src/cluster.c

New file
@@ -0,0 +1,155 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "cluster.h"
#include <math.h>




ts_cluster_list *init_cluster_list(){
    ts_cluster_list *cstlist=(ts_cluster_list *)malloc(sizeof(ts_cluster_list));
    cstlist->n=0;
    cstlist->cluster=NULL;
    return cstlist;
}

ts_cluster *new_cluster(ts_cluster_list *cstlist){
	
    cstlist->n++;
    cstlist->cluster=(ts_cluster **)realloc(cstlist->cluster,cstlist->n*sizeof(ts_cluster *));
    if(cstlist->cluster==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional **ts_cluster.",100);
    cstlist->cluster[cstlist->n-1]=(ts_cluster *)calloc(1,sizeof(ts_cluster));
    if(cstlist->cluster[cstlist->n-1]==NULL) fatal("Cannot allocate memory for additional *ts_cluster.",100);
    return cstlist->cluster[cstlist->n-1];
}

ts_bool cluster_add_vertex(ts_cluster *cluster, ts_vertex *vtx){
    cluster->nvtx++;
    cluster->vtx=(ts_vertex **)realloc(cluster->vtx, cluster->nvtx*sizeof(ts_vertex *));
    cluster->vtx[cluster->nvtx-1]=vtx;
    vtx->cluster=cluster;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool cluster_list_compact(ts_cluster_list *cstlist){


    ts_uint i,n=cstlist->n;
	
    for(i=0;i<cstlist->n;i++){
        if(cstlist->cluster[i]==NULL){
            do{
                n--;
            } while(cstlist->cluster[n]==NULL && n>i);
            if(i<=n) break;
            cstlist->cluster[i]=cstlist->cluster[n];
            cstlist->cluster[n]=NULL;
        }
    }
    cstlist->cluster=(ts_cluster **)realloc(cstlist->cluster,n*sizeof(ts_cluster *));
    cstlist->n=n;
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool cluster_join(ts_cluster *cluster1, ts_cluster *cluster2){
    ts_cluster *master_cluster,*slave_cluster;
    ts_uint i;
    if(cluster1->idx<cluster2->idx){
        master_cluster=cluster1;
        slave_cluster=cluster2;
    } else {
        master_cluster=cluster2;
        slave_cluster=cluster1;
    }
    for(i=0;i<slave_cluster->nvtx;i++){
        cluster_add_vertex(master_cluster,slave_cluster->vtx[i]);
    }
    cluster_free(slave_cluster);
    slave_cluster=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool cluster_free(ts_cluster *cluster){
    if(cluster!=NULL){
        if(cluster->vtx!=NULL)
            free(cluster->vtx);
        free(cluster);
    }
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool cluster_list_free(ts_cluster_list *cstlist){
    ts_uint i;
    if(cstlist!=NULL){
        for(i=0;i<cstlist->n;i++){
            cluster_free(cstlist->cluster[i]);
        }
        free(cstlist->cluster);
        free(cstlist);
    }
    return TS_SUCCESS;
}


/* This is a stub function. User should check whether the vertex is clustering or not. */
ts_bool is_clusterable(ts_vertex *vtx){

return 1;
}


ts_cluster *cluster_vertex_neighbor(ts_vertex *vtx){
    int j;
    for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
        if(vtx->neigh[j]->cluster!=NULL)
            return vtx->neigh[j]->cluster;
    }
    return NULL;
}

ts_bool cluster_vertex_neighbor_check(ts_vertex *vtx){

    int j;
    for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
        if(vtx->neigh[j]->cluster!=NULL){
            if(vtx->neigh[j]->cluster!=vtx->cluster){
                cluster_join(vtx->cluster, vtx->neigh[j]->cluster);
            }
        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool clusterize_vesicle(ts_vesicle *vesicle, ts_cluster_list *cstlist){

    int i;
    ts_vertex *vtx;
    ts_cluster *cst;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
    //for each vertex
        vtx=vesicle->vlist->vtx[i];
        if(is_clusterable(vtx)){
            if(vtx->cluster!=NULL){
                //find first neigbor with cluster index
                cst=cluster_vertex_neighbor(vtx);
                if(cst==NULL){
                    //no clusters are around us, vo we are probably lonely vertex or no surronding vertex has been mapped yet.
                    cst=new_cluster(cstlist);
                    cluster_add_vertex(cst,vtx);
                } else {
                    //we are added to the first cluster found
                    cluster_add_vertex(cst,vtx);
                    cluster_vertex_neighbor_check(vtx);
                    cluster_list_compact(cstlist);
                }

            }
        }
    }


    return TS_SUCCESS;
}

 src/cluster.h

New file
@@ -0,0 +1,8 @@
#ifndef _H_CLUSTER
#define _H_CLUSTER
ts_cluster_list *init_cluster_list();
ts_cluster *new_cluster(ts_cluster_list *cstlist);
ts_bool cluster_add_vertex(ts_cluster *cluster, ts_vertex *vtx);
ts_bool cluster_free(ts_cluster *cluster);
ts_bool cluster_list_free(ts_cluster_list *cstlist);
#endif

 src/general.h

@@ -157,6 +157,7 @@
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
    struct ts_poly *grafted_poly;
        struct ts_cluster *cluster;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -322,6 +323,20 @@



struct ts_cluster{
    ts_uint nvtx;
    ts_uint idx;
    ts_vertex **vtx;
};

typedef struct ts_cluster ts_cluster;

typedef struct{
    ts_uint n;
    ts_cluster **cluster;
} ts_cluster_list;


/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;