Changes in main loop. It allows setting inner, outer loop and initial mc sw...

Samo Penic

2013-11-04 d7a113d890064e18aa9f4267c33ac71348c6ba98

Changes in main loop. It allows setting inner, outer loop and initial mc sweeps to be discarded

 src/io.c

@@ -294,14 +294,14 @@



ts_vesicle *parsetape(ts_uint *iterations){
ts_vesicle *parsetape(ts_uint *mcsweeps, ts_uint *inititer, ts_uint *iterations){
    long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    char *buf=malloc(255*sizeof(char));
    long int brezveze0=1;
    long int brezveze1=1;
    long int brezveze2=1;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15;
    *iterations=1000;
    long int iter=1000, init=1000, mcsw=1000;
    cfg_opt_t opts[] = {
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &nshell),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &dmax),
@@ -310,7 +310,9 @@
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &ncymax),
        CFG_SIMPLE_INT("nzmax", &nczmax),
        CFG_SIMPLE_INT("iterations",iterations),
        CFG_SIMPLE_INT("iterations",&iter),
    CFG_SIMPLE_INT("mcsweeps",&mcsw),
    CFG_SIMPLE_INT("inititer", &init),
        CFG_SIMPLE_BOOL("quiet",&quiet),
        CFG_SIMPLE_STR("multiprocessing",buf),
        CFG_SIMPLE_INT("smp_cores",&brezveze0),
@@ -329,6 +331,9 @@
    fatal("Invalid tape!",100);
    }
    ts_vesicle *vesicle;
        *iterations=iter;
    *inititer=init;
    *mcsweeps=mcsw;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(nshell,ncxmax,ncymax,nczmax,stepsize);
    vesicle->nshell=nshell;
    vesicle->dmax=dmax*dmax;

 src/io.h

@@ -48,7 +48,6 @@
ts_bool write_vertex_vtk_file(ts_vesicle *vesicle,ts_char *filename, ts_char *text);
ts_bool write_vertex_xml_file(ts_vesicle *vesicle, ts_uint timestepno);
ts_bool write_master_xml_file(ts_char *filename);
ts_vesicle *parsetape(ts_uint *iterations);

ts_vesicle *parsetape(ts_uint *mcsweeps, ts_uint *inititer, ts_uint *iterations);

#endif

 src/main.c

@@ -18,7 +18,7 @@
*/

int main(int argv, char *argc[]){
ts_uint i,n;
ts_uint inititer,mcsweeps, iterations;
ts_vesicle *vesicle;
/* THIS SHOULD GO INTO UNIT TEST
ts_bool retval;
@@ -63,25 +63,9 @@
vtx_list_free(vlist1);
printf("Tests complete.\n");
*/
vesicle=parsetape(&n);
vesicle=parsetape(&mcsweeps, &inititer, &iterations);
run_simulation(vesicle, mcsweeps, inititer, iterations);

//these four must come from parsetype!
/*
vesicle->dmax=1.67*1.67;
vesicle->stepsize=0.15;
vesicle->clist->max_occupancy=8;
vesicle->bending_rigidity=25.0;
*/
// fprintf(stderr,"xk=%f\n",vesicle->bending_rigidity);

centermass(vesicle);
cell_occupation(vesicle);
for(i=0;i<n;i++){
single_timestep(vesicle);
if(i%100==0){
write_vertex_xml_file(vesicle,i/100);
}
}
write_master_xml_file("test.pvd");
write_dout_fcompat_file(vesicle,"dout");
vesicle_free(vesicle);

 src/tape

@@ -16,8 +16,13 @@


####### Program Control ############
#how many iteration are there in a run?
iterations=20000
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=100
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=100
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=1000


#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false

 src/timestep.c

@@ -6,6 +6,26 @@
#include "timestep.h"
#include "vertexmove.h"
#include "bondflip.h"
#include "frame.h"
#include "io.h"
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations){
    ts_uint i, j;

    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
    for(i=0;i<inititer+iterations;i++){
        for(j=0;j<mcsweeps;j++){
            single_timestep(vesicle);
        }
        centermass(vesicle);
        cell_occupation(vesicle);
        if(i>inititer){
            write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;

 src/timestep.h

@@ -1,4 +1,5 @@
#ifndef _TIMESTEP_H
#define _TIMESTEP_H
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle);
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations);
#endif