Merge branch 'paraview'. This enables view of triangles in paraview.

Samo Penic

2016-07-03 bfa6c4d2d234dac214ae05855669844255a32979

Merge branch 'paraview'. This enables view of triangles in paraview.

Conflicts:
	src/io.c

 src/io.c

@@ -861,7 +861,7 @@
    fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n");
    xml_trisurf_data(fh,vesicle);
    fprintf(fh, " <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1)+vesicle->tlist->n);
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
       for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u ",vtx[i]->idx);
@@ -940,17 +940,24 @@
        }

    }

    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u %u %u\n", vesicle->tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, vesicle->tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, vesicle->tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
    }
    fprintf(fh,"</DataArray>\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"offsets\" format=\"ascii\">");
    for (i=2;i<(blist->n+monono*polyno+(fonono-1)*filno)*2+1;i+=2){
    fprintf(fh,"%u ",i);
    }
    for(j=i+1;j<i+3*(vesicle->tlist->n);j+=3){ //let's continue counting from where we left of
        fprintf(fh,"%u ", j);
    }
    fprintf(fh,"\n");
    fprintf(fh,"</DataArray>\n<DataArray type=\"UInt8\" Name=\"types\" format=\"ascii\">\n");
     for (i=0;i<blist->n+monono*polyno+fonono*filno;i++){
     for (i=0;i<blist->n+monono*polyno+(fonono-1)*filno;i++){
        fprintf(fh,"3 ");
    }

    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"5 ");
    }
    fprintf(fh,"</DataArray>\n</Cells>\n</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n");
    fclose(fh);
    return TS_SUCCESS;

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
nshell=5
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -21,30 +21,30 @@
constvolprecision=1e-14

#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=2
constareaswitch=0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=3
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=2
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=2
nfil=0
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
nfono=3
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=0

####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
R_nucleus=0
R_nucleusX=6.0
R_nucleusY=12.0
R_nucleusZ=6.0
R_nucleusX=0
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60