First attempt to add additional info to the vtu files as formatted xml. Peg...

Samo Penic

2016-02-15 854cb6571e100b4259ca70861a226a0d8a14c2c1

First attempt to add additional info to the vtu files as formatted xml. Pegs are still missing, however the vesicle is done

 aclocal.m4

@@ -180,61 +180,6 @@
fi[]dnl
])# PKG_CHECK_MODULES


# PKG_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable pkgconfigdir as the location where a module
# should install pkg-config .pc files. By default the directory is
# $libdir/pkgconfig, but the default can be changed by passing
# DIRECTORY. The user can override through the --with-pkgconfigdir
# parameter.
AC_DEFUN([PKG_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${libdir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([pkgconfigdir], [$with_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_INSTALLDIR


# PKG_NOARCH_INSTALLDIR(DIRECTORY)
# -------------------------
# Substitutes the variable noarch_pkgconfigdir as the location where a
# module should install arch-independent pkg-config .pc files. By
# default the directory is $datadir/pkgconfig, but the default can be
# changed by passing DIRECTORY. The user can override through the
# --with-noarch-pkgconfigdir parameter.
AC_DEFUN([PKG_NOARCH_INSTALLDIR],
[m4_pushdef([pkg_default], [m4_default([$1], ['${datadir}/pkgconfig'])])
m4_pushdef([pkg_description],
    [pkg-config arch-independent installation directory @<:@]pkg_default[@:>@])
AC_ARG_WITH([noarch-pkgconfigdir],
    [AS_HELP_STRING([--with-noarch-pkgconfigdir], pkg_description)],,
    [with_noarch_pkgconfigdir=]pkg_default)
AC_SUBST([noarch_pkgconfigdir], [$with_noarch_pkgconfigdir])
m4_popdef([pkg_default])
m4_popdef([pkg_description])
]) dnl PKG_NOARCH_INSTALLDIR


# PKG_CHECK_VAR(VARIABLE, MODULE, CONFIG-VARIABLE,
# [ACTION-IF-FOUND], [ACTION-IF-NOT-FOUND])
# -------------------------------------------
# Retrieves the value of the pkg-config variable for the given module.
AC_DEFUN([PKG_CHECK_VAR],
[AC_REQUIRE([PKG_PROG_PKG_CONFIG])dnl
AC_ARG_VAR([$1], [value of $3 for $2, overriding pkg-config])dnl

_PKG_CONFIG([$1], [variable="][$3]["], [$2])
AS_VAR_COPY([$1], [pkg_cv_][$1])

AS_VAR_IF([$1], [""], [$5], [$4])dnl
])# PKG_CHECK_VAR

# Copyright (C) 2002-2013 Free Software Foundation, Inc.
#
# This file is free software; the Free Software Foundation
@@ -318,9 +263,10 @@
# configured tree to be moved without reconfiguration.

AC_DEFUN([AM_AUX_DIR_EXPAND],
[AC_REQUIRE([AC_CONFIG_AUX_DIR_DEFAULT])dnl
# Expand $ac_aux_dir to an absolute path.
am_aux_dir=`cd "$ac_aux_dir" && pwd`
[dnl Rely on autoconf to set up CDPATH properly.
AC_PREREQ([2.50])dnl
# expand $ac_aux_dir to an absolute path
am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
])

# AM_CONDITIONAL                                            -*- Autoconf -*-
@@ -787,8 +733,7 @@
END
    AC_MSG_ERROR([Your 'rm' program is bad, sorry.])
  fi
fi
])
fi])

dnl Hook into '_AC_COMPILER_EXEEXT' early to learn its expansion.  Do not
dnl add the conditional right here, as _AC_COMPILER_EXEEXT may be further

 src/Makefile.am

@@ -1,5 +1,5 @@
bin_PROGRAMS = trisurf
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c
trisurf_SOURCES = general.c vertex.c bond.c triangle.c cell.c vesicle.c initial_distribution.c io.c dumpstate.c frame.c energy.c timestep.c vertexmove.c bondflip.c main.c poly.c stats.c sh.c shcomplex.c constvol.c snapshot.c
AM_CFLAGS = -Wall -Werror
AM_CPPFLAGS = ${libxml2_CFLAGS}
trisurf_LDADD = ${libcurl_LIBS} ${libxml2_LIBS}

 src/energy.c

@@ -48,7 +48,7 @@
 *  Main function that calculates energy of the vertex \f$i\f$. Nearest neighbors (NN) must be ordered in counterclockwise direction for this function to work.
 *  Firstly NNs that form two neighboring triangles are found (\f$j_m\f$, \f$j_p\f$ and common \f$j\f$). Later, the scalar product of vectors \f$x_1=(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$, \f$x_2=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot  (\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\f$  and \f$x_3=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$  are calculated. From these three vectors the \f$c_{tp}=\frac{1}{\tan(\varphi_p)}\f$ is calculated, where \f$\varphi_p\f$ is the inner angle at vertex \f$j_p\f$. The procedure is repeated for \f$j_m\f$ instead of \f$j_p\f$ resulting in \f$c_{tn}\f$.
 *  
 \f{tikzpicture}{
\begin{tikzpicture}{
\coordinate[label=below:$i$] (i) at (2,0);
\coordinate[label=left:$j_m$] (jm) at (0,3.7);
\coordinate[label=above:$j$] (j) at (2.5,6.4);
@@ -74,7 +74,7 @@
\draw [fill=white] (jp) circle (0.1);
\draw [fill=white] (jm) circle (0.1);
%\node[draw,circle,fill=white] at (i) {};
\f}
\end{tikzpicture}

 * The curvature is then calculated as \f$\mathbf{h}=\frac{1}{2}\Sigma_{k=0}^{\mathrm{neigh\_no}} c_{tp}^{(k)}+c_{tm}^{(k)} (\mathbf{j_k}-\mathbf{i})\f$, where \f$c_{tp}^{(k)}+c_{tm}^k=2\sigma^{(k)}\f$ (length in dual lattice?) and the previous equation can be written as \f$\mathbf{h}=\Sigma_{k=0}^{\mathrm{neigh\_no}}\sigma^{(k)}\cdot(\mathbf{j}-\mathbf{i})\f$ (See Kroll, p. 384, eq 70).
 *

 src/io.c

@@ -15,6 +15,7 @@
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <snapshot.h>
/** DUMP STATE TO DISK DRIVE **/

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration){
@@ -824,7 +825,9 @@
        }
    }

    fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n");
    xml_trisurf_data(fh,vesicle);
    fprintf(fh, " <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
       for(i=0;i<vlist->n;i++){

 src/snapshot.c

New file
@@ -0,0 +1,67 @@
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
    xml_trisurf_header(fh, vesicle);
    xml_trisurf_tria(fh,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_tria_neigh(fh,vesicle->tlist);
    xml_trisurf_vtx_neigh(fh,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_vtx_tristar(fh,vesicle->vlist);
    xml_trisurf_footer(fh);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
    fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, vesicle->poly_list->n, vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n);
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_footer(FILE *fh){
    fprintf(fh, "</trisurf>\n");
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
    ts_uint i;
    fprintf(fh,"<tria>\n");
    for(i=0; i<tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
    }
    fprintf(fh,"</tria>\n");
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
    ts_uint i;
    fprintf(fh,"<trianeigh>\n");
    for(i=0; i<tlist->n;i++){
        fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
    }
    fprintf(fh,"</trianeigh>\n");
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
    ts_uint i,j;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
            fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
        }
        fprintf(fh, "</vtxn>\n");
    }
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
    ts_uint i,j;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        fprintf(fh,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
        for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
            fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
        }
        fprintf(fh, "</tristar>\n");
    }
    return TS_SUCCESS;
}


 src/snapshot.h

New file
@@ -0,0 +1,11 @@
#ifndef _H_SNAPSHOT
#define _H_SNAPSHOT

ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle);
ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle);
ts_bool xml_trisurf_footer(FILE *fh);
ts_bool xml_trisurf_tria(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist);
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist);
#endif

 src/snapshot.o

Binary files differ

 src/tape

@@ -25,7 +25,7 @@

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
npoly=10
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer