Added capability to decrease number of poly in tape and random polymeres ar...

Samo Penic

2014-09-03 a752b502e11eababc1bae73434b9dde9380c0c59

Added capability to decrease number of poly in tape and random polymeres are removed from the vesicle in dump aswell.

 src/main.c

@@ -73,6 +73,20 @@
            ts_fprintf(stdout, "Simulation already completed. if you want to rerun it try with --force-from-tape or --reset-iteration-count\n\n");
            return 0;
        }

    /* if requested in tape, we can have smaller number of polymeres attached to membrane than the number of polymeres in dump file */
        if(vesicle->tape->npoly != vesicle->poly_list->n){

        ts_fprintf(stdout,"(INFO) the number of polymeres attached to membrane in tape is different than a number of polymeres in dump file!\n");
        if(vesicle->tape->npoly > vesicle->poly_list->n){
            ts_fprintf(stdout,"(INFO) It is possible to decrease the number of polymeres on the membrane, but it is not allowed to increase its number. The maximal allowed number in tape is %d The execution of program will terminate!\n",vesicle->poly_list->n);
            fatal("Terminating due to increase of number of polymeres",1);
        } else {
            remove_random_polymeres(vesicle->poly_list, vesicle->poly_list->n - vesicle->tape->npoly);
            ts_fprintf(stdout,"(INFO)\n(INFO) The new number of polymeres from tape is %d.\n\n",vesicle->poly_list->n);

        }
        }
    }

    run_simulation(vesicle, tape->mcsweeps, tape->inititer, tape->iterations, start_iteration);

 src/poly.c

@@ -61,7 +61,7 @@

    // Grafting polymers:
    if (vlist!=NULL){
        if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
        if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger than numbero f vertices on a vesicle.",310);}
    
        while(i<n_poly){
            gvtxi = rand() % vlist->n;
@@ -172,3 +172,42 @@
    
    return TS_SUCCESS;
}


ts_poly *remove_poly_with_index(ts_poly_list *poly_list, ts_uint idx){
    ts_uint i;
    ts_poly *removed_poly=poly_list->poly[idx];

    poly_list->n--; //decrease the total number of polymeres
    for(i=idx;i<poly_list->n;i++){ //move the rest of the polymeres up.
        poly_list->poly[i]=poly_list->poly[i+1];
//        poly_list->poly[idx]->idx=idx;
    }
	
    return removed_poly;
}


ts_bool remove_random_polymeres(ts_poly_list *poly_list, ts_uint number){

    ts_uint i, idx;
    ts_poly *poly;

    ts_poly **new_poly_array;
    if(number>poly_list->n) fatal("The number of polymeres to be removed from the list is greater than the number of total polymeres in the list",999);
    for(i=number;i>0;i--){
        idx=rand() % poly_list->n;
        poly=remove_poly_with_index(poly_list, idx);
        poly_free(poly);
    }
    printf("Addr before %ld\n", (long)poly_list->poly);
    new_poly_array=(ts_poly **)calloc(poly_list->n,sizeof(ts_poly *));
    for(i=0;i<poly_list->n;i++){
        new_poly_array[i]=poly_list->poly[i];
    }
    free(poly_list->poly);
    poly_list->poly=new_poly_array;
    printf("Addr after %ld\n", (long)poly_list->poly);
    return TS_SUCCESS;
}


 src/poly.h

@@ -16,4 +16,6 @@

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape);

ts_poly *remove_poly_with_index(ts_poly_list *poly_list, ts_uint idx);
ts_bool remove_random_polymeres(ts_poly_list *poly_list, ts_uint number);
#endif

 src/tape

@@ -23,7 +23,7 @@

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
npoly=500
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer