Problem with locking fixed. New problem arises with Vertex not in cell or s...

Samo Penic

2013-11-24 c85b513fcee3891a2c421925eb46179f44b55577

Problem with locking fixed. New problem arises with Vertex not in cell or segfault

 src/general.h

@@ -154,7 +154,7 @@
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
    ts_int locked;
    ts_uint *locked;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;


 src/taint_test.c

@@ -25,7 +25,7 @@
for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
    vertex_taint(vesicle->vlist->vtx[i],1);
    vertex_untaint(vesicle->vlist->vtx[i],1);
    printf("%d taint amount %d\n",i,vesicle->vlist->vtx[i]->locked);
    printf("%d taint amount %u\n",i,*(vesicle->vlist->vtx[i]->locked));
    if(vertex_tainted(vesicle->vlist->vtx[i], 0, 1)) printf("Ooops, Main  %d is tainted!\n",i);
    for(j=0;j<vesicle->vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
        if(vertex_tainted(vesicle->vlist->vtx[i]->neigh[j], 0, 1)){

 src/tape

@@ -28,10 +28,10 @@
quiet=false

#what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
#currently only none makes sense.
#currently only none and smp makes sense. If set to none, smp_cores defaults to 1
multiprocessing=smp
#how many cores are allowed to process in SMP?
smp_cores=4
#how many cores are allowed to process in SMP? If smp_cores=0, then number of threads will corespond with number of harware processor cores.
smp_cores=6
#how many nodes in cluster?
cluster_nodes=50
#max number of processes in distributed (voluntary) environment

 src/vertex.c

@@ -23,7 +23,7 @@
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;

    vlist->vtx[i]->locked=(ts_uint *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
    /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
/*    for(i=0;i<l;i++){
        vlist->vtx[i]->Ylm[i]=(ts_double **)calloc(2*i+1,sizeof(ts_double *));
@@ -316,7 +316,7 @@

ts_bool vertex_taint(ts_vertex *vtx, ts_uint level){
    ts_uint i;
    vtx->locked++; //lock current vertex
    (*(vtx->locked))++; //lock current vertex
    if(level==0){ //if we reach last in recursion exit
        return TS_SUCCESS;    
    }    
@@ -327,7 +327,7 @@
}

ts_bool vertex_untaint(ts_vertex *vtx, ts_uint level){
        vtx->locked--;
        (*(vtx->locked))--;
    if(level==0){
        return TS_SUCCESS;    
    }    
@@ -339,7 +339,7 @@
}

inline ts_bool vertex_tainted(ts_vertex *vtx, ts_uint level, ts_uint amount){
    if(vtx->locked>amount) return 1;
    if(*(vtx->locked)>amount) return 1;
    if(level==0){
        return 0;
    }