step in rewritting

Samo Penic

2013-11-30 bba37cf9e0441224abc24f67d468a5bafbe8ab3c

step in rewritting

 src/general.h

@@ -61,6 +61,11 @@
*/
#define TS_DOUBLE_DOUBLE

/** @brief Constant defines the size by which vertex_list expands at once, so expansion is not needed each time new data arrives. Also
 * vlist will be decreased by same steps.
 */
#define TS_VLIST_CHUNK 6

/** For the purpose of greater flexibility all data types used in the program
 *  shouldn't use standard C types, but should use types defined here.
 *    ts_int (uses int)
@@ -127,6 +132,7 @@




/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it

 src/vertex.c

@@ -8,12 +8,11 @@

ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){    
    ts_int i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_list));
    
    if(N==0){
        err("Initialized vertex list with zero elements. Pointer set to NULL");
        vlist->n=0;
        vlist->vtx=NULL;
        vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(1,sizeof(ts_vertex *)); /*Allocate one memory space for vlist anyway */
        return vlist;
    }
    
@@ -23,17 +22,7 @@
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;

    /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
/*    for(i=0;i<l;i++){
        vlist->vtx[i]->Ylm[i]=(ts_double **)calloc(2*i+1,sizeof(ts_double *));
        for(j=0;j<(2*i+1);j++){
            clist->vtx[i]->Ylm[i][j]=(ts_double *)calloc(sizeof(ts_double));
        }
    }
*/


    }
    vlist->n=N;
    return vlist;
@@ -52,7 +41,7 @@
        }
        vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
    }
    vlist->vtx[n]=vtx;
    vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
    vlist->n++;
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -65,9 +54,10 @@
#ifdef DEBUG
    if(vtx==NULL || vlist==NULL) return TS_FAIL;
#endif
    ts_uint i;
    for(i=0; i<vlist->n;i++){
        if(vlist->vtx[i]==vtx){
            vlist->vtx[i]=vlist->vtx[n-1];
            vlist->vtx[i]=vlist->vtx[vlist->n-1];
            vlist->n--;
            if(vlist->list_size-vlist->n > TS_VLIST_CHUNK){
                vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size-TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
@@ -80,63 +70,6 @@
        }
    }
    return TS_FAIL;
}


ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
    ts_uint i;
    /* no neighbour can be null! */
    if(vtx==NULL || nvtx==NULL) return TS_FAIL;
    
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<vtx->neigh->n;i++){
        if(vtx->neigh->vtx[i]==nvtx) return TS_FAIL;
    }
    ts_uint nn=++vtx->neigh->n;
    vtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->neigh[nn-1]=nvtx;

    return TS_SUCCESS;
}

/* TODO: optimize this. test this. */
ts_bool vtx_remove_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
//        fprintf(stderr,"neigh_addr=%ld\n", (long)vtx->neigh[i]);
        if(vtx->neigh[i]!=nvtx){
            vtx->neigh[j]=vtx->neigh[i];
            j++;
        }
    }
//    fprintf(stderr,"remove_neighbour: vtx1_addr=%ld, vtx2_addr=%ld\n",(long)vtx,(long)nvtx);
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->neigh_no--;
    vtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(vtx->neigh == NULL && vtx->neigh_no!=0)
        fatal("(1) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);
//fprintf(stderr,"first alloc");
/* repeat for the neighbour */
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    j=0;
    for(i=0;i<nvtx->neigh_no;i++){
        if(nvtx->neigh[i]!=vtx){
            nvtx->neigh[j]=nvtx->neigh[i];
            j++;
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming. */
//    fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    nvtx->neigh_no--;
            nvtx->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->neigh,nvtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
//    fprintf(stderr,"Neigbours=%d\n",nvtx->neigh_no);
    if(nvtx->neigh == NULL && nvtx->neigh_no!=0)
        fatal("(2) Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

    return TS_SUCCESS;
}


@@ -158,12 +91,13 @@
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1,vtx2);
  //  retval=vtx_add_neighbour(vtx2,vtx1);
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS)
    retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 

    return retval;
}

@@ -247,35 +181,6 @@
}


/* Insert neighbour is a function that is required in bondflip. It inserts a
 * neighbour exactly in the right place. */
inline ts_bool vtx_insert_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx, ts_vertex *vtxm){
//nvtx is a vertex that is to be inserted after vtxm!
        ts_uint i,j,midx;
        vtx->neigh_no++;
        if(vtxm==NULL ||  nvtx==NULL || vtx==NULL)
                fatal("vertex_insert_neighbour: one of pointers has been zero.. Cannot proceed.",3);
        //We need to reallocate space! The pointer *neight must be zero if not having neighbours jey (if neigh_no was 0 at thime of calling
        vtx->neigh=realloc(vtx->neigh,vtx->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
        if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_insert_neighbour",3);
        }
        midx=0;
        for(i=0;i<vtx->neigh_no-1;i++) if(vtx->neigh[i]==vtxm) {midx=i; break;}
     //   fprintf(stderr,"midx=%d, vseh=%d\n",midx,vtx->neigh_no-2);
        if(midx==vtx->neigh_no-2) {
            vtx->neigh[vtx->neigh_no-1]=nvtx;
        } else {
            for(j=vtx->neigh_no-2;j>midx;j--) {
                vtx->neigh[j+1]=vtx->neigh[j];
//                vtx->bond_length[j+1]=vtx->bond_length[j];
//                vtx->bond_length_dual[j+1]=vtx->bond_length_dual[j];
            }
            vtx->neigh[midx+1]=nvtx;
        }
    return TS_SUCCESS;
}


/* vtx remove tristar is required in  bondflip. */
/* TODO: Check whether it is important to keep the numbering of tristar
@@ -305,7 +210,6 @@
ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->neigh=NULL;
    cvtx->neigh_no=0;
    cvtx->tristar_no=0;
    cvtx->bond_no=0;
    cvtx->tristar=NULL;

 src/vertex.h

@@ -14,17 +14,17 @@
 *    @returns ts_bool value 1 on success, 0 otherwise
*/
ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N);
ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx);
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2);
ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx);
ts_bool vertex_list_remove_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx);
ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist,ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2);
ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2);
ts_bool vtx_remove_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx);

ts_bool vtx_free(ts_vertex *vtx);
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist);
inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2);
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle);
inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3);
inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem);
inline ts_bool vtx_insert_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx, ts_vertex *vtxm);
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar);
ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx,ts_vertex *ovtx);
ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx);