Merge branch 'trisurf-polyel'

Samo Penic

2014-03-08 c0d703a09da108f218b687beeec671f71b7a44c9

Merge branch 'trisurf-polyel'

 depcomp

File was deleted

 depcomp

New file
@@ -0,0 +1,791 @@
#! /bin/sh
# depcomp - compile a program generating dependencies as side-effects

scriptversion=2013-05-30.07; # UTC

# Copyright (C) 1999-2013 Free Software Foundation, Inc.

# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
# the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option)
# any later version.

# This program is distributed in the hope that it will be useful,
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
# GNU General Public License for more details.

# You should have received a copy of the GNU General Public License
# along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.

# As a special exception to the GNU General Public License, if you
# distribute this file as part of a program that contains a
# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
# the same distribution terms that you use for the rest of that program.

# Originally written by Alexandre Oliva <oliva@dcc.unicamp.br>.

case $1 in
  '')
    echo "$0: No command.  Try '$0 --help' for more information." 1>&2
    exit 1;
    ;;
  -h | --h*)
    cat <<\EOF
Usage: depcomp [--help] [--version] PROGRAM [ARGS]

Run PROGRAMS ARGS to compile a file, generating dependencies
as side-effects.

Environment variables:
  depmode     Dependency tracking mode.
  source      Source file read by 'PROGRAMS ARGS'.
  object      Object file output by 'PROGRAMS ARGS'.
  DEPDIR      directory where to store dependencies.
  depfile     Dependency file to output.
  tmpdepfile  Temporary file to use when outputting dependencies.
  libtool     Whether libtool is used (yes/no).

Report bugs to <bug-automake@gnu.org>.
EOF
    exit $?
    ;;
  -v | --v*)
    echo "depcomp $scriptversion"
    exit $?
    ;;
esac

# Get the directory component of the given path, and save it in the
# global variables '$dir'.  Note that this directory component will
# be either empty or ending with a '/' character.  This is deliberate.
set_dir_from ()
{
  case $1 in
    */*) dir=`echo "$1" | sed -e 's|/[^/]*$|/|'`;;
      *) dir=;;
  esac
}

# Get the suffix-stripped basename of the given path, and save it the
# global variable '$base'.
set_base_from ()
{
  base=`echo "$1" | sed -e 's|^.*/||' -e 's/\.[^.]*$//'`
}

# If no dependency file was actually created by the compiler invocation,
# we still have to create a dummy depfile, to avoid errors with the
# Makefile "include basename.Plo" scheme.
make_dummy_depfile ()
{
  echo "#dummy" > "$depfile"
}

# Factor out some common post-processing of the generated depfile.
# Requires the auxiliary global variable '$tmpdepfile' to be set.
aix_post_process_depfile ()
{
  # If the compiler actually managed to produce a dependency file,
  # post-process it.
  if test -f "$tmpdepfile"; then
    # Each line is of the form 'foo.o: dependency.h'.
    # Do two passes, one to just change these to
    #   $object: dependency.h
    # and one to simply output
    #   dependency.h:
    # which is needed to avoid the deleted-header problem.
    { sed -e "s,^.*\.[$lower]*:,$object:," < "$tmpdepfile"
      sed -e "s,^.*\.[$lower]*:[$tab ]*,," -e 's,$,:,' < "$tmpdepfile"
    } > "$depfile"
    rm -f "$tmpdepfile"
  else
    make_dummy_depfile
  fi
}

# A tabulation character.
tab='    '
# A newline character.
nl='
'
# Character ranges might be problematic outside the C locale.
# These definitions help.
upper=ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
lower=abcdefghijklmnopqrstuvwxyz
digits=0123456789
alpha=${upper}${lower}

if test -z "$depmode" || test -z "$source" || test -z "$object"; then
  echo "depcomp: Variables source, object and depmode must be set" 1>&2
  exit 1
fi

# Dependencies for sub/bar.o or sub/bar.obj go into sub/.deps/bar.Po.
depfile=${depfile-`echo "$object" |
  sed 's|[^\\/]*$|'${DEPDIR-.deps}'/&|;s|\.\([^.]*\)$|.P\1|;s|Pobj$|Po|'`}
tmpdepfile=${tmpdepfile-`echo "$depfile" | sed 's/\.\([^.]*\)$/.T\1/'`}

rm -f "$tmpdepfile"

# Avoid interferences from the environment.
gccflag= dashmflag=

# Some modes work just like other modes, but use different flags.  We
# parameterize here, but still list the modes in the big case below,
# to make depend.m4 easier to write.  Note that we *cannot* use a case
# here, because this file can only contain one case statement.
if test "$depmode" = hp; then
  # HP compiler uses -M and no extra arg.
  gccflag=-M
  depmode=gcc
fi

if test "$depmode" = dashXmstdout; then
  # This is just like dashmstdout with a different argument.
  dashmflag=-xM
  depmode=dashmstdout
fi

cygpath_u="cygpath -u -f -"
if test "$depmode" = msvcmsys; then
  # This is just like msvisualcpp but w/o cygpath translation.
  # Just convert the backslash-escaped backslashes to single forward
  # slashes to satisfy depend.m4
  cygpath_u='sed s,\\\\,/,g'
  depmode=msvisualcpp
fi

if test "$depmode" = msvc7msys; then
  # This is just like msvc7 but w/o cygpath translation.
  # Just convert the backslash-escaped backslashes to single forward
  # slashes to satisfy depend.m4
  cygpath_u='sed s,\\\\,/,g'
  depmode=msvc7
fi

if test "$depmode" = xlc; then
  # IBM C/C++ Compilers xlc/xlC can output gcc-like dependency information.
  gccflag=-qmakedep=gcc,-MF
  depmode=gcc
fi

case "$depmode" in
gcc3)
## gcc 3 implements dependency tracking that does exactly what
## we want.  Yay!  Note: for some reason libtool 1.4 doesn't like
## it if -MD -MP comes after the -MF stuff.  Hmm.
## Unfortunately, FreeBSD c89 acceptance of flags depends upon
## the command line argument order; so add the flags where they
## appear in depend2.am.  Note that the slowdown incurred here
## affects only configure: in makefiles, %FASTDEP% shortcuts this.
  for arg
  do
    case $arg in
    -c) set fnord "$@" -MT "$object" -MD -MP -MF "$tmpdepfile" "$arg" ;;
    *)  set fnord "$@" "$arg" ;;
    esac
    shift # fnord
    shift # $arg
  done
  "$@"
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  mv "$tmpdepfile" "$depfile"
  ;;

gcc)
## Note that this doesn't just cater to obsosete pre-3.x GCC compilers.
## but also to in-use compilers like IMB xlc/xlC and the HP C compiler.
## (see the conditional assignment to $gccflag above).
## There are various ways to get dependency output from gcc.  Here's
## why we pick this rather obscure method:
## - Don't want to use -MD because we'd like the dependencies to end
##   up in a subdir.  Having to rename by hand is ugly.
##   (We might end up doing this anyway to support other compilers.)
## - The DEPENDENCIES_OUTPUT environment variable makes gcc act like
##   -MM, not -M (despite what the docs say).  Also, it might not be
##   supported by the other compilers which use the 'gcc' depmode.
## - Using -M directly means running the compiler twice (even worse
##   than renaming).
  if test -z "$gccflag"; then
    gccflag=-MD,
  fi
  "$@" -Wp,"$gccflag$tmpdepfile"
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  rm -f "$depfile"
  echo "$object : \\" > "$depfile"
  # The second -e expression handles DOS-style file names with drive
  # letters.
  sed -e 's/^[^:]*: / /' \
      -e 's/^['$alpha']:\/[^:]*: / /' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
## This next piece of magic avoids the "deleted header file" problem.
## The problem is that when a header file which appears in a .P file
## is deleted, the dependency causes make to die (because there is
## typically no way to rebuild the header).  We avoid this by adding
## dummy dependencies for each header file.  Too bad gcc doesn't do
## this for us directly.
## Some versions of gcc put a space before the ':'.  On the theory
## that the space means something, we add a space to the output as
## well.  hp depmode also adds that space, but also prefixes the VPATH
## to the object.  Take care to not repeat it in the output.
## Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
## correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
  tr ' ' "$nl" < "$tmpdepfile" \
    | sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e "s|.*$object$||" -e '/:$/d' \
    | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

hp)
  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
  # since it is checked for above.
  exit 1
  ;;

sgi)
  if test "$libtool" = yes; then
    "$@" "-Wp,-MDupdate,$tmpdepfile"
  else
    "$@" -MDupdate "$tmpdepfile"
  fi
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  rm -f "$depfile"

  if test -f "$tmpdepfile"; then  # yes, the sourcefile depend on other files
    echo "$object : \\" > "$depfile"
    # Clip off the initial element (the dependent).  Don't try to be
    # clever and replace this with sed code, as IRIX sed won't handle
    # lines with more than a fixed number of characters (4096 in
    # IRIX 6.2 sed, 8192 in IRIX 6.5).  We also remove comment lines;
    # the IRIX cc adds comments like '#:fec' to the end of the
    # dependency line.
    tr ' ' "$nl" < "$tmpdepfile" \
      | sed -e 's/^.*\.o://' -e 's/#.*$//' -e '/^$/ d' \
      | tr "$nl" ' ' >> "$depfile"
    echo >> "$depfile"
    # The second pass generates a dummy entry for each header file.
    tr ' ' "$nl" < "$tmpdepfile" \
      | sed -e 's/^.*\.o://' -e 's/#.*$//' -e '/^$/ d' -e 's/$/:/' \
      >> "$depfile"
  else
    make_dummy_depfile
  fi
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

xlc)
  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
  # since it is checked for above.
  exit 1
  ;;

aix)
  # The C for AIX Compiler uses -M and outputs the dependencies
  # in a .u file.  In older versions, this file always lives in the
  # current directory.  Also, the AIX compiler puts '$object:' at the
  # start of each line; $object doesn't have directory information.
  # Version 6 uses the directory in both cases.
  set_dir_from "$object"
  set_base_from "$object"
  if test "$libtool" = yes; then
    tmpdepfile1=$dir$base.u
    tmpdepfile2=$base.u
    tmpdepfile3=$dir.libs/$base.u
    "$@" -Wc,-M
  else
    tmpdepfile1=$dir$base.u
    tmpdepfile2=$dir$base.u
    tmpdepfile3=$dir$base.u
    "$@" -M
  fi
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
    exit $stat
  fi

  for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
  do
    test -f "$tmpdepfile" && break
  done
  aix_post_process_depfile
  ;;

tcc)
  # tcc (Tiny C Compiler) understand '-MD -MF file' since version 0.9.26
  # FIXME: That version still under development at the moment of writing.
  #        Make that this statement remains true also for stable, released
  #        versions.
  # It will wrap lines (doesn't matter whether long or short) with a
  # trailing '\', as in:
  #
  #   foo.o : \
  #    foo.c \
  #    foo.h \
  #
  # It will put a trailing '\' even on the last line, and will use leading
  # spaces rather than leading tabs (at least since its commit 0394caf7
  # "Emit spaces for -MD").
  "$@" -MD -MF "$tmpdepfile"
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  rm -f "$depfile"
  # Each non-empty line is of the form 'foo.o : \' or ' dep.h \'.
  # We have to change lines of the first kind to '$object: \'.
  sed -e "s|.*:|$object :|" < "$tmpdepfile" > "$depfile"
  # And for each line of the second kind, we have to emit a 'dep.h:'
  # dummy dependency, to avoid the deleted-header problem.
  sed -n -e 's|^  *\(.*\) *\\$|\1:|p' < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

## The order of this option in the case statement is important, since the
## shell code in configure will try each of these formats in the order
## listed in this file.  A plain '-MD' option would be understood by many
## compilers, so we must ensure this comes after the gcc and icc options.
pgcc)
  # Portland's C compiler understands '-MD'.
  # Will always output deps to 'file.d' where file is the root name of the
  # source file under compilation, even if file resides in a subdirectory.
  # The object file name does not affect the name of the '.d' file.
  # pgcc 10.2 will output
  #    foo.o: sub/foo.c sub/foo.h
  # and will wrap long lines using '\' :
  #    foo.o: sub/foo.c ... \
  #     sub/foo.h ... \
  #     ...
  set_dir_from "$object"
  # Use the source, not the object, to determine the base name, since
  # that's sadly what pgcc will do too.
  set_base_from "$source"
  tmpdepfile=$base.d

  # For projects that build the same source file twice into different object
  # files, the pgcc approach of using the *source* file root name can cause
  # problems in parallel builds.  Use a locking strategy to avoid stomping on
  # the same $tmpdepfile.
  lockdir=$base.d-lock
  trap "
    echo '$0: caught signal, cleaning up...' >&2
    rmdir '$lockdir'
    exit 1
  " 1 2 13 15
  numtries=100
  i=$numtries
  while test $i -gt 0; do
    # mkdir is a portable test-and-set.
    if mkdir "$lockdir" 2>/dev/null; then
      # This process acquired the lock.
      "$@" -MD
      stat=$?
      # Release the lock.
      rmdir "$lockdir"
      break
    else
      # If the lock is being held by a different process, wait
      # until the winning process is done or we timeout.
      while test -d "$lockdir" && test $i -gt 0; do
        sleep 1
        i=`expr $i - 1`
      done
    fi
    i=`expr $i - 1`
  done
  trap - 1 2 13 15
  if test $i -le 0; then
    echo "$0: failed to acquire lock after $numtries attempts" >&2
    echo "$0: check lockdir '$lockdir'" >&2
    exit 1
  fi

  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  rm -f "$depfile"
  # Each line is of the form `foo.o: dependent.h',
  # or `foo.o: dep1.h dep2.h \', or ` dep3.h dep4.h \'.
  # Do two passes, one to just change these to
  # `$object: dependent.h' and one to simply `dependent.h:'.
  sed "s,^[^:]*:,$object :," < "$tmpdepfile" > "$depfile"
  # Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this invocation
  # correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
  sed 's,^[^:]*: \(.*\)$,\1,;s/^\\$//;/^$/d;/:$/d' < "$tmpdepfile" \
    | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

hp2)
  # The "hp" stanza above does not work with aCC (C++) and HP's ia64
  # compilers, which have integrated preprocessors.  The correct option
  # to use with these is +Maked; it writes dependencies to a file named
  # 'foo.d', which lands next to the object file, wherever that
  # happens to be.
  # Much of this is similar to the tru64 case; see comments there.
  set_dir_from  "$object"
  set_base_from "$object"
  if test "$libtool" = yes; then
    tmpdepfile1=$dir$base.d
    tmpdepfile2=$dir.libs/$base.d
    "$@" -Wc,+Maked
  else
    tmpdepfile1=$dir$base.d
    tmpdepfile2=$dir$base.d
    "$@" +Maked
  fi
  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
     rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2"
     exit $stat
  fi

  for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2"
  do
    test -f "$tmpdepfile" && break
  done
  if test -f "$tmpdepfile"; then
    sed -e "s,^.*\.[$lower]*:,$object:," "$tmpdepfile" > "$depfile"
    # Add 'dependent.h:' lines.
    sed -ne '2,${
               s/^ *//
               s/ \\*$//
               s/$/:/
               p
             }' "$tmpdepfile" >> "$depfile"
  else
    make_dummy_depfile
  fi
  rm -f "$tmpdepfile" "$tmpdepfile2"
  ;;

tru64)
  # The Tru64 compiler uses -MD to generate dependencies as a side
  # effect.  'cc -MD -o foo.o ...' puts the dependencies into 'foo.o.d'.
  # At least on Alpha/Redhat 6.1, Compaq CCC V6.2-504 seems to put
  # dependencies in 'foo.d' instead, so we check for that too.
  # Subdirectories are respected.
  set_dir_from  "$object"
  set_base_from "$object"

  if test "$libtool" = yes; then
    # Libtool generates 2 separate objects for the 2 libraries.  These
    # two compilations output dependencies in $dir.libs/$base.o.d and
    # in $dir$base.o.d.  We have to check for both files, because
    # one of the two compilations can be disabled.  We should prefer
    # $dir$base.o.d over $dir.libs/$base.o.d because the latter is
    # automatically cleaned when .libs/ is deleted, while ignoring
    # the former would cause a distcleancheck panic.
    tmpdepfile1=$dir$base.o.d          # libtool 1.5
    tmpdepfile2=$dir.libs/$base.o.d    # Likewise.
    tmpdepfile3=$dir.libs/$base.d      # Compaq CCC V6.2-504
    "$@" -Wc,-MD
  else
    tmpdepfile1=$dir$base.d
    tmpdepfile2=$dir$base.d
    tmpdepfile3=$dir$base.d
    "$@" -MD
  fi

  stat=$?
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
    exit $stat
  fi

  for tmpdepfile in "$tmpdepfile1" "$tmpdepfile2" "$tmpdepfile3"
  do
    test -f "$tmpdepfile" && break
  done
  # Same post-processing that is required for AIX mode.
  aix_post_process_depfile
  ;;

msvc7)
  if test "$libtool" = yes; then
    showIncludes=-Wc,-showIncludes
  else
    showIncludes=-showIncludes
  fi
  "$@" $showIncludes > "$tmpdepfile"
  stat=$?
  grep -v '^Note: including file: ' "$tmpdepfile"
  if test $stat -ne 0; then
    rm -f "$tmpdepfile"
    exit $stat
  fi
  rm -f "$depfile"
  echo "$object : \\" > "$depfile"
  # The first sed program below extracts the file names and escapes
  # backslashes for cygpath.  The second sed program outputs the file
  # name when reading, but also accumulates all include files in the
  # hold buffer in order to output them again at the end.  This only
  # works with sed implementations that can handle large buffers.
  sed < "$tmpdepfile" -n '
/^Note: including file:  *\(.*\)/ {
  s//\1/
  s/\\/\\\\/g
  p
}' | $cygpath_u | sort -u | sed -n '
s/ /\\ /g
s/\(.*\)/'"$tab"'\1 \\/p
s/.\(.*\) \\/\1:/
H
$ {
  s/.*/'"$tab"'/
  G
  p
}' >> "$depfile"
  echo >> "$depfile" # make sure the fragment doesn't end with a backslash
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

msvc7msys)
  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
  # since it is checked for above.
  exit 1
  ;;

#nosideeffect)
  # This comment above is used by automake to tell side-effect
  # dependency tracking mechanisms from slower ones.

dashmstdout)
  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
  # always write the preprocessed file to stdout, regardless of -o.
  "$@" || exit $?

  # Remove the call to Libtool.
  if test "$libtool" = yes; then
    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
      shift
    done
    shift
  fi

  # Remove '-o $object'.
  IFS=" "
  for arg
  do
    case $arg in
    -o)
      shift
      ;;
    $object)
      shift
      ;;
    *)
      set fnord "$@" "$arg"
      shift # fnord
      shift # $arg
      ;;
    esac
  done

  test -z "$dashmflag" && dashmflag=-M
  # Require at least two characters before searching for ':'
  # in the target name.  This is to cope with DOS-style filenames:
  # a dependency such as 'c:/foo/bar' could be seen as target 'c' otherwise.
  "$@" $dashmflag |
    sed "s|^[$tab ]*[^:$tab ][^:][^:]*:[$tab ]*|$object: |" > "$tmpdepfile"
  rm -f "$depfile"
  cat < "$tmpdepfile" > "$depfile"
  # Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process this sed invocation
  # correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
  tr ' ' "$nl" < "$tmpdepfile" \
    | sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e '/:$/d' \
    | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

dashXmstdout)
  # This case only exists to satisfy depend.m4.  It is never actually
  # run, as this mode is specially recognized in the preamble.
  exit 1
  ;;

makedepend)
  "$@" || exit $?
  # Remove any Libtool call
  if test "$libtool" = yes; then
    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
      shift
    done
    shift
  fi
  # X makedepend
  shift
  cleared=no eat=no
  for arg
  do
    case $cleared in
    no)
      set ""; shift
      cleared=yes ;;
    esac
    if test $eat = yes; then
      eat=no
      continue
    fi
    case "$arg" in
    -D*|-I*)
      set fnord "$@" "$arg"; shift ;;
    # Strip any option that makedepend may not understand.  Remove
    # the object too, otherwise makedepend will parse it as a source file.
    -arch)
      eat=yes ;;
    -*|$object)
      ;;
    *)
      set fnord "$@" "$arg"; shift ;;
    esac
  done
  obj_suffix=`echo "$object" | sed 's/^.*\././'`
  touch "$tmpdepfile"
  ${MAKEDEPEND-makedepend} -o"$obj_suffix" -f"$tmpdepfile" "$@"
  rm -f "$depfile"
  # makedepend may prepend the VPATH from the source file name to the object.
  # No need to regex-escape $object, excess matching of '.' is harmless.
  sed "s|^.*\($object *:\)|\1|" "$tmpdepfile" > "$depfile"
  # Some versions of the HPUX 10.20 sed can't process the last invocation
  # correctly.  Breaking it into two sed invocations is a workaround.
  sed '1,2d' "$tmpdepfile" \
    | tr ' ' "$nl" \
    | sed -e 's/^\\$//' -e '/^$/d' -e '/:$/d' \
    | sed -e 's/$/ :/' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile" "$tmpdepfile".bak
  ;;

cpp)
  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
  # always write the preprocessed file to stdout.
  "$@" || exit $?

  # Remove the call to Libtool.
  if test "$libtool" = yes; then
    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
      shift
    done
    shift
  fi

  # Remove '-o $object'.
  IFS=" "
  for arg
  do
    case $arg in
    -o)
      shift
      ;;
    $object)
      shift
      ;;
    *)
      set fnord "$@" "$arg"
      shift # fnord
      shift # $arg
      ;;
    esac
  done

  "$@" -E \
    | sed -n -e '/^# [0-9][0-9]* "\([^"]*\)".*/ s:: \1 \\:p' \
             -e '/^#line [0-9][0-9]* "\([^"]*\)".*/ s:: \1 \\:p' \
    | sed '$ s: \\$::' > "$tmpdepfile"
  rm -f "$depfile"
  echo "$object : \\" > "$depfile"
  cat < "$tmpdepfile" >> "$depfile"
  sed < "$tmpdepfile" '/^$/d;s/^ //;s/ \\$//;s/$/ :/' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

msvisualcpp)
  # Important note: in order to support this mode, a compiler *must*
  # always write the preprocessed file to stdout.
  "$@" || exit $?

  # Remove the call to Libtool.
  if test "$libtool" = yes; then
    while test "X$1" != 'X--mode=compile'; do
      shift
    done
    shift
  fi

  IFS=" "
  for arg
  do
    case "$arg" in
    -o)
      shift
      ;;
    $object)
      shift
      ;;
    "-Gm"|"/Gm"|"-Gi"|"/Gi"|"-ZI"|"/ZI")
        set fnord "$@"
        shift
        shift
        ;;
    *)
        set fnord "$@" "$arg"
        shift
        shift
        ;;
    esac
  done
  "$@" -E 2>/dev/null |
  sed -n '/^#line [0-9][0-9]* "\([^"]*\)"/ s::\1:p' | $cygpath_u | sort -u > "$tmpdepfile"
  rm -f "$depfile"
  echo "$object : \\" > "$depfile"
  sed < "$tmpdepfile" -n -e 's% %\\ %g' -e '/^\(.*\)$/ s::'"$tab"'\1 \\:p' >> "$depfile"
  echo "$tab" >> "$depfile"
  sed < "$tmpdepfile" -n -e 's% %\\ %g' -e '/^\(.*\)$/ s::\1\::p' >> "$depfile"
  rm -f "$tmpdepfile"
  ;;

msvcmsys)
  # This case exists only to let depend.m4 do its work.  It works by
  # looking at the text of this script.  This case will never be run,
  # since it is checked for above.
  exit 1
  ;;

none)
  exec "$@"
  ;;

*)
  echo "Unknown depmode $depmode" 1>&2
  exit 1
  ;;
esac

exit 0

# Local Variables:
# mode: shell-script
# sh-indentation: 2
# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
# time-stamp-start: "scriptversion="
# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
# time-stamp-time-zone: "UTC"
# time-stamp-end: "; # UTC"
# End:

 install-sh

File was deleted

 install-sh

New file
@@ -0,0 +1,527 @@
#!/bin/sh
# install - install a program, script, or datafile

scriptversion=2011-11-20.07; # UTC

# This originates from X11R5 (mit/util/scripts/install.sh), which was
# later released in X11R6 (xc/config/util/install.sh) with the
# following copyright and license.
#
# Copyright (C) 1994 X Consortium
#
# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
# of this software and associated documentation files (the "Software"), to
# deal in the Software without restriction, including without limitation the
# rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or
# sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
# furnished to do so, subject to the following conditions:
#
# The above copyright notice and this permission notice shall be included in
# all copies or substantial portions of the Software.
#
# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
# IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL THE
# X CONSORTIUM BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
# AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNEC-
# TION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
#
# Except as contained in this notice, the name of the X Consortium shall not
# be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or other deal-
# ings in this Software without prior written authorization from the X Consor-
# tium.
#
#
# FSF changes to this file are in the public domain.
#
# Calling this script install-sh is preferred over install.sh, to prevent
# 'make' implicit rules from creating a file called install from it
# when there is no Makefile.
#
# This script is compatible with the BSD install script, but was written
# from scratch.

nl='
'
IFS=" ""    $nl"

# set DOITPROG to echo to test this script

# Don't use :- since 4.3BSD and earlier shells don't like it.
doit=${DOITPROG-}
if test -z "$doit"; then
  doit_exec=exec
else
  doit_exec=$doit
fi

# Put in absolute file names if you don't have them in your path;
# or use environment vars.

chgrpprog=${CHGRPPROG-chgrp}
chmodprog=${CHMODPROG-chmod}
chownprog=${CHOWNPROG-chown}
cmpprog=${CMPPROG-cmp}
cpprog=${CPPROG-cp}
mkdirprog=${MKDIRPROG-mkdir}
mvprog=${MVPROG-mv}
rmprog=${RMPROG-rm}
stripprog=${STRIPPROG-strip}

posix_glob='?'
initialize_posix_glob='
  test "$posix_glob" != "?" || {
    if (set -f) 2>/dev/null; then
      posix_glob=
    else
      posix_glob=:
    fi
  }
'

posix_mkdir=

# Desired mode of installed file.
mode=0755

chgrpcmd=
chmodcmd=$chmodprog
chowncmd=
mvcmd=$mvprog
rmcmd="$rmprog -f"
stripcmd=

src=
dst=
dir_arg=
dst_arg=

copy_on_change=false
no_target_directory=

usage="\
Usage: $0 [OPTION]... [-T] SRCFILE DSTFILE
   or: $0 [OPTION]... SRCFILES... DIRECTORY
   or: $0 [OPTION]... -t DIRECTORY SRCFILES...
   or: $0 [OPTION]... -d DIRECTORIES...

In the 1st form, copy SRCFILE to DSTFILE.
In the 2nd and 3rd, copy all SRCFILES to DIRECTORY.
In the 4th, create DIRECTORIES.

Options:
     --help     display this help and exit.
     --version  display version info and exit.

  -c            (ignored)
  -C            install only if different (preserve the last data modification time)
  -d            create directories instead of installing files.
  -g GROUP      $chgrpprog installed files to GROUP.
  -m MODE       $chmodprog installed files to MODE.
  -o USER       $chownprog installed files to USER.
  -s            $stripprog installed files.
  -t DIRECTORY  install into DIRECTORY.
  -T            report an error if DSTFILE is a directory.

Environment variables override the default commands:
  CHGRPPROG CHMODPROG CHOWNPROG CMPPROG CPPROG MKDIRPROG MVPROG
  RMPROG STRIPPROG
"

while test $# -ne 0; do
  case $1 in
    -c) ;;

    -C) copy_on_change=true;;

    -d) dir_arg=true;;

    -g) chgrpcmd="$chgrpprog $2"
    shift;;

    --help) echo "$usage"; exit $?;;

    -m) mode=$2
    case $mode in
      *' '* | *'    '* | *'
'*      | *'*'* | *'?'* | *'['*)
        echo "$0: invalid mode: $mode" >&2
        exit 1;;
    esac
    shift;;

    -o) chowncmd="$chownprog $2"
    shift;;

    -s) stripcmd=$stripprog;;

    -t) dst_arg=$2
    # Protect names problematic for 'test' and other utilities.
    case $dst_arg in
      -* | [=\(\)!]) dst_arg=./$dst_arg;;
    esac
    shift;;

    -T) no_target_directory=true;;

    --version) echo "$0 $scriptversion"; exit $?;;

    --)    shift
    break;;

    -*)    echo "$0: invalid option: $1" >&2
    exit 1;;

    *)  break;;
  esac
  shift
done

if test $# -ne 0 && test -z "$dir_arg$dst_arg"; then
  # When -d is used, all remaining arguments are directories to create.
  # When -t is used, the destination is already specified.
  # Otherwise, the last argument is the destination.  Remove it from $@.
  for arg
  do
    if test -n "$dst_arg"; then
      # $@ is not empty: it contains at least $arg.
      set fnord "$@" "$dst_arg"
      shift # fnord
    fi
    shift # arg
    dst_arg=$arg
    # Protect names problematic for 'test' and other utilities.
    case $dst_arg in
      -* | [=\(\)!]) dst_arg=./$dst_arg;;
    esac
  done
fi

if test $# -eq 0; then
  if test -z "$dir_arg"; then
    echo "$0: no input file specified." >&2
    exit 1
  fi
  # It's OK to call 'install-sh -d' without argument.
  # This can happen when creating conditional directories.
  exit 0
fi

if test -z "$dir_arg"; then
  do_exit='(exit $ret); exit $ret'
  trap "ret=129; $do_exit" 1
  trap "ret=130; $do_exit" 2
  trap "ret=141; $do_exit" 13
  trap "ret=143; $do_exit" 15

  # Set umask so as not to create temps with too-generous modes.
  # However, 'strip' requires both read and write access to temps.
  case $mode in
    # Optimize common cases.
    *644) cp_umask=133;;
    *755) cp_umask=22;;

    *[0-7])
      if test -z "$stripcmd"; then
    u_plus_rw=
      else
    u_plus_rw='% 200'
      fi
      cp_umask=`expr '(' 777 - $mode % 1000 ')' $u_plus_rw`;;
    *)
      if test -z "$stripcmd"; then
    u_plus_rw=
      else
    u_plus_rw=,u+rw
      fi
      cp_umask=$mode$u_plus_rw;;
  esac
fi

for src
do
  # Protect names problematic for 'test' and other utilities.
  case $src in
    -* | [=\(\)!]) src=./$src;;
  esac

  if test -n "$dir_arg"; then
    dst=$src
    dstdir=$dst
    test -d "$dstdir"
    dstdir_status=$?
  else

    # Waiting for this to be detected by the "$cpprog $src $dsttmp" command
    # might cause directories to be created, which would be especially bad
    # if $src (and thus $dsttmp) contains '*'.
    if test ! -f "$src" && test ! -d "$src"; then
      echo "$0: $src does not exist." >&2
      exit 1
    fi

    if test -z "$dst_arg"; then
      echo "$0: no destination specified." >&2
      exit 1
    fi
    dst=$dst_arg

    # If destination is a directory, append the input filename; won't work
    # if double slashes aren't ignored.
    if test -d "$dst"; then
      if test -n "$no_target_directory"; then
    echo "$0: $dst_arg: Is a directory" >&2
    exit 1
      fi
      dstdir=$dst
      dst=$dstdir/`basename "$src"`
      dstdir_status=0
    else
      # Prefer dirname, but fall back on a substitute if dirname fails.
      dstdir=`
    (dirname "$dst") 2>/dev/null ||
    expr X"$dst" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
         X"$dst" : 'X\(//\)[^/]' \| \
         X"$dst" : 'X\(//\)$' \| \
         X"$dst" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
    echo X"$dst" |
        sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
           s//\1/
           q
         }
         /^X\(\/\/\)[^/].*/{
           s//\1/
           q
         }
         /^X\(\/\/\)$/{
           s//\1/
           q
         }
         /^X\(\/\).*/{
           s//\1/
           q
         }
         s/.*/./; q'
      `

      test -d "$dstdir"
      dstdir_status=$?
    fi
  fi

  obsolete_mkdir_used=false

  if test $dstdir_status != 0; then
    case $posix_mkdir in
      '')
    # Create intermediate dirs using mode 755 as modified by the umask.
    # This is like FreeBSD 'install' as of 1997-10-28.
    umask=`umask`
    case $stripcmd.$umask in
      # Optimize common cases.
      *[2367][2367]) mkdir_umask=$umask;;
      .*0[02][02] | .[02][02] | .[02]) mkdir_umask=22;;

      *[0-7])
        mkdir_umask=`expr $umask + 22 \
          - $umask % 100 % 40 + $umask % 20 \
          - $umask % 10 % 4 + $umask % 2
        `;;
      *) mkdir_umask=$umask,go-w;;
    esac

    # With -d, create the new directory with the user-specified mode.
    # Otherwise, rely on $mkdir_umask.
    if test -n "$dir_arg"; then
      mkdir_mode=-m$mode
    else
      mkdir_mode=
    fi

    posix_mkdir=false
    case $umask in
      *[123567][0-7][0-7])
        # POSIX mkdir -p sets u+wx bits regardless of umask, which
        # is incompatible with FreeBSD 'install' when (umask & 300) != 0.
        ;;
      *)
        tmpdir=${TMPDIR-/tmp}/ins$RANDOM-$$
        trap 'ret=$?; rmdir "$tmpdir/d" "$tmpdir" 2>/dev/null; exit $ret' 0

        if (umask $mkdir_umask &&
        exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$tmpdir/d") >/dev/null 2>&1
        then
          if test -z "$dir_arg" || {
           # Check for POSIX incompatibilities with -m.
           # HP-UX 11.23 and IRIX 6.5 mkdir -m -p sets group- or
           # other-writable bit of parent directory when it shouldn't.
           # FreeBSD 6.1 mkdir -m -p sets mode of existing directory.
           ls_ld_tmpdir=`ls -ld "$tmpdir"`
           case $ls_ld_tmpdir in
             d????-?r-*) different_mode=700;;
             d????-?--*) different_mode=755;;
             *) false;;
           esac &&
           $mkdirprog -m$different_mode -p -- "$tmpdir" && {
             ls_ld_tmpdir_1=`ls -ld "$tmpdir"`
             test "$ls_ld_tmpdir" = "$ls_ld_tmpdir_1"
           }
         }
          then posix_mkdir=:
          fi
          rmdir "$tmpdir/d" "$tmpdir"
        else
          # Remove any dirs left behind by ancient mkdir implementations.
          rmdir ./$mkdir_mode ./-p ./-- 2>/dev/null
        fi
        trap '' 0;;
    esac;;
    esac

    if
      $posix_mkdir && (
    umask $mkdir_umask &&
    $doit_exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$dstdir"
      )
    then :
    else

      # The umask is ridiculous, or mkdir does not conform to POSIX,
      # or it failed possibly due to a race condition.  Create the
      # directory the slow way, step by step, checking for races as we go.

      case $dstdir in
    /*) prefix='/';;
    [-=\(\)!]*) prefix='./';;
    *)  prefix='';;
      esac

      eval "$initialize_posix_glob"

      oIFS=$IFS
      IFS=/
      $posix_glob set -f
      set fnord $dstdir
      shift
      $posix_glob set +f
      IFS=$oIFS

      prefixes=

      for d
      do
    test X"$d" = X && continue

    prefix=$prefix$d
    if test -d "$prefix"; then
      prefixes=
    else
      if $posix_mkdir; then
        (umask=$mkdir_umask &&
         $doit_exec $mkdirprog $mkdir_mode -p -- "$dstdir") && break
        # Don't fail if two instances are running concurrently.
        test -d "$prefix" || exit 1
      else
        case $prefix in
          *\'*) qprefix=`echo "$prefix" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;;
          *) qprefix=$prefix;;
        esac
        prefixes="$prefixes '$qprefix'"
      fi
    fi
    prefix=$prefix/
      done

      if test -n "$prefixes"; then
    # Don't fail if two instances are running concurrently.
    (umask $mkdir_umask &&
     eval "\$doit_exec \$mkdirprog $prefixes") ||
      test -d "$dstdir" || exit 1
    obsolete_mkdir_used=true
      fi
    fi
  fi

  if test -n "$dir_arg"; then
    { test -z "$chowncmd" || $doit $chowncmd "$dst"; } &&
    { test -z "$chgrpcmd" || $doit $chgrpcmd "$dst"; } &&
    { test "$obsolete_mkdir_used$chowncmd$chgrpcmd" = false ||
      test -z "$chmodcmd" || $doit $chmodcmd $mode "$dst"; } || exit 1
  else

    # Make a couple of temp file names in the proper directory.
    dsttmp=$dstdir/_inst.$$_
    rmtmp=$dstdir/_rm.$$_

    # Trap to clean up those temp files at exit.
    trap 'ret=$?; rm -f "$dsttmp" "$rmtmp" && exit $ret' 0

    # Copy the file name to the temp name.
    (umask $cp_umask && $doit_exec $cpprog "$src" "$dsttmp") &&

    # and set any options; do chmod last to preserve setuid bits.
    #
    # If any of these fail, we abort the whole thing.  If we want to
    # ignore errors from any of these, just make sure not to ignore
    # errors from the above "$doit $cpprog $src $dsttmp" command.
    #
    { test -z "$chowncmd" || $doit $chowncmd "$dsttmp"; } &&
    { test -z "$chgrpcmd" || $doit $chgrpcmd "$dsttmp"; } &&
    { test -z "$stripcmd" || $doit $stripcmd "$dsttmp"; } &&
    { test -z "$chmodcmd" || $doit $chmodcmd $mode "$dsttmp"; } &&

    # If -C, don't bother to copy if it wouldn't change the file.
    if $copy_on_change &&
       old=`LC_ALL=C ls -dlL "$dst"    2>/dev/null` &&
       new=`LC_ALL=C ls -dlL "$dsttmp"    2>/dev/null` &&

       eval "$initialize_posix_glob" &&
       $posix_glob set -f &&
       set X $old && old=:$2:$4:$5:$6 &&
       set X $new && new=:$2:$4:$5:$6 &&
       $posix_glob set +f &&

       test "$old" = "$new" &&
       $cmpprog "$dst" "$dsttmp" >/dev/null 2>&1
    then
      rm -f "$dsttmp"
    else
      # Rename the file to the real destination.
      $doit $mvcmd -f "$dsttmp" "$dst" 2>/dev/null ||

      # The rename failed, perhaps because mv can't rename something else
      # to itself, or perhaps because mv is so ancient that it does not
      # support -f.
      {
    # Now remove or move aside any old file at destination location.
    # We try this two ways since rm can't unlink itself on some
    # systems and the destination file might be busy for other
    # reasons.  In this case, the final cleanup might fail but the new
    # file should still install successfully.
    {
      test ! -f "$dst" ||
      $doit $rmcmd -f "$dst" 2>/dev/null ||
      { $doit $mvcmd -f "$dst" "$rmtmp" 2>/dev/null &&
        { $doit $rmcmd -f "$rmtmp" 2>/dev/null; :; }
      } ||
      { echo "$0: cannot unlink or rename $dst" >&2
        (exit 1); exit 1
      }
    } &&

    # Now rename the file to the real destination.
    $doit $mvcmd "$dsttmp" "$dst"
      }
    fi || exit 1

    trap '' 0
  fi
done

# Local variables:
# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
# time-stamp-start: "scriptversion="
# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
# time-stamp-time-zone: "UTC"
# time-stamp-end: "; # UTC"
# End:

 missing

File was deleted

 missing

New file
@@ -0,0 +1,510 @@
#! /bin/sh
<<<<<<< HEAD
# Common wrapper for a few potentially missing GNU programs.

scriptversion=2012-06-26.16; # UTC

# Copyright (C) 1996-2013 Free Software Foundation, Inc.
# Originally written by Fran,cois Pinard <pinard@iro.umontreal.ca>, 1996.
=======
# Common stub for a few missing GNU programs while installing.

scriptversion=2012-01-06.13; # UTC

# Copyright (C) 1996, 1997, 1999, 2000, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006,
# 2008, 2009, 2010, 2011, 2012 Free Software Foundation, Inc.
# Originally by Fran,cois Pinard <pinard@iro.umontreal.ca>, 1996.
>>>>>>> dump-state

# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
# the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option)
# any later version.

# This program is distributed in the hope that it will be useful,
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
# GNU General Public License for more details.

# You should have received a copy of the GNU General Public License
# along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.

# As a special exception to the GNU General Public License, if you
# distribute this file as part of a program that contains a
# configuration script generated by Autoconf, you may include it under
# the same distribution terms that you use for the rest of that program.

if test $# -eq 0; then
<<<<<<< HEAD
  echo 1>&2 "Try '$0 --help' for more information"
  exit 1
fi

case $1 in

  --is-lightweight)
    # Used by our autoconf macros to check whether the available missing
    # script is modern enough.
    exit 0
    ;;

  --run)
    # Back-compat with the calling convention used by older automake.
    shift
    ;;
=======
  echo 1>&2 "Try \`$0 --help' for more information"
  exit 1
fi

run=:
sed_output='s/.* --output[ =]\([^ ]*\).*/\1/p'
sed_minuso='s/.* -o \([^ ]*\).*/\1/p'

# In the cases where this matters, `missing' is being run in the
# srcdir already.
if test -f configure.ac; then
  configure_ac=configure.ac
else
  configure_ac=configure.in
fi

msg="missing on your system"

case $1 in
--run)
  # Try to run requested program, and just exit if it succeeds.
  run=
  shift
  "$@" && exit 0
  # Exit code 63 means version mismatch.  This often happens
  # when the user try to use an ancient version of a tool on
  # a file that requires a minimum version.  In this case we
  # we should proceed has if the program had been absent, or
  # if --run hadn't been passed.
  if test $? = 63; then
    run=:
    msg="probably too old"
  fi
  ;;
>>>>>>> dump-state

  -h|--h|--he|--hel|--help)
    echo "\
$0 [OPTION]... PROGRAM [ARGUMENT]...

<<<<<<< HEAD
Run 'PROGRAM [ARGUMENT]...', returning a proper advice when this fails due
to PROGRAM being missing or too old.
=======
Handle \`PROGRAM [ARGUMENT]...' for when PROGRAM is missing, or return an
error status if there is no known handling for PROGRAM.
>>>>>>> dump-state

Options:
  -h, --help      display this help and exit
  -v, --version   output version information and exit
<<<<<<< HEAD

Supported PROGRAM values:
  aclocal   autoconf  autoheader   autom4te  automake  makeinfo
  bison     yacc      flex         lex       help2man

Version suffixes to PROGRAM as well as the prefixes 'gnu-', 'gnu', and
'g' are ignored when checking the name.
=======
  --run           try to run the given command, and emulate it if it fails

Supported PROGRAM values:
  aclocal      touch file \`aclocal.m4'
  autoconf     touch file \`configure'
  autoheader   touch file \`config.h.in'
  autom4te     touch the output file, or create a stub one
  automake     touch all \`Makefile.in' files
  bison        create \`y.tab.[ch]', if possible, from existing .[ch]
  flex         create \`lex.yy.c', if possible, from existing .c
  help2man     touch the output file
  lex          create \`lex.yy.c', if possible, from existing .c
  makeinfo     touch the output file
  yacc         create \`y.tab.[ch]', if possible, from existing .[ch]

Version suffixes to PROGRAM as well as the prefixes \`gnu-', \`gnu', and
\`g' are ignored when checking the name.
>>>>>>> dump-state

Send bug reports to <bug-automake@gnu.org>."
    exit $?
    ;;

  -v|--v|--ve|--ver|--vers|--versi|--versio|--version)
    echo "missing $scriptversion (GNU Automake)"
    exit $?
    ;;

  -*)
<<<<<<< HEAD
    echo 1>&2 "$0: unknown '$1' option"
    echo 1>&2 "Try '$0 --help' for more information"
=======
    echo 1>&2 "$0: Unknown \`$1' option"
    echo 1>&2 "Try \`$0 --help' for more information"
>>>>>>> dump-state
    exit 1
    ;;

esac

<<<<<<< HEAD
# Run the given program, remember its exit status.
"$@"; st=$?

# If it succeeded, we are done.
test $st -eq 0 && exit 0

# Also exit now if we it failed (or wasn't found), and '--version' was
# passed; such an option is passed most likely to detect whether the
# program is present and works.
case $2 in --version|--help) exit $st;; esac

# Exit code 63 means version mismatch.  This often happens when the user
# tries to use an ancient version of a tool on a file that requires a
# minimum version.
if test $st -eq 63; then
  msg="probably too old"
elif test $st -eq 127; then
  # Program was missing.
  msg="missing on your system"
else
  # Program was found and executed, but failed.  Give up.
  exit $st
fi

perl_URL=http://www.perl.org/
flex_URL=http://flex.sourceforge.net/
gnu_software_URL=http://www.gnu.org/software

program_details ()
{
  case $1 in
    aclocal|automake)
      echo "The '$1' program is part of the GNU Automake package:"
      echo "<$gnu_software_URL/automake>"
      echo "It also requires GNU Autoconf, GNU m4 and Perl in order to run:"
      echo "<$gnu_software_URL/autoconf>"
      echo "<$gnu_software_URL/m4/>"
      echo "<$perl_URL>"
      ;;
    autoconf|autom4te|autoheader)
      echo "The '$1' program is part of the GNU Autoconf package:"
      echo "<$gnu_software_URL/autoconf/>"
      echo "It also requires GNU m4 and Perl in order to run:"
      echo "<$gnu_software_URL/m4/>"
      echo "<$perl_URL>"
      ;;
  esac
}

give_advice ()
{
  # Normalize program name to check for.
  normalized_program=`echo "$1" | sed '
    s/^gnu-//; t
    s/^gnu//; t
    s/^g//; t'`

  printf '%s\n' "'$1' is $msg."

  configure_deps="'configure.ac' or m4 files included by 'configure.ac'"
  case $normalized_program in
    autoconf*)
      echo "You should only need it if you modified 'configure.ac',"
      echo "or m4 files included by it."
      program_details 'autoconf'
      ;;
    autoheader*)
      echo "You should only need it if you modified 'acconfig.h' or"
      echo "$configure_deps."
      program_details 'autoheader'
      ;;
    automake*)
      echo "You should only need it if you modified 'Makefile.am' or"
      echo "$configure_deps."
      program_details 'automake'
      ;;
    aclocal*)
      echo "You should only need it if you modified 'acinclude.m4' or"
      echo "$configure_deps."
      program_details 'aclocal'
      ;;
   autom4te*)
      echo "You might have modified some maintainer files that require"
      echo "the 'automa4te' program to be rebuilt."
      program_details 'autom4te'
      ;;
    bison*|yacc*)
      echo "You should only need it if you modified a '.y' file."
      echo "You may want to install the GNU Bison package:"
      echo "<$gnu_software_URL/bison/>"
      ;;
    lex*|flex*)
      echo "You should only need it if you modified a '.l' file."
      echo "You may want to install the Fast Lexical Analyzer package:"
      echo "<$flex_URL>"
      ;;
    help2man*)
      echo "You should only need it if you modified a dependency" \
           "of a man page."
      echo "You may want to install the GNU Help2man package:"
      echo "<$gnu_software_URL/help2man/>"
    ;;
    makeinfo*)
      echo "You should only need it if you modified a '.texi' file, or"
      echo "any other file indirectly affecting the aspect of the manual."
      echo "You might want to install the Texinfo package:"
      echo "<$gnu_software_URL/texinfo/>"
      echo "The spurious makeinfo call might also be the consequence of"
      echo "using a buggy 'make' (AIX, DU, IRIX), in which case you might"
      echo "want to install GNU make:"
      echo "<$gnu_software_URL/make/>"
      ;;
    *)
      echo "You might have modified some files without having the proper"
      echo "tools for further handling them.  Check the 'README' file, it"
      echo "often tells you about the needed prerequisites for installing"
      echo "this package.  You may also peek at any GNU archive site, in"
      echo "case some other package contains this missing '$1' program."
      ;;
  esac
}

give_advice "$1" | sed -e '1s/^/WARNING: /' \
                       -e '2,$s/^/         /' >&2

# Propagate the correct exit status (expected to be 127 for a program
# not found, 63 for a program that failed due to version mismatch).
exit $st
=======
# normalize program name to check for.
program=`echo "$1" | sed '
  s/^gnu-//; t
  s/^gnu//; t
  s/^g//; t'`

# Now exit if we have it, but it failed.  Also exit now if we
# don't have it and --version was passed (most likely to detect
# the program).  This is about non-GNU programs, so use $1 not
# $program.
case $1 in
  lex*|yacc*)
    # Not GNU programs, they don't have --version.
    ;;

  *)
    if test -z "$run" && ($1 --version) > /dev/null 2>&1; then
       # We have it, but it failed.
       exit 1
    elif test "x$2" = "x--version" || test "x$2" = "x--help"; then
       # Could not run --version or --help.  This is probably someone
       # running `$TOOL --version' or `$TOOL --help' to check whether
       # $TOOL exists and not knowing $TOOL uses missing.
       exit 1
    fi
    ;;
esac

# If it does not exist, or fails to run (possibly an outdated version),
# try to emulate it.
case $program in
  aclocal*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified \`acinclude.m4' or \`${configure_ac}'.  You might want
         to install the \`Automake' and \`Perl' packages.  Grab them from
         any GNU archive site."
    touch aclocal.m4
    ;;

  autoconf*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified \`${configure_ac}'.  You might want to install the
         \`Autoconf' and \`GNU m4' packages.  Grab them from any GNU
         archive site."
    touch configure
    ;;

  autoheader*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified \`acconfig.h' or \`${configure_ac}'.  You might want
         to install the \`Autoconf' and \`GNU m4' packages.  Grab them
         from any GNU archive site."
    files=`sed -n 's/^[ ]*A[CM]_CONFIG_HEADER(\([^)]*\)).*/\1/p' ${configure_ac}`
    test -z "$files" && files="config.h"
    touch_files=
    for f in $files; do
      case $f in
      *:*) touch_files="$touch_files "`echo "$f" |
                       sed -e 's/^[^:]*://' -e 's/:.*//'`;;
      *) touch_files="$touch_files $f.in";;
      esac
    done
    touch $touch_files
    ;;

  automake*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified \`Makefile.am', \`acinclude.m4' or \`${configure_ac}'.
         You might want to install the \`Automake' and \`Perl' packages.
         Grab them from any GNU archive site."
    find . -type f -name Makefile.am -print |
       sed 's/\.am$/.in/' |
       while read f; do touch "$f"; done
    ;;

  autom4te*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is needed, but is $msg.
         You might have modified some files without having the
         proper tools for further handling them.
         You can get \`$1' as part of \`Autoconf' from any GNU
         archive site."

    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
    if test -f "$file"; then
    touch $file
    else
    test -z "$file" || exec >$file
    echo "#! /bin/sh"
    echo "# Created by GNU Automake missing as a replacement of"
    echo "#  $ $@"
    echo "exit 0"
    chmod +x $file
    exit 1
    fi
    ;;

  bison*|yacc*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' $msg.  You should only need it if
         you modified a \`.y' file.  You may need the \`Bison' package
         in order for those modifications to take effect.  You can get
         \`Bison' from any GNU archive site."
    rm -f y.tab.c y.tab.h
    if test $# -ne 1; then
        eval LASTARG=\${$#}
    case $LASTARG in
    *.y)
        SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/c/'`
        if test -f "$SRCFILE"; then
             cp "$SRCFILE" y.tab.c
        fi
        SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/y$/h/'`
        if test -f "$SRCFILE"; then
             cp "$SRCFILE" y.tab.h
        fi
      ;;
    esac
    fi
    if test ! -f y.tab.h; then
    echo >y.tab.h
    fi
    if test ! -f y.tab.c; then
    echo 'main() { return 0; }' >y.tab.c
    fi
    ;;

  lex*|flex*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified a \`.l' file.  You may need the \`Flex' package
         in order for those modifications to take effect.  You can get
         \`Flex' from any GNU archive site."
    rm -f lex.yy.c
    if test $# -ne 1; then
        eval LASTARG=\${$#}
    case $LASTARG in
    *.l)
        SRCFILE=`echo "$LASTARG" | sed 's/l$/c/'`
        if test -f "$SRCFILE"; then
             cp "$SRCFILE" lex.yy.c
        fi
      ;;
    esac
    fi
    if test ! -f lex.yy.c; then
    echo 'main() { return 0; }' >lex.yy.c
    fi
    ;;

  help2man*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
     you modified a dependency of a manual page.  You may need the
     \`Help2man' package in order for those modifications to take
     effect.  You can get \`Help2man' from any GNU archive site."

    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
    if test -f "$file"; then
    touch $file
    else
    test -z "$file" || exec >$file
    echo ".ab help2man is required to generate this page"
    exit $?
    fi
    ;;

  makeinfo*)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is $msg.  You should only need it if
         you modified a \`.texi' or \`.texinfo' file, or any other file
         indirectly affecting the aspect of the manual.  The spurious
         call might also be the consequence of using a buggy \`make' (AIX,
         DU, IRIX).  You might want to install the \`Texinfo' package or
         the \`GNU make' package.  Grab either from any GNU archive site."
    # The file to touch is that specified with -o ...
    file=`echo "$*" | sed -n "$sed_output"`
    test -z "$file" && file=`echo "$*" | sed -n "$sed_minuso"`
    if test -z "$file"; then
      # ... or it is the one specified with @setfilename ...
      infile=`echo "$*" | sed 's/.* \([^ ]*\) *$/\1/'`
      file=`sed -n '
    /^@setfilename/{
      s/.* \([^ ]*\) *$/\1/
      p
      q
    }' $infile`
      # ... or it is derived from the source name (dir/f.texi becomes f.info)
      test -z "$file" && file=`echo "$infile" | sed 's,.*/,,;s,.[^.]*$,,'`.info
    fi
    # If the file does not exist, the user really needs makeinfo;
    # let's fail without touching anything.
    test -f $file || exit 1
    touch $file
    ;;

  *)
    echo 1>&2 "\
WARNING: \`$1' is needed, and is $msg.
         You might have modified some files without having the
         proper tools for further handling them.  Check the \`README' file,
         it often tells you about the needed prerequisites for installing
         this package.  You may also peek at any GNU archive site, in case
         some other package would contain this missing \`$1' program."
    exit 1
    ;;
esac

exit 0
>>>>>>> dump-state

# Local variables:
# eval: (add-hook 'write-file-hooks 'time-stamp)
# time-stamp-start: "scriptversion="
# time-stamp-format: "%:y-%02m-%02d.%02H"
# time-stamp-time-zone: "UTC"
# time-stamp-end: "; # UTC"
# End:

 src/bondflip.c

@@ -11,6 +11,7 @@
#include "bondflip.h"
//#include "io.h"
#include<stdio.h>
#include<string.h>

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn){
/*c  Vertex and triangle (lm and lp) indexing for bond flip:
@@ -28,9 +29,9 @@
    ts_vertex *it=bond->vtx1;
    ts_vertex *k=bond->vtx2;
    ts_uint nei,neip,neim;
    ts_uint i; //j;
    ts_double oldenergy, delta_energy;
 //   ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lp2=NULL, *lm1=NULL, *lm2=NULL;
    ts_uint i,j;
    ts_double oldenergy, delta_energy, dvol=0.0;
    ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lm2=NULL;

    ts_vertex *kp,*km;

@@ -73,112 +74,7 @@
 //   fprintf(stderr,"Bond will not be too long.. Continue.\n");

/* we make a bond flip. this is different than in original fortran */
// 0. step. Get memory prior the flip
  oldenergy=0;
  oldenergy+=k->xk* k->energy;
  oldenergy+=kp->xk* kp->energy;
  oldenergy+=km->xk* km->energy;
  oldenergy+=it->xk* it->energy;
//  for(i=0;i<k->neigh_no;i++) oldenergy+=k->neigh[i]->xk*k->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<kp->neigh_no;i++) oldenergy+=kp->neigh[i]->xk*kp->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<km->neigh_no;i++) oldenergy+=km->neigh[i]->xk*km->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<it->neigh_no;i++) oldenergy+=it->neigh[i]->xk*it->neigh[i]->energy;
/*
fprintf(stderr,"*** Naslov k=%ld\n",(long)k);
fprintf(stderr,"*** Naslov it=%ld\n",(long)it);
fprintf(stderr,"*** Naslov km=%ld\n",(long)km);
fprintf(stderr,"*** Naslov kp=%ld\n",(long)kp);

for(i=0;i<k->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"k sosed=%ld\n",(long)k->neigh[i]);
for(i=0;i<it->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"it sosed=%ld\n",(long)it->neigh[i]);

for(i=0;i<km->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"km sosed=%ld\n",(long)km->neigh[i]);
for(i=0;i<kp->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"kp sosed=%ld\n",(long)kp->neigh[i]);


*/
//    fprintf(stderr,"I WAS HERE! Before bondflip!\n");
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond);
//    fprintf(stderr,"I WAS HERE! Bondflip successful!\n");

/* Calculating the new energy */
  delta_energy=0;
  for(i=0;i<k->neigh_no;i++) energy_vertex(k->neigh[i]);
  for(i=0;i<kp->neigh_no;i++) energy_vertex(kp->neigh[i]);
  for(i=0;i<km->neigh_no;i++) energy_vertex(km->neigh[i]);
  for(i=0;i<it->neigh_no;i++) energy_vertex(it->neigh[i]);
  delta_energy+=k->xk* k->energy;
  delta_energy+=kp->xk* kp->energy;
  delta_energy+=km->xk* km->energy;
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
//  for(i=0;i<k->neigh_no;i++) delta_energy+=k->neigh[i]->xk*k->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<kp->neigh_no;i++) delta_energy+=kp->neigh[i]->xk*kp->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<km->neigh_no;i++) delta_energy+=km->neigh[i]->xk*km->neigh[i]->energy;
//  for(i=0;i<it->neigh_no;i++) delta_energy+=it->neigh[i]->xk*it->neigh[i]->energy;
  delta_energy-=oldenergy;
 // fprintf(stderr,"I WAS HERE! Got energy!\n");
/* MONTE CARLO */
    if(delta_energy>=0){
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
        if(exp(-delta_energy)< drand48() )
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
        if(expf(-delta_energy)< (ts_float)drand48())
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
        if(expl(-delta_energy)< (ts_ldouble)drand48())
#endif
        {
            //not accepted, reverting changes
       //     fprintf(stderr,"Failed to move, due to MC\n");

//            ts_flip_bond(km,kp,it,k, bond);
            ts_flip_bond(kp,km,k,it, bond);
                

/*
fprintf(stderr,"*** Naslov k=%d\n",k);
fprintf(stderr,"*** Naslov it=%d\n",it);
fprintf(stderr,"*** Naslov km=%d\n",km);
fprintf(stderr,"*** Naslov kp=%d\n",kp);
for(i=0;i<k->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"k sosed=%d\n",k->neigh[i]);
for(i=0;i<it->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"it sosed=%d\n",it->neigh[i]);


for(i=0;i<km->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"km sosed=%d\n",km->neigh[i]);
for(i=0;i<kp->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"kp sosed=%d\n",kp->neigh[i]);
*/



        //    fprintf(stderr,"Reverted condition!\n");
            return TS_FAIL;
        }
    }
        //    fprintf(stderr,"Success\n");


/* IF BONDFLIP ACCEPTED, THEN RETURN SUCCESS! */
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp,
ts_bond *bond){

    ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lm2=NULL;
    ts_uint i,j; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
    fatal("ts_flip_bond: You called me with invalid pointers to vertices",999);
}
// find lm, lp
// 1. step. We find lm and lp from k->tristar !
    for(i=0;i<it->tristar_no;i++){
        for(j=0;j<k->tristar_no;j++){
@@ -216,57 +112,150 @@
            } 
        }
    }
/*
// DEBUG TESTING!
fprintf(stderr,"*** Naslov k=%d\n",k);
fprintf(stderr,"*** Naslov it=%d\n",it);
fprintf(stderr,"*** Naslov km=%d\n",km);
fprintf(stderr,"*** Naslov kp=%d\n",kp);

for(i=0;i<k->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"k sosed=%d\n",k->neigh[i]);
for(i=0;i<it->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"it sosed=%d\n",it->neigh[i]);


// END DEBUG TESTING!
*/
if(lm2==NULL || lp1==NULL) fatal("ts_flip_bond: Cannot find triangles lm2 and lp1!",999);

/*
//DEBUG TESTING
fprintf(stderr,"1. step: lm, lm2, lp1 and lp found!\n");
fprintf(stderr,"--- Naslov lm=%ld",(long)lm);


fprintf(stderr,"   vtxs(%ld, %ld, %ld)\n",(long)lm->vertex[0],(long)lm->vertex[1], (long)lm->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lp=%ld",(long)lp);
fprintf(stderr,"   vtxs(%ld, %ld, %ld)\n",(long)lp->vertex[0],(long)lp->vertex[1], (long)lp->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lm2=%ld",(long)lm2);
fprintf(stderr,"   vtxs(%ld, %ld, %ld)\n",(long)lm2->vertex[0],(long)lm2->vertex[1], (long)lm2->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lp1=%ld",(long)lp1);
fprintf(stderr,"   vtxs(%ld, %ld, %ld)\n",(long)lp1->vertex[0],(long)lp1->vertex[1], (long)lp1->vertex[2]);

for(i=0;i<lm->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"lm sosed=%ld\n",(long)lm->neigh[i]);
for(i=0;i<lp->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"lp sosed=%ld\n",(long)lp->neigh[i]);
// END DEBUG TESTING
/* backup old structure */
/* need to backup:
 * vertices k, kp, km, it
 * triangles lm, lp, lm2, lp1
 * bond
*/
/*
// DEBUG TESTING!
ts_vertex *bck_vtx[4];
ts_triangle *bck_tria[4];
ts_bond *bck_bond;
ts_vertex *orig_vtx[]={k,it,kp,km};
ts_triangle *orig_tria[]={lm,lp,lm2,lp1};

for(i=0;i<3;i++){
//fprintf(stderr,"Backuping!!!\n");
    bck_bond=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
for(i=0;i<4;i++){
/*    fprintf(stderr,"vtx neigh[%d]=",i);
    for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
    fprintf(stderr,"\n");
*/
    bck_vtx[i]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
    bck_tria[i]=(ts_triangle *)malloc(sizeof(ts_triangle));
    memcpy((void *)bck_vtx[i],(void *)orig_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
    memcpy((void *)bck_tria[i],(void *)orig_tria[i],sizeof(ts_triangle));
    /* level 2 pointers */

    if(lp1->neigh[i]==lp) fprintf(stderr,"Nasel sem par lp1->lp\n");
    if(lp->neigh[i]==lp1) fprintf(stderr,"Nasel sem par lp->lp1\n");
    if(lm2->neigh[i]==lm) fprintf(stderr,"Nasel sem par lm2->lm\n");
    if(lm->neigh[i]==lm2) fprintf(stderr,"Nasel sem par lm->lm2\n");
    bck_vtx[i]->neigh=(ts_vertex **)malloc(orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    bck_vtx[i]->tristar=(ts_triangle **)malloc(orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    bck_vtx[i]->bond=(ts_bond **)malloc(orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));
    bck_tria[i]->neigh=(ts_triangle **)malloc(orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));

    memcpy((void *)bck_vtx[i]->neigh,(void *)orig_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    memcpy((void *)bck_vtx[i]->tristar,(void *)orig_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    memcpy((void *)bck_vtx[i]->bond,(void *)orig_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));
	
    memcpy((void *)bck_tria[i]->neigh,(void *)orig_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
// END DEBUG TESTING!
    memcpy(bck_bond,bond,sizeof(ts_bond));
//fprintf(stderr,"Backup complete!!!\n");
/* end backup vertex */

/* Save old energy */
  oldenergy=0;
  oldenergy+=k->xk* k->energy;
  oldenergy+=kp->xk* kp->energy;
  oldenergy+=km->xk* km->energy;
  oldenergy+=it->xk* it->energy;
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

    if(vesicle->pswitch == 1){dvol = -lm->volume - lp->volume;}

/* fix data structure for flipped bond */
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1);


/* Calculating the new energy */
  delta_energy=0;
  delta_energy+=k->xk* k->energy;
  delta_energy+=kp->xk* kp->energy;
  delta_energy+=km->xk* km->energy;
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

  delta_energy-=oldenergy;
    if(vesicle->pswitch == 1){
        dvol = dvol + lm->volume + lp->volume;
        delta_energy-= vesicle->pressure*dvol;
    }

/* MONTE CARLO */
    if(delta_energy>=0){
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
        if(exp(-delta_energy)< drand48() )
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
        if(expf(-delta_energy)< (ts_float)drand48())
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
        if(expl(-delta_energy)< (ts_ldouble)drand48())
#endif
        {
            //not accepted, reverting changes
        //restore all backups
//        fprintf(stderr,"Restoring!!!\n");

        for(i=0;i<4;i++){
//            fprintf(stderr,"Restoring vtx neigh[%d] with neighbours %d\n",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            free(orig_vtx[i]->neigh);
            free(orig_vtx[i]->tristar);
            free(orig_vtx[i]->bond);
            free(orig_tria[i]->neigh);
            memcpy((void *)orig_vtx[i],(void *)bck_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
            memcpy((void *)orig_tria[i],(void *)bck_tria[i],sizeof(ts_triangle));
//            fprintf(stderr,"Restored vtx neigh[%d] with neighbours %d\n",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            /* level 2 pointers are redirected*/
        }
        memcpy(bond,bck_bond,sizeof(ts_bond));

        for(i=0;i<4;i++){
            free(bck_vtx[i]);
            free(bck_tria[i]);
/*            fprintf(stderr,"Restoring vtx neigh[%d] with neighbours %d =",i, orig_vtx[i]->neigh_no );
            for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
            fprintf(stderr,"\n"); */
        }

        free(bck_bond);
//        fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");

        return TS_FAIL;
        }
    }
     /* IF BONDFLIP ACCEPTED, THEN RETURN SUCCESS! */
  //          fprintf(stderr,"SUCCESS!!!\n");

    // delete all backups
    for(i=0;i<4;i++){
    free(bck_vtx[i]->neigh);
    free(bck_vtx[i]->bond);
    free(bck_vtx[i]->tristar);
    free(bck_vtx[i]);
     free(bck_tria[i]->neigh);
        free(bck_tria[i]);
/*    fprintf(stderr,"Afret backup deletion vtx neigh[%d]=",i);
    for(j=0;j<orig_vtx[i]->neigh_no;j++) fprintf(stderr," %d", orig_vtx[i]->neigh[j]->idx);
    fprintf(stderr,"\n");
*/
    }
    free(bck_bond);

    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp,
ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1){

    ts_uint i; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
    fatal("ts_flip_bond: You called me with invalid pointers to vertices",999);
}
// 2. step. We change the triangle vertices... (actual bond flip)
    for(i=0;i<3;i++) if(lm->vertex[i]== it) lm->vertex[i]= kp;
    for(i=0;i<3;i++) if(lp->vertex[i]== k) lp->vertex[i]= km;
@@ -323,34 +312,10 @@
            vtx_remove_tristar(it,lm);
            vtx_remove_tristar(k,lp);
//fprintf(stderr,"6. step: tristar corrected\n");

/*
//DEBUG TESTING
fprintf(stderr,"--- Naslov lm=%d",lm);


fprintf(stderr,"   vtxs(%d, %d, %d)\n",lm->vertex[0],lm->vertex[1], lm->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lp=%d",lp);
fprintf(stderr,"   vtxs(%d, %d, %d)\n",lp->vertex[0],lp->vertex[1], lp->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lm2=%d",lm2);
fprintf(stderr,"   vtxs(%d, %d, %d)\n",lm2->vertex[0],lm2->vertex[1], lm2->vertex[2]);
fprintf(stderr,"--- Naslov lp1=%d",lp1);
fprintf(stderr,"   vtxs(%d, %d, %d)\n",lp1->vertex[0],lp1->vertex[1], lp1->vertex[2]);

for(i=0;i<lm->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"lm sosed=%d\n",lm->neigh[i]);
for(i=0;i<lp->neigh_no;i++)
    fprintf(stderr,"lp sosed=%d\n",lp->neigh[i]);
// END DEBUG TESTING
*/
  energy_vertex(k);
  energy_vertex(kp);
  energy_vertex(km);
  energy_vertex(it);


// END modifications to data structure!


    return TS_SUCCESS;
}

 src/bondflip.h

@@ -3,5 +3,5 @@

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn);

ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp, ts_bond *bond);
ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp, ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1);
#endif

 src/general.c

@@ -3,10 +3,20 @@
#include "general.h"
#include<stdarg.h>

#include <sys/time.h>
#include <unistd.h>
#include <time.h>


ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, ...){
if(quiet) return TS_SUCCESS;
    va_list ap;
    va_start(ap,fmt);
    char tmbuf[255];
    struct timeval now;
      gettimeofday(&now, 0);
    strftime(tmbuf, sizeof tmbuf, "%Y-%m-%d %H:%M:%S", localtime(&now.tv_sec));
fprintf(fd, "[%s] ",tmbuf); 
vfprintf(fd, fmt, ap); /* Call vfprintf */
va_end(ap); /* Cleanup the va_list */
return TS_SUCCESS;

 src/general.h

@@ -3,7 +3,6 @@

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>

/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -260,8 +259,9 @@

    ts_poly_list *poly_list;
    ts_double spring_constant;
    ts_double pressure;
    ts_int pswitch;
} ts_vesicle;





 src/initial_distribution.c

@@ -9,21 +9,16 @@
#include "triangle.h"
#include "initial_distribution.h"
#include "energy.h"
#include "poly.h"
#include "io.h"

ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize){
    ts_fprintf(stderr,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
    ts_fprintf(stdout,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
    ts_bool retval;
    ts_uint no_vertices=5*nshell*nshell+2;


	
    ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);

//TODO: debugging only. Please remove ASAP!
    vesicle->bending_rigidity=25.0;

    vesicle->nshell=nshell;
    retval = vtx_set_global_values(vesicle);
    //retval = vtx_set_global_values(vesicle);
    retval = pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(vesicle->vlist);
    retval = init_vertex_neighbours(vesicle->vlist);
    vesicle->vlist = init_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
@@ -33,12 +28,42 @@
    retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
    retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
    retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
 ts_fprintf(stderr,"initial_distribution finished!\n");
    ts_fprintf(stdout,"initial_distribution finished!\n");
    if(retval);
    return vesicle;
} 



ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
    ts_vesicle *vesicle;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist);
    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
    poly_assign_spring_const(vesicle);
	
    vesicle->nshell=tape->nshell;
    vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */
    vesicle->bending_rigidity=tape->xk0;
    vtx_set_global_values(vesicle); /* make xk0 default value for every vertex */ 
    ts_fprintf(stdout, "Tape setting: xk0=%e\n",tape->xk0);
    vesicle->stepsize=tape->stepsize;
    vesicle->clist->ncmax[0]=tape->ncxmax;
    vesicle->clist->ncmax[1]=tape->ncymax;
    vesicle->clist->ncmax[2]=tape->nczmax;
    vesicle->clist->max_occupancy=8; /* hard coded max occupancy? */

    vesicle->pressure= tape->pressure;
    vesicle->pswitch=tape->pswitch;

    return vesicle;

}





ts_bool pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(ts_vertex_list *vlist){
    /* Some often used relations */
    const ts_double s1= sin(2.0*M_PI/5.0);

 src/initial_distribution.h

@@ -1,6 +1,8 @@
#include "io.h"


/** @brief initial bond length */
#define A0 1.2 


/** @brief Creates initial distribution of vertices
  *
@@ -10,6 +12,7 @@
*/
ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize);

ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape);

/** Sets the initial position of the vertexes to dipyramid
 *

 src/io.c

@@ -11,11 +11,14 @@
#include "initial_distribution.h"
#include "poly.h"



#include <getopt.h>
#include <sys/stat.h>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
/** DUMP STATE TO DISK DRIVE **/

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle){
ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration){

    /* save current state with wrong pointers. Will fix that later */
    ts_uint i,j,k;
@@ -129,13 +132,14 @@

    fwrite(vesicle->clist, sizeof(ts_cell_list),1,  fh);

    fwrite(&iteration, sizeof(ts_uint),1,fh);
    fclose(fh);
    return TS_SUCCESS;
}


/** RESTORE DUMP FROM DISK **/
ts_vesicle *restore_state(){
ts_vesicle *restore_state(ts_uint *iteration){
    ts_uint i,j,k;
    FILE *fh=fopen("dump.bin","rb");
    ts_uint retval;
@@ -313,10 +317,112 @@
            vesicle->clist->cell[i]->idx=i+1; // We enumerate cells! Probably never required!
        }

    retval=fread(iteration,sizeof(ts_uint),1,fh);
    if(retval); 
    fclose(fh);
    return vesicle;
}



ts_bool parse_args(int argc, char **argv){
 int c, retval;
 DIR *dir;
    path[0]=0;
while (1)
     {
       static struct option long_options[] =
         {
           {"force-from-tape", no_argument,       &(command_line_args.force_from_tape), 1},
       {"reset-iteration-count", no_argument, &(command_line_args.reset_iteration_count), 1},
           {"tape",     no_argument,       0, 't'},
           {"output-file",  required_argument, 0, 'o'},
           {"directory",  required_argument, 0, 'd'},
           {"dump-file", required_argument,0, 'f'},
           {0, 0, 0, 0}
         };
       /* getopt_long stores the option index here. */
       int option_index = 0;

       c = getopt_long (argc, argv, "d:fot",
                        long_options, &option_index);

       /* Detect the end of the options. */
       if (c == -1)
         break;

       switch (c)
         {
         case 0:
           /* If this option set a flag, do nothing else now. */
           if (long_options[option_index].flag != 0)
             break;
           printf ("option %s", long_options[option_index].name);
           if (optarg)
             printf (" with arg %s", optarg);
           printf ("\n");
           break;

         case 't':
            //check if tape exists. If not, fail immediately.
           puts ("option -t\n");
           break;

         case 'o':
            //set filename of master output file
           printf ("option -o with value `%s'\n", optarg);
           break;

         case 'd':
            //check if directory exists. If not create one. If creation is
            //successful, set directory for output files.
            //printf ("option -d with value `%s'\n", optarg);
            dir = opendir(optarg);
            if (dir)
            {
                /* Directory exists. */
                closedir(dir);
            }
            else if (ENOENT == errno)
            {
                /* Directory does not exist. */
                retval=mkdir(optarg, 0700);
                if(retval){
                fatal("Could not create requested directory. Check if you have permissions",1);
                }
            }
            else
            {
                /* opendir() failed for some other reason. */
                fatal("Could not check if directory exists. Reason unknown",1);
            }
            ts_fprintf(stdout,"\n*** Using output directory: %s\n\n", optarg);
//            sprintf(path,"%s", optarg);
            strcpy(path, optarg);
           // ts_fprintf(stdout,"ok!\n"); 

           break;

        case 'f':
            //check if dump file specified exists. Defaults to dump.bin
            break;

         case '?':
           /* getopt_long already printed an error message. */

            ts_fprintf(stderr,"\n\nhere comes the help.\n\n");
            fatal("Ooops, read help first",1);
           break;

         default:
           exit (1);
         }
     }

    return TS_SUCCESS;

}




@@ -417,11 +523,11 @@
        fprintf(fh," %.17E\t%.17E\t%.17E\t%.17E\t%.17E\t%u\n",
        vlist->vtx[i]->xk,vlist->vtx[i]->c,vlist->vtx[i]->energy,
        vlist->vtx[i]->energy_h, vlist->vtx[i]->curvature, 0);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->bond_no;j++){
            fprintf(fh," %.17E", vlist->vtx[i]->bond[j]->bond_length_dual);
        }
            fprintf(fh,"\n");
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->bond_no;j++){
            fprintf(fh," %.17E", vlist->vtx[i]->bond[j]->bond_length);
        }
            fprintf(fh,"\n");
@@ -647,74 +753,63 @@



ts_vesicle *parsetape(ts_uint *mcsweeps, ts_uint *inititer, ts_uint *iterations){
    long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60, npoly=10, nmono=20;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    char *buf=malloc(255*sizeof(char));
    long int brezveze0=1;
ts_tape *parsetape(char *filename){
  //  long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60, npoly=10, nmono=20, pswitch=0;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    ts_tape *tape=(ts_tape *)calloc(1,sizeof(ts_tape));
    tape->multiprocessing=calloc(255,sizeof(char));
  /*  long int brezveze0=1;
    long int brezveze1=1;
    long int brezveze2=1;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15,kspring=800.0;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15,kspring=800.0,pressure=0.0;
    long int iter=1000, init=1000, mcsw=1000;

*/	

    cfg_opt_t opts[] = {
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &nshell),
        CFG_SIMPLE_INT("npoly", &npoly),
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &nmono),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &dmax),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&xk0),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&kspring),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&stepsize),
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &ncymax),
        CFG_SIMPLE_INT("nzmax", &nczmax),
        CFG_SIMPLE_INT("iterations",&iter),
    CFG_SIMPLE_INT("mcsweeps",&mcsw),
    CFG_SIMPLE_INT("inititer", &init),
        CFG_SIMPLE_BOOL("quiet",&quiet),
        CFG_SIMPLE_STR("multiprocessing",buf),
        CFG_SIMPLE_INT("smp_cores",&brezveze0),
        CFG_SIMPLE_INT("cluster_nodes",&brezveze1),
        CFG_SIMPLE_INT("distributed_processes",&brezveze2),
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &tape->nshell),
        CFG_SIMPLE_INT("npoly", &tape->npoly),
        CFG_SIMPLE_INT("nmono", &tape->nmono),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("dmax", &tape->dmax),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
    CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("stepsize",&tape->stepsize),
        CFG_SIMPLE_INT("nxmax", &tape->ncxmax),
        CFG_SIMPLE_INT("nymax", &tape->ncymax),
        CFG_SIMPLE_INT("nzmax", &tape->nczmax),
        CFG_SIMPLE_INT("iterations",&tape->iterations),
    CFG_SIMPLE_INT("mcsweeps",&tape->mcsweeps),
    CFG_SIMPLE_INT("inititer", &tape->inititer),
        CFG_SIMPLE_BOOL("quiet",&tape->quiet),
        CFG_SIMPLE_STR("multiprocessing",tape->multiprocessing),
        CFG_SIMPLE_INT("smp_cores",&tape->brezveze0),
        CFG_SIMPLE_INT("cluster_nodes",&tape->brezveze1),
        CFG_SIMPLE_INT("distributed_processes",&tape->brezveze2),
        CFG_END()
    };
    cfg_t *cfg;    
    ts_uint retval;
    cfg = cfg_init(opts, 0);
    retval=cfg_parse(cfg, "tape");
    retval=cfg_parse(cfg, filename);
    if(retval==CFG_FILE_ERROR){
    fatal("No tape file.",100);
    }
    else if(retval==CFG_PARSE_ERROR){
    fatal("Invalid tape!",100);
    }
    ts_vesicle *vesicle;
        *iterations=iter;
    *inititer=init;
    *mcsweeps=mcsw;
    vesicle=initial_distribution_dipyramid(nshell,ncxmax,ncymax,nczmax,stepsize);
    vesicle->poly_list=init_poly_list(npoly,nmono, vesicle->vlist);
    vesicle->spring_constant=kspring;
    poly_assign_spring_const(vesicle);
	

    vesicle->nshell=nshell;
    vesicle->dmax=dmax*dmax;
    vesicle->bending_rigidity=xk0;
    vesicle->stepsize=stepsize;
    vesicle->clist->ncmax[0]=ncxmax;
    vesicle->clist->ncmax[1]=ncymax;
    vesicle->clist->ncmax[2]=nczmax;
    vesicle->clist->max_occupancy=8;

    cfg_free(cfg);
    free(buf);
  //  fprintf(stderr,"NSHELL=%u\n",vesicle->nshell);

            
    /* global variables are set automatically */
    quiet=tape->quiet;
    return tape;
}

    return vesicle;

ts_bool tape_free(ts_tape *tape){
    free(tape->multiprocessing);
    free(tape);
    return TS_SUCCESS;
}



 src/io.h

@@ -1,6 +1,49 @@
#ifndef _IO_H
#define _IO_H

/** @ Global variables for I/O operations like filenames etc. */
/*static char mastername[1024];
static char prefixname[1024];
static ts_bool restore=0;
static char tape[1024]; */
char path[1024];
int force_from_tape;


typedef struct {
    long int nshell;
    long int ncxmax;
    long int ncymax;
    long int nczmax;
    long int npoly;
    long int nmono;
    long int pswitch;
        char *multiprocessing;
       long int brezveze0;
        long int brezveze1;
        long int brezveze2;
        ts_double xk0;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double kspring;
    ts_double pressure;
    long int iterations;
    long int inititer;
    long int mcsweeps;
    long int quiet;
} ts_tape;

typedef struct{
    ts_int force_from_tape;
    ts_int reset_iteration_count;
} ts_args;

ts_args command_line_args;

ts_bool parse_args(int argc, char **argv);



/** @brief Prints the position of vertices for the whole list
 *  
 *  The function is meant more or less as a debug tool, but can be used in production
@@ -48,8 +91,9 @@
ts_bool write_vertex_vtk_file(ts_vesicle *vesicle,ts_char *filename, ts_char *text);
ts_bool write_vertex_xml_file(ts_vesicle *vesicle, ts_uint timestepno);
ts_bool write_master_xml_file(ts_char *filename);
ts_vesicle *parsetape(ts_uint *mcsweeps, ts_uint *inititer, ts_uint *iterations);
ts_tape *parsetape(char *filename);
ts_bool tape_free(ts_tape *tape);

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle);
ts_vesicle *restore_state();
ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration);
ts_vesicle *restore_state(ts_uint *iteration);
#endif

 src/main.c

@@ -19,67 +19,38 @@
*/

int main(int argv, char *argc[]){
ts_uint inititer,mcsweeps, iterations;
ts_vesicle *vesicle, *vesicle1;
/* THIS SHOULD GO INTO UNIT TEST
ts_bool retval;
    ts_vertex_list *vlist=init_vertex_list(5);
ts_vertex_list *vlist1;
ts_bond_list *blist=init_bond_list();
ts_triangle_list *tlist=init_triangle_list();
ts_cell_list *clist=init_cell_list(3,3,3,0.3);
    ts_vesicle *vesicle;
    ts_tape *tape;
    ts_uint start_iteration=0;
    parse_args(argv,argc); // sets global variable command_line_args (defined in io.h)
    ts_fprintf(stdout,"Starting program...\n\n");
    if(force_from_tape){
        ts_fprintf(stdout,"************************************************\n");
        ts_fprintf(stdout,"**** Generating initial geometry from tape *****\n");
        ts_fprintf(stdout,"************************************************\n\n");
        tape=parsetape("tape");
        vesicle=create_vesicle_from_tape(tape);
    } else {

retval=vtx_add_cneighbour(blist,vlist->vtx[1],vlist->vtx[0]);
if(retval==TS_FAIL) printf("1. already a member or vertex is null!\n");
        ts_fprintf(stdout,"**********************************************************************\n");
        ts_fprintf(stdout,"**** Recreating vesicle from dump file and continuing simulation *****\n");
        ts_fprintf(stdout,"**********************************************************************\n\n");
        tape=parsetape("tape");
        vesicle=restore_state(&start_iteration);

retval=vtx_add_neighbour(vlist->vtx[0],vlist->vtx[1]);
if(retval==TS_FAIL) printf("2. already a member or vertex is null!\n");
fprintf(stderr,"Was here");
retval=vtx_remove_neighbour(vlist->vtx[1],vlist->vtx[0]);
vtx_add_neighbour(vlist->vtx[0],vlist->vtx[1]);
fprintf(stderr,"Was here too!\n");
        if(command_line_args.reset_iteration_count) start_iteration=0;
        else start_iteration++;

vlist->vtx[0]->x=1.0;
vlist->vtx[0]->x=1.1;
vlist1=vertex_list_copy(vlist);
bond_add(blist, vlist->vtx[1],vlist->vtx[0]);
triangle_add(tlist,vlist->vtx[1],vlist->vtx[2],vlist->vtx[3]);
        if(start_iteration>=tape->iterations){
            ts_fprintf(stdout, "Simulation already completed. if you want to rerun it try with --force-from-tape or --reset-iteration-count\n\n");
            return 0;
        }
    }

triangle_add(tlist,vlist->vtx[1],vlist->vtx[2],vlist->vtx[3]);

printf("Cell idx=1 has vertices=%u\n",clist->cell[0]->nvertex);
cell_add_vertex(clist->cell[0], vlist->vtx[0]);
printf("Cell idx=1 has vertices=%u\n",clist->cell[0]->nvertex);
printf("Cell idx=1 has vertex[0] has x coordinate=%e\n",clist->cell[0]->vertex[0]->x);
cell_list_cell_occupation_clear(clist);
printf("Cell idx=1 has vertices=%u\n",clist->cell[0]->nvertex);
cell_add_vertex(clist->cell[0], vlist->vtx[0]);


triangle_list_free(tlist);
bond_list_free(blist);
vtx_list_free(vlist);
cell_list_free(clist);

vtx_list_free(vlist1);
printf("Tests complete.\n");
*/
vesicle1=parsetape(&mcsweeps, &inititer, &iterations);

/*Testing */
//vesicle->poly_list=init_poly_list(1400,20,vesicle->vlist);

//poly_list_free(vesicle->poly_list);
/*End testing*/

dump_state(vesicle1);

vesicle=restore_state();
//vesicle_free(vesicle1);
run_simulation(vesicle1, mcsweeps, inititer, iterations);
    run_simulation(vesicle, tape->mcsweeps, tape->inititer, tape->iterations, start_iteration);
write_master_xml_file("test.pvd");
write_dout_fcompat_file(vesicle,"dout");
vesicle_free(vesicle);

    tape_free(tape);
return 0; //program finished perfectly ok. We return 0.
} 

 src/tape

@@ -1,16 +1,22 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
# dmax is the max. bond length 
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# bending rigidity of the membrane 
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=25.0
# max step size 
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15

# Pressure calculations
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units l_min^3/kT):
pressure=0.0

####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=2
npoly=20
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
@@ -24,11 +30,11 @@

####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=5000
mcsweeps=500
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=1
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=10000
iterations=10


#shut up if we are using cluster!!!

 src/timestep.c

@@ -9,19 +9,20 @@
#include "frame.h"
#include "io.h"

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations){
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
    ts_uint i, j;

    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
    for(i=0;i<inititer+iterations;i++){
    if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
    for(i=start_iteration;i<inititer+iterations;i++){
        for(j=0;j<mcsweeps;j++){
            single_timestep(vesicle);
        }
        centermass(vesicle);
        cell_occupation(vesicle);
        ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
            dump_state(vesicle,i);
        if(i>inititer){
            write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
        }

 src/timestep.h

@@ -1,5 +1,5 @@
#ifndef _TIMESTEP_H
#define _TIMESTEP_H
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle);
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations);
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_simulation);
#endif

 src/triangle.c

@@ -150,6 +150,7 @@
//    fprintf(stderr,"*** tria_number=%d\n",tria->neigh_no);
    tria->neigh=(ts_triangle **)realloc(tria->neigh,tria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(tria->neigh == NULL){
        fprintf(stderr,"Ooops: tria->neigh_no=%d\n",tria->neigh_no);
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in triangle_remove_neighbour",100);
    }
/* we repeat the procedure for neighbour */
@@ -168,6 +169,7 @@
//    fprintf(stderr,"*** ntria_number=%d\n",ntria->neigh_no);
    ntria->neigh=(ts_triangle **)realloc(ntria->neigh,ntria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(ntria->neigh == NULL){
        fprintf(stderr,"Ooops: ntria->neigh_no=%d\n",ntria->neigh_no);
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in triangle_remove_neighbour",100);
    }
    return TS_SUCCESS;

 src/vertexmove.c

@@ -18,7 +18,7 @@
    ts_double dist;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_double delta_energy,oenergy,dvol=0.0;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
    //This will hold all the information of vtx and its neighbours
    ts_vertex backupvtx[20];
@@ -83,7 +83,9 @@
    memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }


    if(vesicle->pswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol-=vtx->tristar[i]->volume;
    };

    delta_energy=0;
    //update the normals of triangles that share bead i.
@@ -97,6 +99,12 @@
        energy_vertex(vtx->neigh[i]);
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    }

    if(vesicle->pswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol+=vtx->tristar[i]->volume;
        delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
    };

/* No poly-bond energy for now!
    if(vtx->grafted_poly!=NULL){
        delta_energy+=