Added possibility of internal pegs. It can break the system however

Samo Penic

2016-07-11 e984829db39b2778e4f66c34524329ad09749c45

Added possibility of internal pegs. It can break the system however

 src/general.h

@@ -257,6 +257,7 @@
    long int nczmax;
    long int npoly;
    long int nmono;
    long int internal_poly;
    long int nfil;
    long int nfono;
    long int R_nucleus;

 src/io.c

@@ -1066,6 +1066,7 @@
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &tape->nmono),
    CFG_SIMPLE_INT("nfil",&tape->nfil),
    CFG_SIMPLE_INT("nfono",&tape->nfono),
    CFG_SIMPLE_INT("internal_poly",&tape->internal_poly),
    CFG_SIMPLE_INT("R_nucleus",&tape->R_nucleus),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusX",&tape->R_nucleusX),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("R_nucleusY",&tape->R_nucleusY),

 src/poly.c

@@ -83,6 +83,7 @@

    if (vlist!=NULL){
    /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
        ts_int intpoly=vesicle->tape->internal_poly;
        for (i=0;i<poly_list->n;i++){
    
            xnorm=0.0;
@@ -94,6 +95,9 @@
                znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;    
            }
            normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
            if(intpoly && i%2){
                normlength=-normlength;
            }
            xnorm=xnorm/normlength;
            ynorm=ynorm/normlength;
            znorm=znorm/normlength;

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=5
nshell=17
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -14,7 +14,7 @@
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=-10.0
pressure=10.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=0
@@ -25,11 +25,13 @@

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
npoly=800
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=2
nmono=6
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle