Command line tape options, directories and files are parsed correctly. Comm...

Samo Penic

2014-09-11 7b0c077e18af45b1312c35aa52efb0211d1378c5

Command line tape options, directories and files are parsed correctly. Command line tape works.

 src/io.c

@@ -1,7 +1,6 @@
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "io.h"
#include <confuse.h>
#include "vertex.h"
#include "bond.h"
#include<string.h>
@@ -437,9 +436,9 @@
    int c, retval;
    struct stat sb;
    sprintf(command_line_args.path, "./"); //clear string;
    sprintf(command_line_args.output_fullfilename,"./output.pvd");
    sprintf(command_line_args.dump_fullfilename,"./dump.bin");
    sprintf(command_line_args.tape_fullfilename,"./tape");
    sprintf(command_line_args.output_fullfilename,"output.pvd");
    sprintf(command_line_args.dump_fullfilename,"dump.bin");
    sprintf(command_line_args.tape_fullfilename,"tape");
            FILE *file;
    
while (1)
@@ -452,12 +451,13 @@
           {"output-file",  required_argument, 0, 'o'},
           {"directory",  required_argument, 0, 'd'},
           {"dump-filename", required_argument,0, 'f'},
           {"tape-options",required_argument,0,'c'},
           {0, 0, 0, 0}
         };
       /* getopt_long stores the option index here. */
       int option_index = 0;

       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:",
       c = getopt_long (argc, argv, "d:f:o:t:c:",
                        long_options, &option_index);

       /* Detect the end of the options. */
@@ -476,25 +476,14 @@
           printf ("\n");
           break;

         case 't':
            //check if tape exists. If not, fail immediately.
            if (stat(optarg, &sb) == -1) {
                ts_fprintf(stderr,"Tape '%s' does not exist!\n",optarg);
                fatal("Please select correct tape",1);
            } else {
         case 'c':
              strcpy(command_line_args.tape_opts,optarg);
            break;
         case 't': //tape
                strcpy(command_line_args.tape_fullfilename,optarg);
            }
           break;

         case 'o':
            //set filename of master output file
            if ((file = fopen(optarg, "w")) == NULL) {
                fprintf(stderr,"Could not create output file!\n");
                fatal("Please specify correct output file",1);
                
            } else {
                fclose(file);
            }
         case 'o':  //set filename of master pvd output file
            strcpy(command_line_args.output_fullfilename, optarg);
            break;

@@ -519,14 +508,6 @@
           break;

        case 'f':
            //check if dump file specified exists. Defaults to dump.bin
            if ((file = fopen(optarg, "w")) == NULL) {
                fprintf(stderr,"Could not create dump file!\n");
                fatal("Please specify correct dump file",1);
                
            } else {
                fclose(file);
            }
            strcpy(command_line_args.dump_fullfilename, optarg);
            break;

@@ -542,6 +523,53 @@
         }
     }

//Here we set correct values for full filenames!
    char *buffer=(char *)malloc(10000*sizeof(char));
    //correct the path and add trailing /
    if(command_line_args.path[strlen(command_line_args.path)-1]!='/') strcat(command_line_args.path,"/");
   
/* master pvd output file */ 
    strcpy(buffer,command_line_args.path);
    strcat(buffer,command_line_args.output_fullfilename);
    if ((file = fopen(buffer, "w")) == NULL) {
                fprintf(stderr,"Could not create output file %s!\n", buffer);
                fatal("Please specify correct output file or check permissions of the file",1);
                
            } else {
                fclose(file);
                strcpy(command_line_args.output_fullfilename,buffer);
            }

/* tape file */
    strcpy(buffer,command_line_args.path);
    strcat(buffer,command_line_args.tape_fullfilename);
    if (stat(buffer, &sb) == -1) {
                ts_fprintf(stderr,"Tape '%s' does not exist!\n",buffer);
                fatal("Please select correct tape or check permissions of the file",1);
            } else {
                strcpy(command_line_args.tape_fullfilename,buffer);
            }


/* dump file */
            strcpy(buffer,command_line_args.path);
            strcat(buffer,command_line_args.dump_fullfilename);
            //check if dump file exist first.
            if (stat(buffer, &sb) == -1) {
                //no dump file. check if we can create one.
                if ((file = fopen(buffer, "w")) == NULL) {
                    fprintf(stderr,"Could not create dump file '%s'!\n",buffer);
                    fatal("Please specify correct dump file or check permissions of the file",1);
                } else {
                    fclose(file);
                    //good, file is writeable. delete it for now.
                    remove(buffer);
                }
            }
            strcpy(command_line_args.dump_fullfilename, buffer);


    free(buffer);
    return TS_SUCCESS;

}
@@ -949,15 +977,8 @@


ts_tape *parsetape(char *filename){
  //  long int nshell=17,ncxmax=60, ncymax=60, nczmax=60, npoly=10, nmono=20, pswitch=0;  // THIS IS DUE TO CONFUSE BUG!
    ts_tape *tape=(ts_tape *)calloc(1,sizeof(ts_tape));
    tape->multiprocessing=calloc(255,sizeof(char));
  /*  long int brezveze0=1;
    long int brezveze1=1;
    long int brezveze2=1;
    ts_double xk0=25.0, dmax=1.67,stepsize=0.15,kspring=800.0,pressure=0.0;
    long int iter=1000, init=1000, mcsw=1000;
*/	

    cfg_opt_t opts[] = {
        CFG_SIMPLE_INT("nshell", &tape->nshell),
@@ -1001,6 +1022,8 @@
    fatal("Invalid tape!",100);
    }

    /* here we override all values read from tape with values from commandline*/
    getcmdline_tape(cfg,command_line_args.tape_opts);
    cfg_free(cfg);


@@ -1016,6 +1039,65 @@
}



ts_bool getcmdline_tape(cfg_t *cfg, char *opts){

    char *commands, *backup, *saveptr, *saveopptr, *command, *operator[2];
    ts_uint i,j;
    commands=(char *)malloc(10000*sizeof(char));
    backup=commands; //since the pointer to commands will be lost, we acquire a pointer that will serve as backup.
    strcpy(commands,opts);
    for(i=0; ;i++, commands=NULL){
        //breaks comma separated list of commands into specific commands.
        command=strtok_r(commands,",",&saveptr);	
        if(command==NULL) break;
//        fprintf(stdout,"Command %d: %s\n",i,command);	
        //extracts name of command and value of command into operator[2] array.
        for(j=0; j<2;j++,command=NULL){
            operator[j]=strtok_r(command,"=",&saveopptr);
            if(operator[j]==NULL) break;
//            fprintf(stdout," ---> Operator %d: %s\n",j,operator[j]);		
        }
        //1. check: must have 2 operators.
        if(j!=2) fatal("Error. Command line tape options are not formatted properly",1);

    //    cfg_setstr(cfg,operator[0],operator[1]);
        cmdline_to_tape(cfg,operator[0],operator[1]);
        //2. check: must be named properly.
        //3. check: must be of right format (integer, double, string, ...)
        
    }
    free(backup);
    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool cmdline_to_tape(cfg_t *cfg, char *key, char *val){

    cfg_opt_t *cfg_opt=cfg_getopt(cfg,key);
    if(cfg_opt==NULL) fatal("Commandline tape option not recognised",1); //return TS_FAIL; 
    switch (cfg_opt->type){
        case CFGT_INT:
            cfg_setint(cfg,key,atol(val));
            break;
        case CFGT_FLOAT:
            cfg_setfloat(cfg,key,atof(val));
            break;
/*        case CFGT_BOOL:
            cfg_setbool(cfg,operator[0],operator[1]);
            break; */
        case CFGT_STR:
            cfg_setstr(cfg,key,val);
            break;
        default:
            break;

    }
    return TS_SUCCESS;
}



ts_bool read_geometry_file(char *fname, ts_vesicle *vesicle){
    FILE *fh;
    ts_uint i, nvtx,nedges,ntria;

 src/io.h

@@ -1,13 +1,12 @@
#ifndef _IO_H
#define _IO_H

#include <confuse.h>
/** @ Global variables for I/O operations like filenames etc. */
/*static char mastername[1024];
static char prefixname[1024];
static ts_bool restore=0;
static char tape[1024]; */
int force_from_tape;


typedef struct{
    ts_int force_from_tape;
@@ -16,6 +15,7 @@
    char output_fullfilename[1024]; //name of the master file
    char dump_fullfilename[1024]; //name of the dump file
    char tape_fullfilename[1024]; //name of the tape file
    char tape_opts[1000]; //commandline tape options
} ts_args;

ts_args command_line_args;
@@ -75,6 +75,8 @@

ts_tape *parsetape(char *filename);
ts_bool tape_free(ts_tape *tape);
ts_bool getcmdline_tape(cfg_t *cfg, char *opts);
ts_bool cmdline_to_tape(cfg_t *cfg, char *key, char *val);

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration);
ts_vesicle *restore_state(ts_uint *iteration);

 src/tape

@@ -17,7 +17,7 @@
pressure=0.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=1
constvolswitch=2
constvolprecision=1e-14



 test/parsecmdline.c

@@ -6,13 +6,12 @@

    char *commands, *backup, *saveptr, *saveopptr, *command, *operator[2], *operand;
    int i,j;
    commands=(char *)malloc(10000*sizeof(char));
    backup=commands;
    if(argv!=2){
        fprintf(stderr, "Error. Usage: parsecmdline cmd1=1,cmd2=2,...\n");
        exit(1);
    }

    commands=(char *)malloc(10000*sizeof(char));
    backup=commands;
    strcpy(commands,argc[1]);
    

@@ -37,6 +36,5 @@
    }

    free(backup);

return 0;
    return 0;
}