Several fixes and attempts to make improvements.

Samo Penic

2016-07-08 c7f52eada2cb8c1695afac6c7beed8fdda669288

Several fixes and attempts to make improvements.

 python/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=5
nshell=10
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -17,15 +17,15 @@
pressure=0.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=2
constvolswitch=0
constvolprecision=1e-14

#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=2
constareaswitch=0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=2
npoly=60
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
@@ -63,7 +63,7 @@

###### Spherical harmonics ###########
# If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
spherical_harmonics_coefficients=21
spherical_harmonics_coefficients=0

#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false

 python/trisurf/trisurf.py

@@ -495,7 +495,7 @@


    def getLastVTU(self):
        vtuidx=self.getLastIteration() #-int(self.tape.getValue("inititer"))+1
        vtuidx=self.getLastIteration() -int(self.tape.getValue("inititer"))
        if vtuidx<0:
            return None
        else:

 python/trisurf/tsmgr.py

@@ -240,12 +240,27 @@
        renderer_window = vtkRenderWindow()
        renderer_window.AddRenderer(renderer)

# Set up a check for aborting rendering.
        # Create the RendererWindowInteractor and display the vtk_file
        interactor = vtkRenderWindowInteractor()
        interactor.SetRenderWindow(renderer_window)
        interactor.Initialize()
#         interactor.AddObserver("TimerEvent", RenderUpdate)
#        timerIDR = interactor.CreateRepeatingTimer(1000)
        interactor.Start()

def RenderUpdate(obj, event):
    # obj will be the object generating the event.  In this case it
    # is renWin
    window=obj.GetRenderWindow() #.GetRenderer()
    renderer=window.GetRenderers()
    try:
        actor=renderer.GetActors()
    except:
        pass
    actor=renderer.GetActors()
    print(actor)
	


def getListOfHostConfigurationByHostname(hosts,host):