Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2012-06-07 79fc9ce029be3e91d3249a654f84c7a1ce1ff9ee
spherical harmonics coefficients co fixed and working. Zero based indexing was solved in such a manner, that we allocated more memory that is required by coefficients.
6 files modified
368 ■■■■ changed files
config.log 68 ●●●●● patch | view | raw | blame | history
src/co_test.c 6 ●●●● patch | view | raw | blame | history
src/sh.c 20 ●●●●● patch | view | raw | blame | history
test/Makefile 136 ●●●● patch | view | raw | blame | history
test/Makefile.am 2 ●●●●● patch | view | raw | blame | history
test/Makefile.in 136 ●●●● patch | view | raw | blame | history
config.log
@@ -10,7 +10,7 @@
## Platform. ##
## --------- ##
hostname = natalie
hostname = andromeda
uname -m = x86_64
uname -r = 3.2.0-24-generic
uname -s = Linux
@@ -27,12 +27,6 @@
/usr/bin/oslevel       = unknown
/bin/universe          = unknown
PATH: /home/samo/OpenFOAM/ThirdParty-2.1.x/platforms/linux64Gcc/openmpi-1.5.3/bin
PATH: /home/samo/OpenFOAM/samo-2.1.x/platforms/linux64GccDPOpt/bin
PATH: /home/samo/OpenFOAM/site/2.1.x/platforms/linux64GccDPOpt/bin
PATH: /home/samo/OpenFOAM/OpenFOAM-2.1.x/platforms/linux64GccDPOpt/bin
PATH: /home/samo/OpenFOAM/OpenFOAM-2.1.x/bin
PATH: /home/samo/OpenFOAM/OpenFOAM-2.1.x/wmake
PATH: /home/samo/bin
PATH: /usr/lib/lightdm/lightdm
PATH: /usr/local/sbin
@@ -42,7 +36,6 @@
PATH: /sbin
PATH: /bin
PATH: /usr/games
PATH: /home/samo/arm/gnuarm/bin
## ----------- ##
@@ -281,12 +274,13 @@
  CONFIG_COMMANDS = 
  $ ./config.status 
on natalie
on andromeda
config.status:873: creating Makefile
config.status:873: creating src/Makefile
config.status:873: creating test/Makefile
config.status:873: creating config.h
config.status:1054: config.h is unchanged
config.status:1102: executing depfiles commands
## ---------------- ##
@@ -483,61 +477,7 @@
  CONFIG_COMMANDS = 
  $ ./config.status test/Makefile depfiles
on natalie
on andromeda
config.status:873: creating test/Makefile
config.status:1102: executing depfiles commands
## ---------------------- ##
## Running config.status. ##
## ---------------------- ##
This file was extended by FULL-PACKAGE-NAME config.status VERSION, which was
generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was
  CONFIG_FILES    =
  CONFIG_HEADERS  =
  CONFIG_LINKS    =
  CONFIG_COMMANDS =
  $ ./config.status test/Makefile depfiles
on natalie
config.status:873: creating test/Makefile
config.status:1102: executing depfiles commands
## ---------------------- ##
## Running config.status. ##
## ---------------------- ##
This file was extended by FULL-PACKAGE-NAME config.status VERSION, which was
generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was
  CONFIG_FILES    =
  CONFIG_HEADERS  =
  CONFIG_LINKS    =
  CONFIG_COMMANDS =
  $ ./config.status test/Makefile depfiles
on natalie
config.status:873: creating test/Makefile
config.status:1102: executing depfiles commands
## ---------------------- ##
## Running config.status. ##
## ---------------------- ##
This file was extended by FULL-PACKAGE-NAME config.status VERSION, which was
generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was
  CONFIG_FILES    =
  CONFIG_HEADERS  =
  CONFIG_LINKS    =
  CONFIG_COMMANDS =
  $ ./config.status src/Makefile depfiles
on natalie
config.status:873: creating src/Makefile
config.status:1102: executing depfiles commands
src/co_test.c
@@ -16,9 +16,9 @@
vesicle->sphHarmonics=sph_init(vesicle->vlist, 10);
int i,j;
for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
    for(j=0;j<2*i+1;j++){
    fprintf(stderr,"co(%d,%d)=%f\n",i,j,vesicle->sphHarmonics->co[i][j]);
for(i=1;i<=vesicle->sphHarmonics->l;i++){
    for(j=1;j<=2*i+1;j++){
    fprintf(stderr,"co(%d,%d)=%e\n",i,j,vesicle->sphHarmonics->co[i][j]);
    }
}
src/sh.c
@@ -27,9 +27,10 @@
    /* lets initialize co */
    sph->co=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->co[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
//NOTE: C is has zero based indexing. Code is imported from fortran and to comply with original indexes we actually generate one index more. Also second dimension is 2*j+2 instead of 2*j+2. elements starting with 0 are useles and should be ignored!
    sph->co=(ts_double **)calloc(l+1,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<=l;j++){
        sph->co[j]=(ts_double *)calloc(2*j+2,sizeof(ts_double));
    }
    sph->l=l;   
@@ -47,6 +48,7 @@
        if(sph->ulm[i]!=NULL) free(sph->ulm[i]);
        if(sph->co[i]!=NULL) free(sph->co[i]);
    }
        if(sph->co[sph->l]!=NULL) free(sph->co[sph->l]);
    if(sph->co != NULL) free(sph->co);
    if(sph->ulm !=NULL) free(sph->ulm);
@@ -122,16 +124,16 @@
ts_bool precomputeShCoeff(ts_spharm *sph){
    ts_int i,j,al,am;
    ts_double **co=sph->co;
    for(i=0;i<sph->l;i++){
        al=i+1;
    for(i=1;i<=sph->l;i++){
        al=i;
        sph->co[i][i+1]=sqrt((2.0*al+1.0)/2.0/M_PI);
        for(j=0;j<i;j++){
            am=j+1;
        for(j=1;j<=i-1;j++){
            am=j;
            sph->co[i][i+1+j]=co[i][i+j]*sqrt(1.0/(al-am+1.0)/(al+am));
            sph->co[i][i+1-j]=co[i][i+1+j];
        }
        co[i][2*i]=co[i][2*i]*sqrt(1.0/(2.0*al));
        co[i][0]=co[i][2*i+1];
        co[i][2*i+1]=co[i][2*i]*sqrt(1.0/(2.0*al));
        co[i][1]=co[i][2*i+1];
        co[i][i+1]=sqrt((2.0*al+1.0)/4.0/M_PI);
    }
    return TS_SUCCESS;
test/Makefile
@@ -35,7 +35,6 @@
doxygentest_PROGRAMS = doxygentest$(EXEEXT)
float3cmp_PROGRAMS = float3cmp$(EXEEXT)
confusetest_PROGRAMS = confusetest$(EXEEXT)
co_PROGRAMS = co$(EXEEXT)
subdir = test
DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in
ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
@@ -46,14 +45,10 @@
CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/config.h
CONFIG_CLEAN_FILES =
CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES =
am__installdirs = "$(DESTDIR)$(codir)" "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" \
am__installdirs = "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" \
    "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"
PROGRAMS = $(co_PROGRAMS) $(confusetest_PROGRAMS) \
    $(doxygentest_PROGRAMS) $(float3cmp_PROGRAMS)
am_co_OBJECTS = co.$(OBJEXT) sh.$(OBJEXT) general.$(OBJEXT) \
    vesicle.$(OBJEXT)
co_OBJECTS = $(am_co_OBJECTS)
co_LDADD = $(LDADD)
PROGRAMS = $(confusetest_PROGRAMS) $(doxygentest_PROGRAMS) \
    $(float3cmp_PROGRAMS)
am_confusetest_OBJECTS = confusetest.$(OBJEXT)
confusetest_OBJECTS = $(am_confusetest_OBJECTS)
confusetest_LDADD = $(LDADD)
@@ -73,10 +68,10 @@
    $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
CCLD = $(CC)
LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
SOURCES = $(co_SOURCES) $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
SOURCES = $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
    $(float3cmp_SOURCES)
DIST_SOURCES = $(co_SOURCES) $(confusetest_SOURCES) \
    $(doxygentest_SOURCES) $(float3cmp_SOURCES)
DIST_SOURCES = $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
    $(float3cmp_SOURCES)
ETAGS = etags
CTAGS = ctags
DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
@@ -174,7 +169,6 @@
float3cmp_SOURCES = float3cmp.c
confusetest_SOURCES = confusetest.c
confusetest_LDFLAGS = -lconfuse
co_SOURCES = co.c ../src/sh.c ../src/general.c ../src/vesicle.c
all: all-am
.SUFFIXES:
@@ -209,43 +203,6 @@
$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
    cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
$(am__aclocal_m4_deps):
install-coPROGRAMS: $(co_PROGRAMS)
    @$(NORMAL_INSTALL)
    test -z "$(codir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(codir)"
    @list='$(co_PROGRAMS)'; test -n "$(codir)" || list=; \
    for p in $$list; do echo "$$p $$p"; done | \
    sed 's/$(EXEEXT)$$//' | \
    while read p p1; do if test -f $$p; \
      then echo "$$p"; echo "$$p"; else :; fi; \
    done | \
    sed -e 'p;s,.*/,,;n;h' -e 's|.*|.|' \
        -e 'p;x;s,.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/' | \
    sed 'N;N;N;s,\n, ,g' | \
    $(AWK) 'BEGIN { files["."] = ""; dirs["."] = 1 } \
      { d=$$3; if (dirs[d] != 1) { print "d", d; dirs[d] = 1 } \
        if ($$2 == $$4) files[d] = files[d] " " $$1; \
        else { print "f", $$3 "/" $$4, $$1; } } \
      END { for (d in files) print "f", d, files[d] }' | \
    while read type dir files; do \
        if test "$$dir" = .; then dir=; else dir=/$$dir; fi; \
        test -z "$$files" || { \
          echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files '$(DESTDIR)$(codir)$$dir'"; \
          $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files "$(DESTDIR)$(codir)$$dir" || exit $$?; \
        } \
    ; done
uninstall-coPROGRAMS:
    @$(NORMAL_UNINSTALL)
    @list='$(co_PROGRAMS)'; test -n "$(codir)" || list=; \
    files=`for p in $$list; do echo "$$p"; done | \
      sed -e 'h;s,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform)' \
          -e 's/$$/$(EXEEXT)/' `; \
    test -n "$$list" || exit 0; \
    echo " ( cd '$(DESTDIR)$(codir)' && rm -f" $$files ")"; \
    cd "$(DESTDIR)$(codir)" && rm -f $$files
clean-coPROGRAMS:
    -test -z "$(co_PROGRAMS)" || rm -f $(co_PROGRAMS)
install-confusetestPROGRAMS: $(confusetest_PROGRAMS)
    @$(NORMAL_INSTALL)
    test -z "$(confusetestdir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(confusetestdir)"
@@ -357,9 +314,6 @@
clean-float3cmpPROGRAMS:
    -test -z "$(float3cmp_PROGRAMS)" || rm -f $(float3cmp_PROGRAMS)
co$(EXEEXT): $(co_OBJECTS) $(co_DEPENDENCIES) $(EXTRA_co_DEPENDENCIES)
    @rm -f co$(EXEEXT)
    $(LINK) $(co_OBJECTS) $(co_LDADD) $(LIBS)
confusetest$(EXEEXT): $(confusetest_OBJECTS) $(confusetest_DEPENDENCIES) $(EXTRA_confusetest_DEPENDENCIES) 
    @rm -f confusetest$(EXEEXT)
    $(confusetest_LINK) $(confusetest_OBJECTS) $(confusetest_LDADD) $(LIBS)
@@ -376,13 +330,9 @@
distclean-compile:
    -rm -f *.tab.c
include ./$(DEPDIR)/co.Po
include ./$(DEPDIR)/confusetest.Po
include ./$(DEPDIR)/doxygentest.Po
include ./$(DEPDIR)/float3cmp.Po
include ./$(DEPDIR)/general.Po
include ./$(DEPDIR)/sh.Po
include ./$(DEPDIR)/vesicle.Po
.c.o:
    $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
@@ -397,48 +347,6 @@
#    source='$<' object='$@' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
sh.o: ../src/sh.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT sh.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/sh.Tpo -c -o sh.o `test -f '../src/sh.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/sh.c
    $(am__mv) $(DEPDIR)/sh.Tpo $(DEPDIR)/sh.Po
#    source='../src/sh.c' object='sh.o' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o sh.o `test -f '../src/sh.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/sh.c
sh.obj: ../src/sh.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT sh.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/sh.Tpo -c -o sh.obj `if test -f '../src/sh.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/sh.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/sh.c'; fi`
    $(am__mv) $(DEPDIR)/sh.Tpo $(DEPDIR)/sh.Po
#    source='../src/sh.c' object='sh.obj' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o sh.obj `if test -f '../src/sh.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/sh.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/sh.c'; fi`
general.o: ../src/general.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT general.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/general.Tpo -c -o general.o `test -f '../src/general.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/general.c
    $(am__mv) $(DEPDIR)/general.Tpo $(DEPDIR)/general.Po
#    source='../src/general.c' object='general.o' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o general.o `test -f '../src/general.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/general.c
general.obj: ../src/general.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT general.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/general.Tpo -c -o general.obj `if test -f '../src/general.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/general.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/general.c'; fi`
    $(am__mv) $(DEPDIR)/general.Tpo $(DEPDIR)/general.Po
#    source='../src/general.c' object='general.obj' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o general.obj `if test -f '../src/general.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/general.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/general.c'; fi`
vesicle.o: ../src/vesicle.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT vesicle.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/vesicle.Tpo -c -o vesicle.o `test -f '../src/vesicle.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/vesicle.c
    $(am__mv) $(DEPDIR)/vesicle.Tpo $(DEPDIR)/vesicle.Po
#    source='../src/vesicle.c' object='vesicle.o' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o vesicle.o `test -f '../src/vesicle.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/vesicle.c
vesicle.obj: ../src/vesicle.c
    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT vesicle.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/vesicle.Tpo -c -o vesicle.obj `if test -f '../src/vesicle.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/vesicle.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/vesicle.c'; fi`
    $(am__mv) $(DEPDIR)/vesicle.Tpo $(DEPDIR)/vesicle.Po
#    source='../src/vesicle.c' object='vesicle.obj' libtool=no \
#    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) \
#    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o vesicle.obj `if test -f '../src/vesicle.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/vesicle.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/vesicle.c'; fi`
ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
    list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
@@ -526,7 +434,7 @@
check: check-am
all-am: Makefile $(PROGRAMS)
installdirs:
    for dir in "$(DESTDIR)$(codir)" "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"; do \
    for dir in "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"; do \
      test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
    done
install: install-am
@@ -561,9 +469,8 @@
    @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
clean: clean-am
clean-am: clean-coPROGRAMS clean-confusetestPROGRAMS \
    clean-doxygentestPROGRAMS clean-float3cmpPROGRAMS \
    clean-generic mostlyclean-am
clean-am: clean-confusetestPROGRAMS clean-doxygentestPROGRAMS \
    clean-float3cmpPROGRAMS clean-generic mostlyclean-am
distclean: distclean-am
    -rm -rf ./$(DEPDIR)
@@ -583,7 +490,7 @@
info-am:
install-data-am: install-coPROGRAMS install-confusetestPROGRAMS \
install-data-am: install-confusetestPROGRAMS \
    install-doxygentestPROGRAMS install-float3cmpPROGRAMS
install-dvi: install-dvi-am
@@ -629,26 +536,25 @@
ps-am:
uninstall-am: uninstall-coPROGRAMS uninstall-confusetestPROGRAMS \
uninstall-am: uninstall-confusetestPROGRAMS \
    uninstall-doxygentestPROGRAMS uninstall-float3cmpPROGRAMS
.MAKE: install-am install-strip
.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-coPROGRAMS \
.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean \
    clean-confusetestPROGRAMS clean-doxygentestPROGRAMS \
    clean-float3cmpPROGRAMS clean-generic ctags distclean \
    distclean-compile distclean-generic distclean-tags distdir dvi \
    dvi-am html html-am info info-am install install-am \
    install-coPROGRAMS install-confusetestPROGRAMS install-data \
    install-data-am install-doxygentestPROGRAMS install-dvi \
    install-dvi-am install-exec install-exec-am \
    install-float3cmpPROGRAMS install-html install-html-am \
    install-info install-info-am install-man install-pdf \
    install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
    installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
    maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
    mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags uninstall \
    uninstall-am uninstall-coPROGRAMS \
    install-confusetestPROGRAMS install-data install-data-am \
    install-doxygentestPROGRAMS install-dvi install-dvi-am \
    install-exec install-exec-am install-float3cmpPROGRAMS \
    install-html install-html-am install-info install-info-am \
    install-man install-pdf install-pdf-am install-ps \
    install-ps-am install-strip installcheck installcheck-am \
    installdirs maintainer-clean maintainer-clean-generic \
    mostlyclean mostlyclean-compile mostlyclean-generic pdf pdf-am \
    ps ps-am tags uninstall uninstall-am \
    uninstall-confusetestPROGRAMS uninstall-doxygentestPROGRAMS \
    uninstall-float3cmpPROGRAMS
test/Makefile.am
@@ -9,5 +9,3 @@
confusetest_PROGRAMS=confusetest
confusetest_SOURCES=confusetest.c
confusetest_LDFLAGS=-lconfuse
co_PROGRAMS=co
co_SOURCES=co.c ../src/sh.c ../src/general.c ../src/vesicle.c
test/Makefile.in
@@ -35,7 +35,6 @@
doxygentest_PROGRAMS = doxygentest$(EXEEXT)
float3cmp_PROGRAMS = float3cmp$(EXEEXT)
confusetest_PROGRAMS = confusetest$(EXEEXT)
co_PROGRAMS = co$(EXEEXT)
subdir = test
DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in
ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
@@ -46,14 +45,10 @@
CONFIG_HEADER = $(top_builddir)/config.h
CONFIG_CLEAN_FILES =
CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES =
am__installdirs = "$(DESTDIR)$(codir)" "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" \
am__installdirs = "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" \
    "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"
PROGRAMS = $(co_PROGRAMS) $(confusetest_PROGRAMS) \
    $(doxygentest_PROGRAMS) $(float3cmp_PROGRAMS)
am_co_OBJECTS = co.$(OBJEXT) sh.$(OBJEXT) general.$(OBJEXT) \
    vesicle.$(OBJEXT)
co_OBJECTS = $(am_co_OBJECTS)
co_LDADD = $(LDADD)
PROGRAMS = $(confusetest_PROGRAMS) $(doxygentest_PROGRAMS) \
    $(float3cmp_PROGRAMS)
am_confusetest_OBJECTS = confusetest.$(OBJEXT)
confusetest_OBJECTS = $(am_confusetest_OBJECTS)
confusetest_LDADD = $(LDADD)
@@ -73,10 +68,10 @@
    $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
CCLD = $(CC)
LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
SOURCES = $(co_SOURCES) $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
SOURCES = $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
    $(float3cmp_SOURCES)
DIST_SOURCES = $(co_SOURCES) $(confusetest_SOURCES) \
    $(doxygentest_SOURCES) $(float3cmp_SOURCES)
DIST_SOURCES = $(confusetest_SOURCES) $(doxygentest_SOURCES) \
    $(float3cmp_SOURCES)
ETAGS = etags
CTAGS = ctags
DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
@@ -174,7 +169,6 @@
float3cmp_SOURCES = float3cmp.c
confusetest_SOURCES = confusetest.c
confusetest_LDFLAGS = -lconfuse
co_SOURCES = co.c ../src/sh.c ../src/general.c ../src/vesicle.c
all: all-am
.SUFFIXES:
@@ -209,43 +203,6 @@
$(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
    cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
$(am__aclocal_m4_deps):
install-coPROGRAMS: $(co_PROGRAMS)
    @$(NORMAL_INSTALL)
    test -z "$(codir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(codir)"
    @list='$(co_PROGRAMS)'; test -n "$(codir)" || list=; \
    for p in $$list; do echo "$$p $$p"; done | \
    sed 's/$(EXEEXT)$$//' | \
    while read p p1; do if test -f $$p; \
      then echo "$$p"; echo "$$p"; else :; fi; \
    done | \
    sed -e 'p;s,.*/,,;n;h' -e 's|.*|.|' \
        -e 'p;x;s,.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/' | \
    sed 'N;N;N;s,\n, ,g' | \
    $(AWK) 'BEGIN { files["."] = ""; dirs["."] = 1 } \
      { d=$$3; if (dirs[d] != 1) { print "d", d; dirs[d] = 1 } \
        if ($$2 == $$4) files[d] = files[d] " " $$1; \
        else { print "f", $$3 "/" $$4, $$1; } } \
      END { for (d in files) print "f", d, files[d] }' | \
    while read type dir files; do \
        if test "$$dir" = .; then dir=; else dir=/$$dir; fi; \
        test -z "$$files" || { \
          echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files '$(DESTDIR)$(codir)$$dir'"; \
          $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files "$(DESTDIR)$(codir)$$dir" || exit $$?; \
        } \
    ; done
uninstall-coPROGRAMS:
    @$(NORMAL_UNINSTALL)
    @list='$(co_PROGRAMS)'; test -n "$(codir)" || list=; \
    files=`for p in $$list; do echo "$$p"; done | \
      sed -e 'h;s,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform)' \
          -e 's/$$/$(EXEEXT)/' `; \
    test -n "$$list" || exit 0; \
    echo " ( cd '$(DESTDIR)$(codir)' && rm -f" $$files ")"; \
    cd "$(DESTDIR)$(codir)" && rm -f $$files
clean-coPROGRAMS:
    -test -z "$(co_PROGRAMS)" || rm -f $(co_PROGRAMS)
install-confusetestPROGRAMS: $(confusetest_PROGRAMS)
    @$(NORMAL_INSTALL)
    test -z "$(confusetestdir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(confusetestdir)"
@@ -357,9 +314,6 @@
clean-float3cmpPROGRAMS:
    -test -z "$(float3cmp_PROGRAMS)" || rm -f $(float3cmp_PROGRAMS)
co$(EXEEXT): $(co_OBJECTS) $(co_DEPENDENCIES) $(EXTRA_co_DEPENDENCIES)
    @rm -f co$(EXEEXT)
    $(LINK) $(co_OBJECTS) $(co_LDADD) $(LIBS)
confusetest$(EXEEXT): $(confusetest_OBJECTS) $(confusetest_DEPENDENCIES) $(EXTRA_confusetest_DEPENDENCIES) 
    @rm -f confusetest$(EXEEXT)
    $(confusetest_LINK) $(confusetest_OBJECTS) $(confusetest_LDADD) $(LIBS)
@@ -376,13 +330,9 @@
distclean-compile:
    -rm -f *.tab.c
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/co.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/confusetest.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/doxygentest.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/float3cmp.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/general.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/sh.Po@am__quote@
@AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/vesicle.Po@am__quote@
.c.o:
@am__fastdepCC_TRUE@    $(COMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
@@ -397,48 +347,6 @@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(COMPILE) -c `$(CYGPATH_W) '$<'`
sh.o: ../src/sh.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT sh.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/sh.Tpo -c -o sh.o `test -f '../src/sh.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/sh.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/sh.Tpo $(DEPDIR)/sh.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/sh.c' object='sh.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o sh.o `test -f '../src/sh.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/sh.c
sh.obj: ../src/sh.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT sh.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/sh.Tpo -c -o sh.obj `if test -f '../src/sh.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/sh.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/sh.c'; fi`
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/sh.Tpo $(DEPDIR)/sh.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/sh.c' object='sh.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o sh.obj `if test -f '../src/sh.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/sh.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/sh.c'; fi`
general.o: ../src/general.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT general.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/general.Tpo -c -o general.o `test -f '../src/general.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/general.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/general.Tpo $(DEPDIR)/general.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/general.c' object='general.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o general.o `test -f '../src/general.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/general.c
general.obj: ../src/general.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT general.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/general.Tpo -c -o general.obj `if test -f '../src/general.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/general.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/general.c'; fi`
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/general.Tpo $(DEPDIR)/general.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/general.c' object='general.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o general.obj `if test -f '../src/general.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/general.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/general.c'; fi`
vesicle.o: ../src/vesicle.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT vesicle.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/vesicle.Tpo -c -o vesicle.o `test -f '../src/vesicle.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/vesicle.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/vesicle.Tpo $(DEPDIR)/vesicle.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/vesicle.c' object='vesicle.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o vesicle.o `test -f '../src/vesicle.c' || echo '$(srcdir)/'`../src/vesicle.c
vesicle.obj: ../src/vesicle.c
@am__fastdepCC_TRUE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -MT vesicle.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/vesicle.Tpo -c -o vesicle.obj `if test -f '../src/vesicle.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/vesicle.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/vesicle.c'; fi`
@am__fastdepCC_TRUE@    $(am__mv) $(DEPDIR)/vesicle.Tpo $(DEPDIR)/vesicle.Po
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    source='../src/vesicle.c' object='vesicle.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
@AMDEP_TRUE@@am__fastdepCC_FALSE@    DEPDIR=$(DEPDIR) $(CCDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
@am__fastdepCC_FALSE@    $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) -c -o vesicle.obj `if test -f '../src/vesicle.c'; then $(CYGPATH_W) '../src/vesicle.c'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/../src/vesicle.c'; fi`
ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
    list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
@@ -526,7 +434,7 @@
check: check-am
all-am: Makefile $(PROGRAMS)
installdirs:
    for dir in "$(DESTDIR)$(codir)" "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"; do \
    for dir in "$(DESTDIR)$(confusetestdir)" "$(DESTDIR)$(doxygentestdir)" "$(DESTDIR)$(float3cmpdir)"; do \
      test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
    done
install: install-am
@@ -561,9 +469,8 @@
    @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
clean: clean-am
clean-am: clean-coPROGRAMS clean-confusetestPROGRAMS \
    clean-doxygentestPROGRAMS clean-float3cmpPROGRAMS \
    clean-generic mostlyclean-am
clean-am: clean-confusetestPROGRAMS clean-doxygentestPROGRAMS \
    clean-float3cmpPROGRAMS clean-generic mostlyclean-am
distclean: distclean-am
    -rm -rf ./$(DEPDIR)
@@ -583,7 +490,7 @@
info-am:
install-data-am: install-coPROGRAMS install-confusetestPROGRAMS \
install-data-am: install-confusetestPROGRAMS \
    install-doxygentestPROGRAMS install-float3cmpPROGRAMS
install-dvi: install-dvi-am
@@ -629,26 +536,25 @@
ps-am:
uninstall-am: uninstall-coPROGRAMS uninstall-confusetestPROGRAMS \
uninstall-am: uninstall-confusetestPROGRAMS \
    uninstall-doxygentestPROGRAMS uninstall-float3cmpPROGRAMS
.MAKE: install-am install-strip
.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean clean-coPROGRAMS \
.PHONY: CTAGS GTAGS all all-am check check-am clean \
    clean-confusetestPROGRAMS clean-doxygentestPROGRAMS \
    clean-float3cmpPROGRAMS clean-generic ctags distclean \
    distclean-compile distclean-generic distclean-tags distdir dvi \
    dvi-am html html-am info info-am install install-am \
    install-coPROGRAMS install-confusetestPROGRAMS install-data \
    install-data-am install-doxygentestPROGRAMS install-dvi \
    install-dvi-am install-exec install-exec-am \
    install-float3cmpPROGRAMS install-html install-html-am \
    install-info install-info-am install-man install-pdf \
    install-pdf-am install-ps install-ps-am install-strip \
    installcheck installcheck-am installdirs maintainer-clean \
    maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
    mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags uninstall \
    uninstall-am uninstall-coPROGRAMS \
    install-confusetestPROGRAMS install-data install-data-am \
    install-doxygentestPROGRAMS install-dvi install-dvi-am \
    install-exec install-exec-am install-float3cmpPROGRAMS \
    install-html install-html-am install-info install-info-am \
    install-man install-pdf install-pdf-am install-ps \
    install-ps-am install-strip installcheck installcheck-am \
    installdirs maintainer-clean maintainer-clean-generic \
    mostlyclean mostlyclean-compile mostlyclean-generic pdf pdf-am \
    ps ps-am tags uninstall uninstall-am \
    uninstall-confusetestPROGRAMS uninstall-doxygentestPROGRAMS \
    uninstall-float3cmpPROGRAMS