Did major change in vesicle datastructure. Added tape information into vesi...

Samo Penic

2014-04-28 9166cbcd0e28d61a69646911af35bb7895ff9203

Did major change in vesicle datastructure. Added tape information into vesicle. This means the dump files will be broken each time tape structure changes. Beware.

 src/general.h

@@ -249,6 +249,38 @@



typedef struct {
    long int nshell;
    long int ncxmax;
    long int ncymax;
    long int nczmax;
    long int npoly;
    long int nmono;
    long int nfil;
    long int nfono;
    long int R_nucleus;
    long int pswitch;
    long int constvolswitch;
        char *multiprocessing;
       long int brezveze0;
        long int brezveze1;
        long int brezveze2;
        ts_double xk0;
    ts_double dmax;
    ts_double dmin_interspecies;
    ts_double stepsize;
    ts_double kspring;
    ts_double xi;
    ts_double pressure;
    long int iterations;
    long int inititer;
    long int mcsweeps;
    long int quiet;
    long int shc;
} ts_tape;




typedef struct {
    ts_vertex_list *vlist;
@@ -270,7 +302,7 @@
    ts_double spring_constant;
    ts_double pressure;
    ts_int pswitch;

    ts_tape *tape;
    ts_double R_nucleus;

} ts_vesicle;

 src/initial_distribution.c

@@ -42,6 +42,7 @@
    ts_vertex *vtx;

    vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
    vesicle->tape=tape;
    // Nucleus:
    vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus*tape->R_nucleus;


 src/io.c

@@ -170,7 +170,8 @@
*/

    fwrite(vesicle->clist, sizeof(ts_cell_list),1,  fh);
	
/* write tape information on vesicle */
    fwrite(vesicle->tape,sizeof(ts_tape),1,fh);
    fwrite(&iteration, sizeof(ts_uint),1,fh);
    fclose(fh);
    return TS_SUCCESS;
@@ -428,6 +429,9 @@
            vesicle->clist->cell[i]->idx=i+1; // We enumerate cells! Probably never required!
        }

//recreating stored tape information//
    vesicle->tape=(ts_tape *)malloc(sizeof(ts_tape));
    retval=fread(vesicle->tape, sizeof(ts_tape),1,fh);
    retval=fread(iteration,sizeof(ts_uint),1,fh);
    if(retval); 
    fclose(fh);
@@ -973,6 +977,7 @@
    CFG_SIMPLE_FLOAT("dmin_interspecies", &tape->dmin_interspecies),
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
    CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
    CFG_SIMPLE_INT("constvolswitch",&tape->constvolswitch),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
    CFG_SIMPLE_FLOAT("xi",&tape->xi),

 src/io.h

@@ -10,35 +10,6 @@


typedef struct {
    long int nshell;
    long int ncxmax;
    long int ncymax;
    long int nczmax;
    long int npoly;
    long int nmono;
    long int nfil;
    long int nfono;
    long int R_nucleus;
    long int pswitch;
        char *multiprocessing;
       long int brezveze0;
        long int brezveze1;
        long int brezveze2;
        ts_double xk0;
    ts_double dmax;
    ts_double dmin_interspecies;
    ts_double stepsize;
    ts_double kspring;
    ts_double xi;
    ts_double pressure;
    long int iterations;
    long int inititer;
    long int mcsweeps;
    long int quiet;
    long int shc;
} ts_tape;

typedef struct{
    ts_int force_from_tape;
    ts_int reset_iteration_count;
    char path[1024]; //path where all files should be added

 src/main.c

@@ -51,6 +51,8 @@
        vesicle->pressure=tape->pressure;
        vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax;
        poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);
        tape_free(vesicle->tape);
        vesicle->tape=tape;
        vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
        /* spherical harmonics */
        if(tape->shc>0){

 src/tape

@@ -16,6 +16,11 @@
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable)
constvolswitch=1



####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0

 src/vertexmove.c

@@ -9,6 +9,7 @@
#include "timestep.h"
#include "cell.h"
//#include "io.h"
#include "io.h"
#include<stdio.h>
#include "vertexmove.h"
#include <string.h>
@@ -90,7 +91,7 @@
    memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
    }

    if(vesicle->pswitch == 1){
    if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol-=vtx->tristar[i]->volume;
    };

@@ -107,9 +108,9 @@
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    }

    if(vesicle->pswitch == 1){
    if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol+=vtx->tristar[i]->volume;
        delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
        if(vesicle->pswitch == 1) delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
    };

/* No poly-bond energy for now!